Biyoteknoloji Anabilim Dalı Koleksiyonu

Bu koleksiyon için kalıcı URI

Güncel Gönderiler

Listeleniyor 1 - 16 / 16
  • Öğe
    Moleküler Baskılanmış Kriyojellerin Hazırlanması ve Salisilik Asit Adsorpsiyonu
    (2022) Karaduman, Ayça Betül; Çetin, Kemal
    Adsorpsiyon, diğer fiziksel veya kimyasal proseslerle karşılaştırıldığında, organiklerin seyreltik sulu çözeltilerden uzaklaştırılması veya izolasyonu için hem etkili bir ayırma tekniğidir hem de ekonomik olarak uygulanabilirliği yüksektir. Son zamanlarda adsorban tasarlanırken, sadece yüksek adsorpsiyon kapasitesine değil, aynı zamanda yüksek adsorpsiyon seçiciliğine de sahip olmasına önem verilmektedir. Bu çalışmada sulu çözeltilerden salisilik asit adsorpsiyonu için, salisilik aside özgül bağlanma bölgelerine sahip baskılanmış PHEMA/PDMAEMA kriyojeller (MIP) sentezlenmiştir. Ayrıca baskılanmamış PHEMA/PDMAEMA kriyojeller (NIP) ve PHEMA kontrol kriyojeller de sentezlenmiştir. Kriyojeller şişme testleri, FE-SEM ve FTIR ile karakterize edilmiştir. Kriyojelin maksimum adsorpsiyon kapasitesini belirlemek amacıyla sulu çözeltilerden SA adsorpsiyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre pH 3.0’da MIP, NIP ve PHEMA kriyojeller için maksimum SA adsorpsiyon kapasitesi sırasıyla 8.26, 4.22 ve 1.10 mg/g olarak hesaplanmıştır. MIP’nin adsorpsiyon kapasitesi NIP’ye ve PHEMA’ya göre sırasıyla yaklaşık 1.95 ve 7.51 kat daha yüksektir. Kriyojellerin seçicilik çalışmaları baskılanmış PHEMA/PDMAEMA kriyojel kullanılarak fosfat tamponunda (pH 3.0) kesikli sistem ile incelenmiştir. Yarışmacı molekül olarak ASA ve BA seçilmiş olup SA’nın seçicilik katsayısı (k) yarışmacılar ile karşılaştırıldığında k değerinin ASA'dan 2.67, BA'dan ise 2.89 kat daha yüksek olduğu hesaplanmıştır. Ayrıca baskılanmış kriyojel, baskılanmamış kriyojel ile karşılaştırıldığında bağıl seçicilik katsayısı (k') ASA için 2.57, BA için ise 2.68 kat olarak saptandı. Bu sonuçlara göre moleküler baskılama gerçekleşmiştir. Baskılanmış kriyojellerin tekrar kullanılabilirlikleri testleri sonucu aynı kriyojelin on defa kullanımı sonrasında adsorpsiyon kapasitesinin %85’ten fazlasını koruyabildiği gözlemlenmiştir. Bu sonuca göre, kriyojeller tekrar kullanılabilirlikleri ile sulardan ilaçların adsorpsiyonunda maliyeti düşürebilme potansiyeline sahiptir.
  • Öğe
    Şeftali (Prunus persica L.) Transkripsiyon Faktörü Genlerinin Karakterizasyonu, Gen-spesifik Markör Dizaynı ve Türler Arası Transfer Analizleri
    (2022) Yürükçü, Cansu; Uncu, Ayşe Özgür
    Şeftali (Prunus persica L.), diğer meyve ağacı türlerine kıyasla kısa gençlik dönemi (2-3 yıl), kendine tozlaşma ve nispeten küçük genom boyutuna sahip olma ((2n = 2x = 16); 1C = 265 Mb)) dahil genetik özellikleri nedeniyle Rosaceae ailesi için model organizmadır (Abbott ve ark. 2002). Bu çalışma kapsamında şeftali cDNA sekans koleksiyonu, çok iyi tanımlanmış Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) ve pirinç (Oryza sativa L.) transkripsiyon faktörü sekansları üzerinden biyoinformatik analizler ile homolojiye dayalı transkripsiyon faktörü tahmini yapılmıştır. Tespit edilen transkripsiyon faktörleri aileye göre sınıflandırılıp sekans-temelli markör geliştirilme çalışmalarında kullanılmıştır. Çalışma kapsamında geliştirilen markörlerin yakın akraba ve önemli bir Prunus türü olan badem (Prunus dulcis Mill.) genomunda haritalanması sonucunda transfer edilebilir markörler belirlenmiş ve türler arasındaki polimorfizmler tespit edilmiştir. PCR analizleri, biyoinformatik markör geliştirme protokolünün doğrulanmasında kullanılmıştır. Markör lokuslarca kodlanan peptit dizilerinin homolojiye dayalı metodoloji ile üç boyutlu (3D) protein modelleri oluşturulmuştur. Protein modellemesi, biyoinformatik markör geliştirme iş akışını doğrulamış ve ayrıca markör lokusların kodladığı transkripsiyon faktörleri yapılarındaki potansiyel farklılıkları göstermede faydalı olmuştur. Çalışma kapsamında geliştirilen markörler gen ekspresyonu kontrolünde birincil role sahip transkripsiyon faktörü kodlayan genlerde yer aldıklarından, Prunus fonksiyonel genomiği çalışmaları için yüksek bilgi içeriğine sahip olması beklenen genomik araçlar oluşturmaktadır.
