Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Sperm hareketliliği düşük olan erkeklerin spermatozoalarında NRF2 mRNA ekspresyon düzeyinin incelenmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2015) Kara, Reyhan; Taşdemir, PelinErkek faktörü, infertilite için önemli bir etiyolojik sebep olarak karşımıza çıkmaktadır. Erkek infertilitesi için bilinen sebeplerin dışında son dönemde ilgi çeken bir yenisi eklenmiştir; oksidatif stres. Vücuttaki antioksidanlar ve reaktif oksijen türleri (ROT) arasındaki dengesizlik sonucu ortaya çıkan oksidatif stres, spermlere zarar vermekte ve infertiliteye sebep olabilmektedir. Oksidatif strese karşı önemli hücresel savunma mekanizmalarından biri transkripsiyon faktörü nükleer faktör eritroid 2 (NF-E2) ilişkili faktör 2 (NRF2)'dir. NRF2, ROT'a karşı koruma için önemli olan antioksidan enzimleri kodlayan genlerin bazal ve indüklenebilir transkripsiyonunu düzenlemektedir. Antioksidan enzimler insan spermatogenezisinde önemli rol oynamaktadır. İnsan seminal plazma ve spermatozoada bulunan süperoksit dismutaz (SOD) önemli antioksidan enzimlerden biridir. Çalışmamıza 41 asthenozoospermik ve oligoasthenozoospermik olgudan oluşan çalışma grubu ile 48 sağlıklı bireyden oluşan normozoospermik kontrol gurubu dahil edildi. Bu çalışmada asthenozoospermi ve oligoasthenozoospermi olgularında, spermatogenez için önemli olduğu bilinen NRF2 antioksidan genin mRNA ekspresyon düzeyinin ve erkek üreme sisteminde önemli bir antioksidan enzim olan seminal plazma SOD aktivitesinin sperm fonksiyonları ile olan ilişkisinin araştırılması amaçlandı. Olguların spermatozoalarında NRF2 antioksidan genin mRNA ekspresyon düzeyi için kantitatif real-time ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu ve seminal plazma SOD aktivitesi için ise kolorimetrik yöntem kullanıldı. Araştırmamız sonucunda, çalışma grubunun NRF2 antioksidan genin mRNA ekspresyon düzeyi kontrol grubu ile istatistiksel olarak karşılaştırıldığında anlamlı bir fark saptanmadı (P=0.633). Ayrıca NRF2 mRNA ekspresyon düzeyinin spesifik sperm fonksiyon parametreleri (P>0.05) ve seminal plazma SOD aktivitesi ile aralarında bir ilişki olmadığı belirlendi (P=0.533). Çalışma grubunun seminal plazma SOD aktivitesi kontrol grubu ile kıyaslandığında anlamlı bir fark saptanmadığını gözlemledik (P=0.502). Seminal plazma SOD aktivitesinin spesifik sperm fonksiyon parametreleri ile de aralarında bir ilişki olmadığı (P>0.05) saptandı. Bu nedenle, verilerimiz NRF2 mRNA ekspresyonunun ve seminal plazma SOD aktivitesinin düşük sperm hareketliliği olan erkeklerde anlamlı bir fark göstermediğini ve spesifik sperm fonksiyon parametreleri ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Bu veriler, insan spermatogenezisinde önemli rol oynadığı düşünülen NRF2 geninin erkek infertilitesi ile ilişkili ROT'un tahmin edilmesinde ve ayrıca SOD aktivitesinin sperm fertilizasyon potansiyelini belirlemede yeterli bir belirteç olarak kullanılmasının uygun olmadığını düşündürdü. Ancak, çalışmamızda çalışma ve kontrol grubu sınırlı sayıda ele alındı. Daha geniş bir populasyonda daha fazla araştırma yapılmasının uygun olacağı düşünüldü.