Adaçayı (Salvia officinalis L.) genomunun de novo sekanslanması ve fonksiyonel anotasyonu

Salvia cinsine ait bir tür olan adaçayı (Salvia officinalis L.), tarih boyunca ve günümüzde tıbbi aromatik bir bitki olarak gıda, alternatif tıp, kozmetik ve hijyen gibi alanlarda pek çok amaç için kullanılmıştır. Adaçayı yağı terpenoidlerinin tıbbi kullanımı, bu sekonder metabolitleri önemli bir araştırma konusu haline getirmektedir. Tez kapsamında yürütülen çalışmada, adaçayı genomu de novo sekanslanmış, assembly edilmiş, protein kodlayan gen içeriği anotasyon edilmiş ve mevcut referans genom kullanılarak varyasyon tespiti analizi gerçekleştirilmiştir. 75 terpen sentaz ve 67 terpenoid biyosentez yolak geni tahmin edilmiş ve assembly scaffoldlarına konumlandırılmıştır. Varyant analizi sonucu adaçayının kodlayan sekans bölgelerinde tahmin edilen terpenoid biyosentezi genlerine ait 188 değişken tek nükleotid lokusu tespit edilmiştir. Toplamda ise adaçayının tüm exomunda 24,570 tek nükleotid polimorfizmi tespit edilmiştir.

Common sage (Salvia officinalis L.), a species within the Salvia genus, has been used throughout history and in modern times for various purposes, such as food, alternative medicine, cosmetics and hygiene, as a medicinal and aromatic plant. The medical use of the terpenoids in common sage essential oil has made these secondary metabolites a significant research subject. This thesis-based research, the common sage genome was de novo sequenced, assembled, its protein-coding gene content was annotated, and a variation detection analysis was performed using the existing reference genome. 75 terpene synthase genes and 67 terpenoid backbone biosynthesis pathway genes were predicted and mapped to assembly scaffolds. As a result of the variant analysis, 188 variable single nucleotide loci related to the predicted terpenoid biosynthesis genes were identified in the coding sequence regions of sage. In total, 24,570 single nucleotide polymorphisms were detected in the entire exome of common sage.