  • Öğe
    Patates (Solanum tuberosum L.) Transkripsiyon Faktörü Genlerinin Tanımlanması ve Regülatör Fonksiyonel Markörlerin Geliştirilmesi
    (2022) Tosun, Şerife Nur; Uncu, Ayşe Özgür
    Patates (Solanum tuberosum L.) Solanaceae familyasından yumruları yenen bir bitki türüdür. Dünyanın ekonomik açıdan en önemli gıda ürünlerinden biridir ve gelecekteki gıda güvenliği için büyük öneme sahiptir. Yetiştirilen patates türlerinin haploid kromozom sayısı n = 12'dir, haploid genom büyüklüğü 840 Mb'dır ve %73 diploid (2n = 2x = 24), %4 triploid (2n = 3x = 36), %15 tetraploid (2n = 4x = 48) veya %2 pentaploid (2n = 5x = 60) türlerini içerir. Patates genetiği ve ıslahı çalışmaları, poliploid genomu ve yüksek heterozigotluk seviyeleri sebebiyle yavaş ilerlemektedir. Yüksek verimli sekanslama teknolojilerindeki son gelişmeler ve biyoinformatik araçların zenginliği, patates de dahil olmak üzere çeşitli türlerin genomik bilgilerinin analizine büyük ölçüde katkıda bulunmuştur. Ek olarak, gen ekspresyon veri tabanları gibi çeşitli halka açık biyolojik veri tabanları, aday genlerin içinde veya yakınında bulunan fonksiyonel markör geliştirmeyi mümkün kılmıştır. Temel enerji kaynağı tarım ürünleri arasında yer alan patates bitkisinin transkripsiyon faktörü kodlayan genlerin sistematik biçimde tanımlanıp karakterize edilmesi önemlidir. Bu tez kapsamında öncelikle patates türüne ait transkripsiyon faktörü kodlayan sekanslar tanımlanmış ve transkripsiyon faktörü aileleri bakımından karakterize edilmiştir. Bu genler üzerinden regülatör fonksiyona sahip olma potansiyeli yüksek DNA markörleri geliştirilmiştir. Bu yeni geliştirilen markör seti tezin temel çıktısı olmaktadır. Geliştirilen markör seti, tür içi ve türler arası polimorfizm düzeyi ve çeşitliliğini araştırmak amacıyla hem patates kromozomlarında hem de yakın akraba tür olan Solanum lycopercium kromozomlarında haritalanmıştır. Polimorfik fonksiyonel markörlerin peptit sekansı düzeyinde protein işlevleri için homoloji temelli yapısal protein modelleri oluşturulmuştur. Bu veri seti de tezin önemli bir çıktısıdır.
  • Öğe
    Nanopartiküllerin Ceratophyllum Demersum L.’ Nin Fitoremediasyon Potansiyeli Üzerindeki Etkisinin Belirlenmesi
    (2022) Baş, Serpil; Karataş, Mehmet
    Hiperakümülatör bitkiler kullanılarak kirli bölgelerin rehabilitasyonu, günümüzde çevre dostu ve uygun maliyetli bir uygulama olarak ele alınmaktadır. Bazı bitkiler ağır metalleri toplama ve biriktirme yeteneğine sahip olduğundan, bizlere kontamine olmuş su ve tortuları iyileştirme potansiyeli sunuyor. Ceratophyllum demersum L. (C. demersum) gibi su bitkileri bir fitoremediasyon bitkisi olarak tanınır ve metal stresli ortamlarda hayatta kalıp, ağır metallerle kirlenmiş olan akuatik ortamın iyileştirilmesi için kullanılır. Bu çalışmada C. demersum bitkisinin Kadmiyum (Cd) ağır metaline farklı konsanstrasyonlarda maruz bırakılması kapsamında bitki iyileştirme potansiyeli incelenecektir. Ayrıca, Metalik Nanopartiküller (NPler) artan kullanımı, çevrede NP bulma olasılığını artırıyor ve çok sayıda üründen salınmaları nedeniyle ekosistem ve insan sağlığı üzerine endişe etkisi yaratmaktadır. Fakat ne yazıkki güncel çalışmalarda çevreye salınan NPler hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Tez kapsamında C. demersum in vitro doku kültürü yöntemi ile çoğaltılmıştır. Yanıt yüzey yöntemi (RSM) kullanılarak belirlenen girdi değişkenleri (NP, Cd ve maruz kalma süresi) ile çıktı değişkenleri (Cd alımı, ortamda kalan Cd ve % absorpsiyon) arasında ki ilişki tespit edilip, bitkinin fitoremediasyon potansiyeli incelenmiştir. Sonuçlar, girdi ve çıktı değişkenlerinin birbiri ile uyumlu olduğunu göstermiştir. 20 mg/lt ve daha az TiO2 NP ile 1.8 mg/lt Cd kullanıldığında maksimum Cd alımı gerçekleşmiştir.