Öğe Laboratuvarımızda düşük materyallerinden QF-PZR ve aile kromozom analizi sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Çelebi, Dilek; Yıldırım, M. SelmanAmaç: Çalışmamız, düşük materyalleri alınan hastalarda QF PZR analizi ile düşük öyküsüne sahip aile kromozom analizi yapılan ebeveynlerin Karyotip Analizi dosyalarının retrospektif olarak taranmasını ve elde edilen bulguların değerlendirilmesini hedeflemektedir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada 2014-2018 yılları arasında Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Laboratuvarı'na gelen 624 düşük materyallerinin QF PZR analizi ve aile kromozom analizi yapılan 1237 ebeveynin sitogenetik verileri karyotip analizi yöntemi ile incelenmiştir. Taranan dosyalar SPSS veri analizi programında değerlendirildi. Bulgular: Çalışmamızda yapılan SPSS veri programı sonuçlarına göre; QF-PZR analizi yapılan düşük materyallerinin %11,8'inde anomali saptandı. Bu anomalilerin, %58,1 Trizomi, , %22,9 Poliploidi, %18,9 Monozomi X olarak bulundu. Aile kromozom analizi bulgularında ise ebeveynlerin %97,1'i normal kromozom kuruluşuna sahipken, %2,9'u anormal olarak değerlendirildi ve bu anormal olguların %1,7'sinde varyant, %0,6'sında Translokasyon taşıyıcısı, %0,2'sinde Turner Sendromu, %0,2'sinde Klinefelter Sendromu, %0,1'inde mosaisizm ve %0,1'inde inv(Y) tespit edildi. Sonuç: Düşük etiyolojisinde genetik anomaliler önemli bir yer tutmaktadır ve Trizomiler literatür çalışmaları ile uyumlu olarak bizim çalışmamamızda da en sık görülen anomalilerdir. Elde edilen verilerin özellikle Konya ili ve çevresi popülasyonunda önleyici hekimlik uygulamaları ve genetik danışma için yapılacak olan çalışmalar göz önüne alındığında önemli katkılar sağlayacağını düşünmekteyiz.Öğe Kronik myeloid lösemi hastalarında hipofiz tümörü transforme edici gen (PTTG) ekspresyonunun değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Gençer Çelikel, Merve; Zamani, Ayşe GülKronik myeloid Lösemi (KML) pluripotent hematopoetik kök hücrenin malign transformasyonu sonucu gelişen klonal bir kök hücre hastalığıdır. KML olgularının %95'de t(9;22)(q34;q11) translokasyonu sonucu lösemik fenotipin gelişmesinden sorumlu BCR-ABL1 füzyon proteini oluşmaktadır. BCR/ABL1füzyon proteiniyle karakterize olan KML, erişkinlerdeki lösemilerin yaklaşık %20'sini oluşturmaktadır. KML etiyolojisinden sorumlu tutulabilecek herhangi bir çevresel etken bilinmemekle birlikte iyonize radyasyona maruz kalmanın KML riskini arttırdığı rapor edilmiştir. KML'nin klinik seyri laboratuvar bulguları ve klinik karakteristiklerine göre üç ayrı evreye ayrılır: kronik evre, akselere evre ve blastik evredir. KML tanısı, periferik kan yayması ve kemik iliği incelemesi ile birlikte karyotip analizinde Ph kromozomu varlığının veya floresan insituhibridizasyon (FISH) ya da polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile BCR-ABL1 füzyon geninin saptanması ile konur. Sitogenetik analiz ile hastaların yaklaşık olarak %95' inde Ph kromozomu saptanır. Sitogenetik analiz ile Ph kromozomu saptanmayan KML hastalarının çoğunda moleküler tekniklerle translokasyon saptanabilir. Ph kromozomu üzerinde oluşan BCR-ABL1 füzyon geni, hücre içinde birçok yolağı aktive eden bir tirozin kinazı kodlar. Hipofiz Tümörü Transforme Edici Gen (Pituitary Tumor Transforming Gene-PTTG) gen, sıçan hipofiz tümörü hücrelerinden 1997 yılında izole edildi . PTTG'nin birincil fonksiyonu, kardeş kromatidlerin zıt kutuplara iğ iplikleri ile ayrılmasının kontrolü ile ilgilidir. Bu aktiviteye göre, kromozomun hatalı ayrılmasının bir sonucu olarak genomik dengesizlik, upregüle PTTG ekspresyonunun onkojenik potansiyelinin sebebini açıklayabilir. PTTG'in aşırı ekspresyonu anöploidi jenerasyonu ile ilişkilidir, bu durum multiple tümör tiplerindeki farklalaşmış prognoz ile korelasyon gösterir. Çalışmada, RNA izolasyonu ve RT-PCR analizi kullanılarak 129 numune üzerinden değerlendirme yapıldı. BCR/ABL1 trasnkripti pozitif olan 88 adet hasta numunesi ile