  • Öğe
    Fonksiyonelleştirilmiş Grafen Oksit Katkılı Kompozit Membranların Su Arıtımındaki Performanslarının İncelenmesi
    (2022) Kara, Betül; Akın, İlker
    Temiz su ihtiyacının sağlanması 21. yüzyılın ve Avrupa Öngörü Platformu eylem planının öncelikli konularından (Çevre Teknolojileri Yol Haritası 2020, Entegre Su Yönetimi) birisi olup su temininde ileri teknolojilerin kullanılması ve geliştirilmesi önem arz etmektedir. Membran teknolojisi su arıtımı için yüksek seçicili ve verimlilikte yaygın olarak kullanılan bir teknolojidir. Günümüzde su arıtımı için uygun ve ekonomik bir teknoloji olarak kullanılmakta ancak membran teknolojisinin etkinliğine, performans verimliliğine ve ekonomikliğine etki eden mekanik kararlılığı ve membran yüzeyinin kirlenmesi gibi önemli parametreler vardır. Bu dezavantajlarını bertaraf etmek için son yıllarda nanomalzemelerin üretimindeki gelişmeler sayesinde karbon bazlı nanomalzemelerin membran teknolojisine dahil edilmesi sağlanmıştır. Bu proje; Çevre ve Sürdürülebilir Kalkınma Ajansının son raporunda belirtiği üzere ―Ülkemizde mevcut arıtma teknolojilerinin sürdürülebilir kavramı çerçevesinde gelecekte öngörülecek deşarj limitlerini sağlamasının mümkün olmadığı görülmektedir. Mevcut arıtma teknolojileri dünyada gelinen arıtma teknoloji ve yaklaşımlarının oldukça gerisinde kaldığımızı, su kaynaklarının korunması ve atık su arıtımda mutlaka yeni teknolojiler doğrultusunda yeniden tasarlanması ve 'temiz su üretim teknolojileri 'kavramı dahilinde yeni teknolojik uygulamaların hayata geçirilmesi zorunludur‖ ifadesine yeni bir bakış açısı, kaynak ve veri sağlamaktadır. Projede grafen oksit (GO) ve farklı molekül boyutlarına sahip α-,β-,γ-Siklodekstrinler(x-SDs) ile fonksiyonlandıgeliĢmerılmıĢ grafen oksit elde edilerek yapısal ve morfolojik karakterizasyon işlemleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen kompozit malzemenin farklı oranlarda polimer matriksi (PSf) içerisinde homojen bir şekilde dağıtılıp, destek malzemesi üzerine kaplanmasıyla yeni nesil kompozit membranlar oluşturulmuştur. Kompozit membran performans testlerinin; su geçirgenliği, akı geri kazanım oranı, bovin serum albümin/ovalbumin kullanarak kirlilik testleri ve arsenik giderimi Prozesstechnik GmbH pres masaüstü membran pilot sisteminde her bir kompozit membran için karşlaştırılarak araştırılmış ve Emet-Kütahya bölgesinden temin edilen gerçek su numunesinde membranların performansı incelenmiĢtir. Bu projenin önemli çıktıları; polimer destek içinde grafen ve modifiye grafen temelli malzemeler (iGO/x-SDs) kullanarak performansı yüksek membran tasarlanmıştır. Bu sayede, gerçek su numunelerinin arıtma iĢlemlerinde; GO ve iGO/x-SDs (x: α,β,γ) katkılı kompozit membranlarla gerçekleştirilmesi, membran teknolojileri alanında bilgi birikiminin sağlanması, membran ve malzeme teknolojileri alanında bilim insanı yetiştirilmesine katkı sağlanmıştır.
  • Öğe
    Tabletlerde Parasetamol ve Tramadol Hidrokloridin Ana Bileşen Regresyonu ve Kısmi En Küçük Kare Yöntemleriyle Eş Zamanlı Spektrofotometrik Tayini
    (2022) Pınarcık, Nermin; Selimoğlu, Faysal
    İlaç endüstrisi ürünlerinin çeşitliliği gerek doz gerekse de kullanılacak olan ilaç içeriklerinin farmasötik ve tıbbi araştırma süreçleri sonrasında ortaya çıkarılan tedavilerin süre ve maliyeti, günümüz şartlarında çok önemlidir. Özellikle tedavisi güç ve zaman alan hastalıklara karşı üretilen ve kullanılan kombine ilaç içeriklerinin miktar tayinlerinde, analitik yöntemler önemli araçlardır ve bu yöntemlere ihtiyaç giderek artmaktadır. Kombine ilaçlar hedefe yönelik terapinin en önemli araçlarındandır ve her geçen gün daha fazla sayıda hastanın yaşamına katkıda bulunmaya devam etmektedir. Bu ve benzeri tip müstahsarların içerik ve miktar tayinine dönük kantitatif tayinlerde, en çok kullanılan kemometrik yöntemlerden ikisi ana bileşen regresyonu (PCR) ve kısmi en küçük kareler (PLS) dir. Bu yöntemler matematiksel olarak ele alındığında her bir müstahzarın miktar tiyinine dönük aletli analiz yöntemlerinden elde edilen dataların analizinde, doğru, güvenilir ve hızlı sonuçlar elde etmeye imkan sağlar. Bu tez çalışmasında kombine bir ticari tablet formülasyonu olan Zaldiar’ın içeriğini teşkil eden, tramadol hidroklorür (TRA) ve parasetamolün (PAR) eşzamanlı tayini, miktar tayini, ekstraksiyon veya ön ayırma gibi işlemler kullanılmadan karışımdan elde edilen UV-spektrofotometrik verilerine ana bileşen regresyonu ve kısmi en küçük kareler yöntemleri uygulanarak gerçekleştirildi. Analitlerin spektrofotometrik tayini için, PAR için 6-36 µg/mL ve TRA için 4-10 µg/mL doğrusal konsantrasyon aralıklarında; PAR ve TRA içeren 16 farklı karışımdan oluşan bir kalibrasyon seti, sırasıyla 24 tam fraksiyonel tasarım modeli kullanılarak hazırlandı. Örneklerin absorbansları 215-280 nm (∆λ=0.1 nm) arasında ölçüldü. Kalibrasyon seti için absorbans veri seti 215-280 nm (∆λ=0.1 nm) arasındaki absorbsiyon spektrumlarından gelen datalar kullanılarak elde edildi, devamında konsantrasyon ve absorbans setleri kullanılarak PCR ve PLS kalibrasyonu yapıldı. Deney sonuçlarının kemometrik yöntemlerle karşılaştırılması amacıyla, PAR/TRA ikili kombinasyonlarını içeren karışımların kantitatif çözünürlüğü için oran spektrumları-birinci türev spektrofotometrisi geliştirilmiştir. Önerilen kemometrik yöntemler PCR ve PLS ve oran spektrumları birinci türev yaklaşımları validasyon örnekleri incelenerek doğrulandı ve ticari tablet örneklerinin analizine uygulandı. Analiz sonuçları, önerilen yöntemlerin TRA ve PAR’ın ikili karışımlarını içeren ticari tablet formülasyonlarının kalite kontrol ve rutin analizlerinde kantitatif analiz için çok uygun olduğunu göstermiştir.
  • Öğe
    Bir dizi sülfonamido benzoksazol türevi bileşiğin in vitro antikanser aktiviteleri ve yapı-aktivite ilişkilerinin değerlendirilmesi
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Çelik, Esra Sultan; Foto,Egemen
    Benzazol halka sistemi olarak geliştirilen benzoksazol; nükleik asitler, proteinler, vitaminler gibi biyolojik sistemlerdeki organik bileşiklerle kolaylıkla etkileşime girebildiği ve nükleik asit bazlarına olan yapısal benzerliğinden dolayı antikanser ajan olarak kullanılabilmektedir. Bu çalışmada, yeni antikanser ajan geliştirmek amacıyla, yapısı gereği antikanser olarak aktif olabileceği düşünülen bir grup sülfonamido benzoksazol türevi bileşik sentezlenmiştir. Antikanser aktivite testleri; insan karaciğer kanseri hücresi (A549), insan meme kanseri hücresi (MCF7), sıçan glial tümör hücresi (C6) üzerinde gerçekleştirilmiştir. Ayrıca test bileşiklerinin sağlıklı hücreler üzerindeki etkileri ise fare bağ doku fibroblast hücresi (L929) hücre serisi kullanılarak belirlenmiştir. Buna göre; TN1, TN2, TN10, TN12 bileşiklerinin sitotoksik etkilerinin L929 hücre hattında en yüksek olduğu görülmüştür.TN3 bileşiğinin sitotoksik etkisinin C6 hücre hattında en yüksek olduğu görülmüştür. TN4 bileşiğinin sitotoksik etkisinin L929, A549 hücre hatlarında en yüksek olduğu görülmüştür. TN5, TN6, TN11, TN13, TN14 bileşiklerinin sitotoksik etkilerinin MCF7 hücre hattında en yüksek olduğu görülmüştür. L929 hücre hattı için en etkili bileşiğin 8,64 µM IC50 değeri ile TN1 bileşiği olduğu bu değerin pozitif kontrol bileşiği etoposidin 24,99 µM olan IC50 değerinden daha yüksek olduğu görülmüştür. MCF7 hücre hattı için en etkili bileşiğin 18,66 µM IC50 değeri ile TN13 bileşiği olduğu bu değerin pozitif kontrol bileşiği etoposidin 39,47 µM olan IC50 değerinden daha yüksek olduğu görülmüştür. C6 hücre hattı için en etkili bileşiğin 4,01 µM IC50 değeri ile TN3 bileşiği olduğu bu değerin pozitif kontrol bileşiği etoposidin 4,01 µM olan IC50 değeriyle aynı olduğu görülmüştür. A549 hücre hattı için en etkili bileşiğin 17,92 µM IC50 değeri ile TN4 bileşiği olduğu bu değerin pozitif kontrol bileşiği etoposidin 32,49 µM olan IC50 değerinden daha yüksek olduğu görülmüştür. Test bileşiklerinin sitotoksik etkilerinin belirlenmesi amacıyla SRB (sülforodamin B testi) yöntemi uygulanmıştır. Tez kapsamında elde edilen biyolojik aktivite verileri ve bileşiklerin yapı aktivite ilişkileri değerlendirilmiştir.
  • Öğe
    Cytisus (Fabaceae) cinsinde yer alan taksonların karyolojileri üzerine bir çalışma
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Koçak, Sena; Martin, Esra
    Fabaceae (Baklagiller) familyası içerisinde yer alan Cytisus cinsi: Cytsisus, Tubocytisus, Corothamnus, Spartopsis, Chronanthus olmak üzere beş seksiyondan oluşmakta ve ülkemizde 16 tür ile temsil edilmektedir. Bu çalışmada Cytisus cinsine ait on farklı takson sitogenetik yönden incelenmiştir. Bitkilere ait tohumlar ülkemizin farklı lokalitelerinden toplanmıştır. Mitotik metafaz kromozomlarının belirlenmesi Görüntü Analiz Sistemi (Bs200ProP) kullanılarak yapılmıştır. Bu tez çalışmasında ezme-yayma preparasyon tekniği kullanılarak görüntüleme sistemi sonucunda elde edilen somatik kromozom sayıları taksonlar arasında karşılaştırılmış ve taksonlar arasındaki varyasyonlar ortaya konulmuştur.