BCR/ABL1 trasnkripti negatif olan 41 adet hasta numunesi arasındaki PTTG gen ekspresyonu değerlendirilmiştir. Analiz sonuçları değerlendirildiğinde, negatif ve pozitif transkript örnekleri arasında PTTG gen ekspresyonunun farklılık gösterdiği gözlenmiştir. BCR/ABL1 trasnkripti pozitif olan numunelerde PTTG ekspresyonunun arttığı tespit edilmiştir. KML deki klinik seyirin ek kromozom anomalilerle ilişkisi göz önüne alındığında PTTG ekspresyonunun KML'de değerlendirilmesinin önemli olabileceğini ön görüldü. Bu çalışmada, KML hastalarında PTTG ekspresyonunun hasta prognozu ile ilişkili olup olmadığını değerlendirmek amaçlandıÖğe Çocukluk çağı lösemilerinde sitogenetik ve moleküler sitogenetik bulguların retrospektif olarak değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Acar Özcan, Güner; Zamani, Ayşe GülAmaç: Bu çalışmanın amacı, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalına gelen lösemi tanısı almış çocuk hastaların, sitogenetik ve moleküler sitogenetik bulgularının retrospektif değerlendirilmesidir. Gereç ve yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalına 2013(Ocak)-2018(Ağustos) yılları arasında Çocuk Hastalıkları Hematoloji Bilim dalı tarafından lösemi ön tanısı alarak gönderilen ve daha sonra tanısı kesinleşip sitogenetik ve moleküler takibi yapılan 0-18 yaş çocuk hastaların verileri hastane kayıt sistemi ve bölüm kapalı kayıt sistemi üzerinden tarandı.Veriler bölüm arşivinden kontrol edildi Çalışma retrospektif vaka kontrol çalışması olarak design edildi. Hastaların demografik ve hastalıklarıyla ilgili verileri kaydedildi. Elde edilen genetik analiz sonuçları ekzel programında dökümü gerçekleştirildi tanımsal istatistikler yapılarak analiz edildi. Bulgular: Bu çalışmada, 491 hasta verisi üzerinden gerçekleştirilmiştir. Hasta populasyonu; 364 ALL,116 AML, 11 KML hastasından oluşmaktadır. İncelenen 491 çocuk hastanın 296'sı erkek (%60); 195'i (%40) kızdır. Ayrıca hastaların sitogenetik ve moleküler sitogenetik bulguları tablolar halinde elde edilmiştir. Sonuç: Çocukluk çağı lösemilerinde genetik tanının önemi, son beş yıla ait laboratuvar verilerimizle desteklenerek vurgulanmıştır. Ayrıca çocuk lösemi hastalarında ortaya çıkan genetik anomalilerin tanı ve tedavideki prognostik değeri çalışmamızda yer alan geniş hasta populasyonu ile gösterilmiştir.Öğe Meme kanserli kadınlarda ttTTK gen ekspresyonunun önemi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Şimşek, Evrim; Yıldırım, M. SelmanMeme kanseri kadınlarda en sık görülen kanser türüdür. Meme kanserleri etyolojisinde; cinsiyet, yaş, ırk, erken menarş, geç menapoz, ilk hamilelik yaşı, genetik yatkınlık değiştirilemeyen; sigara, alkol, obezite, fiziksel inaktivite, hormon replasman tedavisi ise değiştirilebilen faktörler arasında yer almaktadır. Meme kanseri; karakteristik moleküler özellikleri, prognoz ve tedaviye yanıtlarına göre heterojen gruplar oluşturmaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, hücre döngüsünün düzenlenmesinde meydana gelen hasarların, meme kanseri ve diğer kanserlerin oluşmasındaki önemi vurgulanmaktadır. Hücre döngüsü biri G2/M geçişi, bir diğeri S fazına girmeden önceki geç G1 fazının da dahil olduğu nokta ve M kontrol noktası olmak üzere farklı aşamalarda denetlenmektedir. Bu denetim noktalarının her birinde, ilgili proteinlerce döngünün ilerlemesine veya durmasına karar verilmektedir. Bu kararların verilmesinin kontrolü, hedef proteinleri seçip fosforilize eden bir enzim ailesinden olan proteinkinazlar ve hücre döngüsünün işlerliğini kontrol eden siklin proteinleri tarafından