  • Öğe
    Hibiscus sabdariffa L. ekstraktı kullanılarak sentezlenen gümüş nanopartiküllerin sentez parametrelerinin antimikrobiyal aktiviteye etkisinin değerlendirilmesi
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Başarı, Hasan; Yöntem, Mustafa
    Nanoteknoloji uygulamaları günümüzde, özellikle tıbbi ve çevresel alanlar başta olmak üzere çok çeşitli alanlarda kullanılmaktadır. Nanopartiküller için toksik olmayan sentez protokollerine duyulan ihtiyaç, biyolojik sentez yaklaşımlarına olan ilgiyi artırmaktadır. Mevcut tez çalışmasında, gümüş (Ag) nanopartiküllerin (NP) bitki ekstraktı aracılığı ile sentezinde pH, sıcaklık ve konsantrasyon parametrelerinin nanopartikül oluşumuna ve antimikrobiyal aktiviteye olan etkisinin incelenmesi amaç olarak belirlendi. Gümüş nanopartiküllerin sentez sürecinde indirgeyici ve stabilize edici ajan olarak Hibiscus sabdariffa bitkisinin sulu ekstraktı kullanıldı. Sentezlenen AgNP'ler, UV-Vis, XRD, FTIR, FESEM-EDX, STEM, TEM, DLS ve zeta potansiyel analizleri yardımıyla karakterize edildi. Nanopartiküllerin antibakteriyel ve antifungal aktiviteleri ortaya çıkarıldı. Ayrıca sentezlenen AgNP'lerin DPPH radikali süpürme etkinliği değerlendirildi. XRD sonuçları, saf nano boyutlu kristalin gümüş nanopartiküllerin sentezini doğruladı. DLS analizi sonuçları, pH 7.5'ta sentezlenen nanoaprtiküllerin PDI değerlerinin diğer pH değerlerine göre düşük olduğunu gösterdi. Oda sıcaklığındaki nanopartiküllerin sentezinde pH artışının nanopartikül boyutunu düşürdüğü tespit edildi. Ayrıca, nanopartiküllerin zeta potansiyeli ile pH, metal tuz ve ekstrakt konsantrasyonlarından etkilendiği ortaya çıkarıldı. pH etkisinin diğer parametrelere oranla AgNP'lerin karakteristik özellikleri üzerindeki etkisinin en fazla olduğu gözlemlendi. Sentezlenen AgNP'lerin hem hem Gram-pozitif hem de Gram-negatif bakterilere karşı aktivitesinin olduğu ortaya çıkarıldı. Diğer taraftan, nanopartiküllerin en yüksek aktiviteyi Staphylococcus aureusa'a karşı gösterdiği belirlendi. Genellikle düşük pH 7.5 ortamında sentezlenen AgNP'lerin, yüksek pH değerinde (8.5 ve 10.5) sentezlenen AgNP'lere oranla daha fazla antibakteriyel aktivite gösterdiği bulundu. DPPH süpürme aktivitesinin ise pH 7.5 değerinde en yüksek olduğu belirlendi. Sonuç olarak, AgNP sentezinde pH faktörünün önemli rol oynadığı ve nanopartiküllerin biyolojik aktivitelerinin değerlendirilmesinde önemli olacağı düşünülmektedir. Bu çalışma ile nanopartiküllerin sentez parametreleri ile biyolojik aktivitelerinin kontrol edilebileceği ve bu şekilde sağlık ve gıda başta olmak üzere birçok alanda güvenli kullanımının önünün açılabileceği öngörülmektedir.
  • Öğe
    In Vitro Koşullarda Pitaya (Hylocereus Undatus)’nın Çoğaltılması
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Usta, Ayşe; Karataş, Mehmet
    Pitaya, Hylocereus cinsi çeşitli kaktüs türlerine ait olan bir bitkidir. Birçok ülkede yaygın olarak tüketilen besleyici özelliklere ve zengin içeriğe sahip olan pitaya bitkisi, son dönemde ülkemizde de yetiştirilmeye başlanmıştır. Pitaya bitkisinin geleneksel üretiminde karşılaşılan zorluklar bitki doku kültürü sayesinde engellenebilir ve bitki potansiyeli daha da artırılabilir. Bu çalışmada pitaya bitki üretimi için in vitro rejenerasyon protokolü geliştirerek, hızlı ve hastalıksız üretim hedeflenmiştir. Pitaya tohumlarına % 0,1 civa klorür (HgCl2) ile 3 dakika yüzey sterilizasyonu uygulanmıştır. Eksplantlar, 5 farklı konsantrasyonda (0,25, 0,5, 1, 2, 3 mg/L) 6-benzilaminopürin (BAP), thidiazuron (TDZ) ve kinetin (KIN) olmak üzere 3 farklı büyüme düzenleyici takviye edilmiş Murashige and Skoog (MS) ortamlarında kültüre alınmıştır. Kültür ortamı kontrolü sağlanarak in vitro sürgün rejenerasyonu yüzdesi, kallus oluşumu yüzdesi, eksplant başına sürgün sayısı, sürgün uzunluğu verileri toplanmış ve istatistiksel analize tabi tutulmuştur. Sürgün rejenerasyonu için en iyi sonuç %96,66 olarak 0,5 mg/L KIN ilave edilmiş MS ortamında, en yüksek kallus oluşumu TDZ bulunan kültür ortamlarında gözlemlenmiştir. 0,5 mg/L TDZ ortamında %90 kallus oluşumu en yüksek orandır. Eksplant başına sürgün sayısı, BAP bitki düzenleyicisinin bulunduğu ortamlarda en yüksek oranda sonuç vermiştir. Bu denemede en yüksek sürgün uzunluğu 1,2 ve 1,16 cm olarak sırasıyla 1 mg/L ve 0,5 mg/L KIN ortamında kaydedilmiştir. Köklendirme ve adaptasyon denemesi başarılı sonuçlanmıştır.
  • Öğe
    Farklı Büyüklükteki Bakır Oksit Nanopartiküllerinin Cucumis Sativus ve Toprak Enzimleri Üzerine Etkilerinin Değerlendirilmesi
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Işıldak, Yavuz; Yöntem, Mustafa
    Son yıllarda, mühendislik ürünü nanomalzemeler hem üretim hacmi hem de uygulama çeşitliliği açısından artmıştır. Bakır esaslı nanopartiküller, zirai kimyasallar olarak kullanılmaya başlanmış, agro ekosisteme girmiş ve toprak-bitki sistemlerini etkilemişlerdir. Bakır eksikliği bitkilerin hastalık direncini azaltmakta ve mahsul verimini düşürmektedir. Temel bir element olmasına rağmen, toprak ortamındaki aşırı bakır miktarı bitki ve toprak organizmaları için toksik hale gelebilmektedir. Bu çalışmada, saksı denemelerinde toprak örneklerine uygulanan farklı büyüklükteki bakır oksit (CuO) nanopartiküllerin (NP) Cucumis sativus'un gelişimine ve toprak enzimi aktivitesi üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. 30, 50 ve 100 nm olarak temin edilen CuO NP’lerin karakterizasyonları XRD ve FESEM ile gerçekleştirildi. Konya tarım toprağından alınan örneklere CuO NP ve Cu+2 iki farklı konsantrasyonda uygulandı. Uygulanan örneklerin Cucumis sativus bitkisine etkisi, bitki kök-gövde yaş ve kuru ağırlık ölçümleri ile analiz edildi. Ayrıca bitkide uygulama sonrası meydana gelen TAS ve TOS değerleri incelendi. Uygulama sonrası toprak örneklerinde meydana gelen toprak enzimleri ve solunum değişimleri değerlendirildi. Bunlara ilaveten, bitki yaprak ve gövdesinde biriken bakır miktarı ölçüldü. CuO NP’lerin karakterizasyonu ile nanopartiküllerin farklı boyutlara sahip olduğu ortaya çıkarıldı. Nanopartiküller ile Cu+2 karşılaştırıldığında, nanopartiküllerin daha az bitki büyüme inhibisyonuna yol açtığı belirlendi. Çalışma sonucunda, özellikle düşük boyuta sahip nanopartiküllerin daha yüksek oranda bitki yaş ve kuru ağırlığında düşüşe neden olduğu belirlendi. Ayrıca, tüm örneklerde TAS ve TOS değerlerinin kontrol gurubuna göre arttığı belirlendi. En yüksek TAS ve TOS değerleri 400 mg kg-1 uygulamada 30 nm boyuta sahip CuO NP’lerde görüldü. Dehidrogenaz ve alkalen fosfataz enzimi aktivitelerinde ise bakır oksit nanopartiküllerin boyut bağımlı etkilerinin her iki enzim için farklı sonuçlar ortaya çıkardığı bulundu. Bu çalışmada, Cu+2 uygulamasının CuO NP'lere göre toprak solunumunu oldukça düşürdüğü sonucu elde edildi. Ayrıca, bitkinin yaprak ve kök kısımlarında Cu+2’nin CuO NP’lere oranla daha fazla biriktiği ve 30 nm boyuta sahip CuO NP’lerin diğer nano uygulamalarına oranla daha fazla bulunduğu belirlendi. Sonuç olarak, CuO NP’lerin boyut bağımlı etkisinin toprak özelliklerinde ve bitki gelişiminde farklı davrandığı ortaya çıkarıldı. Bu çalışma, bakır oksit nanopartiküllerin tarım alanında kullanımlarında daha belirleyici ve kapsamlı stratejilerin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır.
  • Öğe
    Jelatin ile Modifiye Edilmiş Gümüş Nanopartiküllerin Antibakteriyel Etkinliğinin ve Uçucu Yağlar ile Sinerjisinin Araştırılması
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2022) Esirgenler, Büşra; Erci, Fatih
    Son yıllarda nanoteknoloji insan toplumunun vazgeçilmez bir parçası haline geldi. Çok sayıda potansiyel mühendislik ürünü nanomalzeme arasında, gümüş nanopartiküller (AgNP'ler) genellikle antimkrobiyal özellikleri sayesinde birçok alanda kullanılmaktadır. Özellikle, AgNP’ler toprak gibi çevresel alanlara doğrudan veya dolaylı olarak mikroorganizmalara etki edebilmektedir. Bu çalışmada jelatin aracılı gümüş nanopartiküller (Gel-AgNP) sentezlendi. Sentezlenen Gel AgNP'lerin karakterizasyonu, UV-vis spektroskopisi, FT-IR, XRD, TEM, DLS ve zeta potansiyel analizleri yoluyla gerçekleştirildi. Nanopartiküllerin, uçucu yağların ve bunların kombinasyonlarının antibakteriyel aktiviteleri hem Gam-pozitif hem de Gram-negatif suşlara karşı agar difüzyon testi kullanılarak değerlendirildi. Ayrıca, tüm örnekler farklı konsatrasyonlarda toprağa uygulanarak toprak özellikleri, toprak solunumu ve toprak ekzoenzimleri (dehidrojenaz ve alkalen fosfataz) açısından analiz edildi. Çalışma sonucunda, TEM görüntüleri ile sentezlenen AgNP'lerin küresel şekilli olduğu ve iyi bir homojen dağılım gösterdiği ortaya çıkarıldı. Zeta analizleri ile nanopartiküllerin pozitif yüklü olduğu belirlendi. AgNP’lerin en fazla antibakteriyel aktiviteyi Staphylococcus aureus bakterisine karşı gösterdiği gözlemlendi. Genel olarak sonuçlar, AgNP'lerin hem Gram-pozitif hem de Gram-negatif suşlar için antibakteriyel aktivitelerinin uçucu yağlar ile kombinasyonlarında artabileceğini gösterdi. Ayrıca, AgNP'lerin ve uçucu yağların topraktaki her iki ekzoenzim aktivitelerinde özellikle daha yüksek maruz kalma süreleri ve konsantrasyonlarda düşüşe yol açtığı sonucuna varıldı. Sonuç olarak, jelatinin gümüş nanopartikül sentezinde hem indirgeyici hem de stabilize edici ajan olarak rol aldığı bulundu. Özellikle nanopartiküller ile uçucu yağ kombinasyonlarının gümüş nanopartiküllerin mikroorganizmalarla etkileşimde farklılık ortaya çıkardığı değerlendirildi. Tüm bu sonuçlar gümüş nanopartiküllerin farklı alanlarda kullanımında yeni stratejilerin gelişmesine katkıda bulunması beklenmektedir.