yapılmaktadır. Hücre döngüsünün düzenlenmesinde meydana gelen aksaklıklar, meme kanseri ve diğer kanserlerin oluşmasında başlıca nedenler arasında gösterilmektedir. Meme kanserlerinde normal meme dokusuna göre daha fazla bulunan TTK geni (human protein kinase monopolar spindle 1 geni) çift fonksiyonlu kinaz ailesinden olup serine/thronine ve tirozin kinaz aktivitesi taşımaktadır. Günümüzde; meme kanserialtgruplarını, buna bağlı prognoz ve tedavi alacak hastaları belirlemede kullanılmaya başlanan genetik bilgiler, gelecekte meme kanserli hastalardaki moleküler olarak tarif edilen alt grupları için hedefe yönelik geliştirilecek ilaçlarla tedaviler gerçekleştirebileceği ve artmış TTK gen ekspresyonunun inhibisyonu ile meme kanserinin tedavisi üzerindeki çalışmalarda devam etmektedir. Bu çalışmada da, TTK geninin meme kanseri tanısı konan kadın hastaların, normal doku ve tümörlü doku ekspresyon miktarlarına bakıldı. Preparatlardan ışık mikroskopu ile normal ve tümörlü dokular işaretlendi. Parafin bloklardan kesitler alınarak RNA izolasyonu ve RT-PCR analizi yapıldı. Araştırmamız 30 meme kanserli kadın hasta üzerinde yürütüldü. Aynı hastanın, normal meme dokusu ile tümörlü meme dokusunda ekspre olan TTK gen miktarına bakıldı. İstatiksel olarak tümörlü dokuda ekspresyon miktarı normal dokuya göre daha fazla bulundu. Dolayısıyla meme kanseri üzerinde etkileri araştırılan TTK geninin, inhibisyonu yeni tedavi yaklaşımlarında rol oynayabileceği sonucuna varıldı. Ayrıca araştırmamız çok az miktarda yayınlanmış çalışmalarla benzer nitelikte olup literatürü desteklemektedir.Öğe Pterjium dokusunda K-RAS mutasyonlarının bölgesel dizileme ile değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2015) Turgut Öztürk, Banu; Yıldırım, Mahmut SelmanAmaç: Uzun süreli ultraviyole ışığa maruziyetin tetiklediği bir çeşit benign proliferasyon olduğu düşünülen pterjium dokusunda bir onkogen olan K-ras mutasyonu sıklığının değerlendirilmesi Metot: Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları A.D. 'da otogreft ile pterjium eksizyonu esnasında alınan pterjium ve normal doku örnekleri DNA izolasyonuna kadar -80°C'de saklandı. Çalışmanın diğer prosedürleri Konya Necmettin Erbalan Üniversitesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda yürütüldü. Taze dokudan DNA izolasyonu "QIAamp DNA FFPE tissue kit" ile yapıldı. PCR ile DNA'nın K-ras geni kodon 12,13 ve 61 bölgelerini içeren dizileri amplifiye edildi.. Elde edilen ürünlerde "pyrosequence" sistemi kullanılarak K-ras kodon 12, kodon 13 ve kodon 61 'de mutasyon mevcudiyeti değerlendirildi. Bulgular: Çalışmada toplam 25 olgunun (10 kadın, 15 erkek) pterjium ve normal doku örnekleri değerlendirildi. Olguların yaş ortalaması 54.54±13.13'dü. Pterjium 18 olguda (% 72) korneayı 2-4 mm geçiyordu (tip 2), 7 olguda (% 28) ise korneayı 4 mm'den fazla (tip 3) geçiyordu. On beş olgunun (%60) bilateral pterjiumu mevcuttu. Pterjium tüm olgularda temporal lokalizasyondaydı ve hepsine ilk kez pterjium cerrahisi uygulandı. Yapılan analizde olguların normal dokularında K-ras mutasyonu saptanmazken, aynı bireylere ait pterjium dokularında Kodon 12'de 1 olguda, kodon 61'de 7 olguda mutasyon saptandı. Kodon 61'deki bu nokta mutasyonları 4 olguda glutamin ile arjinin (Glu61Arg CAA>CGA), 3 olguda ise glutamin ile lösin (Glu61Leu;CAA>CTA) şeklindeydi. Sonuç: Etiyopatogenezi halen tam olarak anlaşılamamış olan pterjium dokusunda K-ras geni 61. Kodonunda istatistiksel olarak anlamlı oranda mutasyon saptanması bu oluşumun benign bir tümöre benzer özellikler taşıdığı fikrini desteklemektedir.