  • Öğe
    Türkiye'de siyah nohut (Cicer arietinum L.) bitkisinde in vitro rejenerasyon çalışmaları
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Kirtiş, Arife; Asım, Muhammad
    Nohut (Cicer arietinum L.) yemeklik baklagillerin en önemli bitkilerinden birisidir. Nohut genel olarak iki farklı tip Kabuli tipi ve Desi tipi olarak bulunmaktadır. Desi nohut tıbbi açıdan önemli bir bitkidir ve bitkinin potansiyeli biyoteknolojik yöntemler kullanarak daha da arttırabilir. İn vitro rejenerasyon protokolü geliştirilerek sürekli bitki materyali sağlanması, mevsime bağlı kalmadan istenildiği kadar üretilebilmesi, biyoçeşitliliğe zarar vermeden sistemin sürdürülebilmesi gibi avantajlar sağlanabilecektir. Bu çalışmada bitki materyali olarak Desi nohutun in vitro koşullarda çoğaltılması hedeflenmiştir. Tez kapsamında Desi tipi nohut bitkisinin farklı eksplantları (sürgün ucu, kotiledon boğum ve tohum), farklı oranlarda (0,25, 0,50, 1,00, 1,50, 2,00, 3,00 mg/L) benzilaminopurin (BAP), thidiazuron (TDZ) ve kinetin (KIN) bitki büyüme düzenleyicilerini içeren Murashige & Skoog (MS) ortamında 8 haftalık kültüre alınmıştır. Sürgün ucu ve kotiledon boğum eksplantları ise 3-4 günlük in vitro çimlenmiş fidelerden elde edilmiştir. Sterilizasyon için % 5 NaOCl (çamaşır suyu) 15 dakika uygulanması en uygun bulunmuştur. Çalışmalar sonucunda tüm eksplantlarda sürgün rejenerasyonu kaydedilmiştir. Kültür ortamlarında en fazla sürgün sayısı (46,05) tohum eksplantından 0.50 mg/L TDZ içeren MS besi ortamında elde edilmiştir. Tüm eksplantlar ve hormonlar kıyaslandığında en uzun sürgün tohum eksplantından 0.25 mg/L BAP konsantrasyonunda kaydedilmiştir. Elde edilen sürgünler farklı konsantrasyonlarda (0.25, 0.50, 1.00, 1.50, 2.00 mg/L) indol-3-butirik asit (IBA) içeren besi ortamlarında köklenmeye bırakılmıştır. In vitro köklenen bitkiler perlit ve torf karışımı (4:1) bulunan saksılarda dış koşullara adaptasyon sağlamıştır. Saksılarda bitkilerde çiçeklenme ve tohumlar elde edilmiştir.
  • Öğe
    Fitoremediasyon çalışmaları için fitoşelatin sentaz (PCS1) geninin izolasyonu ve klonlanması
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Sevinç, Canan; Asım, Muhammad
    Bitkilerde ağır metal toleransında rol aldığı bilinen genlerden biri Fitoşelatinler (PC) ailesine ait PCS1 genleridir. PC'ler indirgenmiş glutatyondan (GSH) enzimatik olarak sentezlenir. Ɣ-glutamilsistein dipeptidil transpeptidaz enzimi (EC 2.3.2.15, yaygın olarak fitoşelatin sentaz (PCS) olarak adlandırılır) ile katalize edilen reaksiyon, metal iyonları ile aktive edilir. Bitkiler, ağır metallere karşı bir savunma mekanizması olarak, ağır metal varlığında PC sentezlerler ve bu metal-şelatlayıcılar, ağır metal iyonlarının bazılarıyla kompleksler oluştururlar, daha sonra sitosoldan, vakuole aktarılırlar. Tezin amacı doğrultusunda, bu metal-şelatlayıcı peptidleri sentezleyen PCS1 genleri bitki kaynaklarından izole edilip klonlanması sağlanmıştır. Bu amaçla, Arabidopsis thaliana ve Ceratophyllum demersum bitkileri kullanılmıştır. C. demersum bitkisinde PCS1 geni bulunmazken, A. thaliana bitkisinden PCS1 geni izole edilip Pfu DNA Polimeraz ile yüksek doğrulukta amplifiye edilmiştir. Amplifikasyonu gerçekleştirilen PCS1 genlerinin, pBIN61 (bitki ekspresyon vektörü) plazmidi ile T4 DNA Ligaz enzimi aracılığıyla ligasyonu sağlanmıştır. Ligasyon sonrası PCS1 genlerini içeren pBIN61 plazmidleri ısı şoku transformasyon yoluyla Escherichia coli bakterisinin JM109 ırkına aktarılmıştır. Transformasyonu yapılan E. coli bakterileri kanamisin (50 mg/L) içeren LB agar besi ortamına ekilerek kanamisin antibiyotiğine dayanıklılık yoluyla, PCS1 genlerini içeren plazmidleri taşıyan bakteri kolonilerinin seleksiyonu yapılmıştır ve koloni PCR, restriksiyon analizi yöntemleri ile doğrulamaya tabi tutulmuştur. Koloni PCR' da pozitif sonuç vererek, PCS1 genini içeren pBIN61 plazmidini taşıdığı belirlenen koloniler seçilerek plazmid izolasyonu gerçekleştirilmiştir ve ayrıca gliserol stokları -80 °C' de saklanmıştır. Pozitif klonlar, elektroporasyon cihazı kullanılarak Agrobacterium suşu LBA4404' e transforme edilmiştir. Sonraki çalışmalarda PCSI genini içeren Agrobacterium ile farklı bitkilerin transformasyonu gerçekleştirilerek transgenik bitkiler oluşturulabileceği ve bu tür transgenik bitkilerin, ağır metallerle kirlenmiş ortamların fitoremediyasyonunda kullanılabileceği düşünülmüştür.
  • Öğe
    Farklı endemik origanum taksonlarının genetik çeşitliliğinin ssr ve srap markörleriyle belirlenmesi ve bazı gıdalardaki enzim aktiviteleri üzerine etkilerinin araştırılması
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Tanhaş, Esra; Martin, Esra
    Bu çalışmada, içlerinde endemik türlerinin de yer aldığı bazı Origanum taksonlarına ait bitki örneklerinde moleküler markörlerle bitkiler arasındaki genetik çeşitlilik belirlenmiştir. Origanum cinsi için geliştirilmiş SSR (simple sequence repeat) ve SRAP (sequence-related amplified polymorphism) markörlerinin kullanıldığı çalışmada, 18 Origanum türüne ait 21 farklı örneğin moleküler genetik çeşitliliği elde edilen 91 polimorfik allel ile analiz edildi. İşaretçi lokusların ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PIC) 0,2785 iken, NJ (Neighbor Joining) ile kümeleme analizi minimum ve maksimum benzememezlik değerleri sırasıyla 0,127 ve 0,882 olarak bulunmuştur. Elde edilen verilere göre, O. syriacum L. subsp. bevanii (Holmes) Greuter & Burdet ve O. majorana L. birbirine en uzak iki tür olarak bulunurken, Origanum onites L. ve Origanum vulgare L. subsp. hirtum (Link.) Ietswaart birbirine en yakın türler olarak bulunmuştur. Ayrıca, bazı Origanum türlerinin çalışma kapsamında seçilmiş gıda örneklerindeki (kıvırcık marul, ıspanak, mantar, patlıcan ve marul) bazı enzimlerin aktivitelerine olan etkileri de bu bitkilerin sulu ekstrakt, hidrosol ve uçucu yağ formları ile incelenmiştir. Bu gıdaların ihtiva ettiği gıdalarda bozulma etmeni peroksidaz (POD), polifenoloksidaz (PPO) ve lipoksigenaz (LOX) gibi enzim grupları üzerinde gerçekleştirilen analizlerin hiçbirinde, söz konusu enzim grubunun tamamen inaktivasyonu sağlanamamıştır. Origanum bitki türlerinin doğal bir gıda katkı maddesi olarak potansiyel kullanımı göz önüne alındığında, türler arasındaki ilişkiyle bağlantılı enzim aktivitesi üzerindeki etkilerini anlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
  • Öğe
    Hidrojen sülfür'ün (H2S) kuraklık toleransı sağlamadaki etkilernin biyokimyasalve gen ifadesi düzeyinde domates (Solanum lycopersicum L.) bitkisinde araştırılması
    (Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Andiç, Muhammed; Yöntem, Mustafa; Erci, Fatih
    H2S'in bitki büyüme ve gelişimi üzerinde etkileri olduğu uzun zamandır bilinmekle birlikte, sinyal molekülü fonksiyonlarının araştırılması ancak son birkaç yıla dayanmaktadır. İlgili çalışmalar, bitkilerde abiyotik stres altında H2S birikiminin arttığını rapor etmekte ve mikro molar düzeyde H2S uygulamasının abiyotik stres toleransı sağlamada etkili olduğuna göstermektedir. Kuraklık tarımsal üretimde verim kaybına sebep olan büyük etmenlerden biridir ve yakın gelecekte dünya üzerinde kuraklıktan etkilenen alan ve kuraklığın etki derecesinin artacağı ön görülmektedir. H2S in mevcut literatür ile bildirilen bitkilerde kuraklık toleransı sağlama etkisi ümit vericidir ancak çalışmaların çoğunluğu Arabidopsis 'te gerçekleştirilmiş olup majör tarım ürünlerinde molekülün kuraklık cevabına etkisinin incelendiği çalışmalar son derece sınırlıdır. Domates dünya genelinde tüketilen başlıca tarım ürünlerinden biri olup ülkemiz tarım ekonomisi için büyük öneme sahip olması ile birlikte bitki fizyolojisi ile moleküler biyoloji ve genetik çalışmaları için önemli bir model organizmadır. Çalışma kapsamında H2S uygulamasının kuraklık koşulları altında abiyotik stres cevabı ile ilişkili gen ifadesine olası etkileri absisik aside duyarlı ve absisik asitten bağımsız yolaklar göz önüne alınarak ve stres cevabı ile ilişkili mikro RNA ve mikro RNA'ya duyarlı genler de çalışmaya dahil edilerek araştırılmıştır. H2S uygulamasının hücre zararı markörü bileşikler ve antioksidan enzimlerin birikimine etkileri kimyasal analizler ile belirlenmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda H2S'in domates bitkisinde kuraklık toleransı sağlamada etkili olduğu ortaya çıkmıştır. H2S uygulanan gruplarda MDA birikimi daha az olmuş, antioksidan enzim miktarlarında ise çok fazla artış olmuştur. Gen ekspresyonu çalışmalarının tamamında kuraklık stresi altında NaHS uygulanan gruptaki ekspresyon oranı kontrol grubuna ve kuraklık uygulaması altındaki kontrol grubuna göre daha fazla olduğu gözlenmiştir.