Necmettin Erbakan Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Erbakan, Necmettin Erbakan Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve yayınların etkisini artırmak için telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Mikroçevre duyarlı G4 ligandlarının geliştirilmesi, kanser metabolizmasının ve immun tepkinin düzenlenmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Özsamur, Nezahat Gökçe; Erbaş Çakmak, Sündüs
G-kuadrupleks (G4) yapısı nükleik asitlerin guanince zengin bölgelerinde oluşan ve dizi içeriğine, uzunluğuna, monovalent katyona bağlı olarak farklı konformasyonlarda bulunan ikincil bir yapıdır. Gkuadrupleks yapısının kanser oluşumu ve gelişiminden sorumlu onkogen anlatımını ve telomeraz aktivitesini etkilemesi bu yapıları anti-tümör tedavi hedefi olarak bilim dünyasının ilgi odağı haline getirmiştir. G-kuadrupleks yapılarını kararlı hale getiren ligandların geliştirilmesi, yapı-aktivite ilişkilerinin çözümlenmesi ve hedef hücrede aktifleşerek seçici etkinlik gösteren ligandların terapötik potansiyellerinin değerlendirilmesi önemli bir çalışma alanı olmuştur. Bu tez çalışmasında seçici olarak G-kuadrupleks yapısına bağlanan, farklı yük ve konjugasyona sahip BODIPY temelli farklı G4 ligandı sentezlenmiş ve G4 seçicilikleri, stabilizasyonu karşılaştırılmıştır. Düzlemsel ligand yapısının ve yük sayısının G4 bağlanma ile korele olduğu, tasarlanan ligandlardan sırasıyla üç ve iki pozitif yüke sahip distiril yapıda olan piridinyum yapıda NGL-4 ve ammonyum yapıda NGL-8 ligandlarının daha iyi stabilizasyon sağladığı tespit edilmiş olup bu ligandların G4 oluşturan DNA oligomerlerinin Tm derecesinde 26 oC’ye varan artmaya sebep olduğu gözlenmiştir. G4-spesifik antikorlarla yapılan floresan mikroskop ve akış sitometri analizler NGL-4 ligandının B16-F10 fare melanom hücresinde G4 katlanmasını yaklaşık 3 kat artırdığını göstermektedir. Tümör mikroçevresi makrofaj (RAW 264.7) ve Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonu kokültürleri ve bakteri quorum sensing (çoğunluk algısı) sinyal bileşikleri açil homoserin lakton (AHL) kullanılarak taklit edildiğinde immün tepkinin farklı düzenlenebildiği tespit edildi. NGL-5 ligandının yapısında yer alan nitrobenzil biriminin kanser mikroçevresi ile ilişkili hipoksi ortamında indirgenmesi ile aktifleşebilecek şekilde tasarlanmıştır. Ayrıca yapısında yer alan iyot ağır atomu sayesinde singlet oksijen üreterek G4 oksidasyonu yapabilecek olup bu sayede fotodinamik etki ile G4 stabilizasyonunun sinerjik etkisinden faydalanılmak istenmiştir. Nitroredüktaz enzimi ile aktifleşebildiği belirlenen ligandın, ışık, karanlık, hipoksi ve normoksi mikroçevrelerinde anlamlı şekilde guanin oksidasyonunu artırdığı, hücre göçünü yavaşlattığı, ışıklı ve hipoksik mikroçevrede sitotoksisitesinin daha fazla olduğu tespit edilmiştir. Floresan mikroskobu ile yapılan analizlerde NGL-8 ligandının asetillenmesi ile elde edilen yüksüz NGL-7 ligandının hücre penetrasyonunun 2 kat fazla olduğu ve çekirdekte lokalize olduğu anlaşılmıştır. Bu ligandın histon deasetilaz 2 ve 6 enzimlerinin fazla ekprese edildiği mikrosatelit kararsız kolon kanseri hücrelerinde hücre proliferasyonunu %73 oranında baskıladığı gözlemlenmiştir. G4 ligandlarının tümör proliferasyon, metastazı, immün düzenlenme ve inflamasyon üzerindeki etkisi çeşitli kanser hücreleri üzerinde araştırılmıştır. Ligandların promotöründe G4 yapısı bulunan onkogenlerin (HIF-1α, BCL-2, cMYC, VEGFA, TERT) anlatımını transkripsiyonel olarak baskıladığı belirlenmiştir. İmmün sistemin düzenlenmesinde sorumlu sitokinler, kemokinler, düzenleyici proteinlerin gen anlatımını baskıladığı v gösterilmiştir. Bu tez çalışması ile G4 ligandlarının immün sistem üzerindeki transkripsiyonel etkisi araştırılmış ve potansiyel terapötik etkisi tartışılmıştır.
Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Olgun, Hacer; Erbaş Çakmak, Sündüs
Vimentin, hücre entegrasyonunu sağlayan, hücreyi mekanik strese karşı koruyan ve hücrede daima bulunan ana hücre iskeleti bileşenlerinden biridir. Aynı zamanda meme, epitel, prostat, melanom gibi çeşitli kanser hücrelerinde anlatımı artan, kanserin ilerlemesi, metastaz yapması süreçlerinde etkin rol oynayan bir Epitel-Mezenkimal Geçiş (EMT) protein belirtecidir. Bu protein, hücrelerin daha hareketli olmasına, hücrelerin doku ve organlardan uzaklaşarak vücutta yayılmasına sebep olur. Ayrıca, kanser hücrelerinin invazyon kabiliyetini artırarak tümörlerin daha agresif bir şekilde ilerlemesine neden olur. Vimentini hedef alan terapötik yaklaşımların antikanser ve anti-metastatik potansiyeli bulunmaktadır ve proje kapsamında vimentin hedefleyen yeni nesil molekülün anti-kanser ve anti-metstatatik etkisi incelenmiştir. Bu tezde, epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ile doğrudan ilişkili olan ve kanser metastazının oluşumunda önemli bir rol oynayan hücre ara filamenti vimentin proteininin, PROTAC (Proteoliz Hedefli Kimera) teknolojisi kullanılarak hedeflenmesi FiVe1 vimentin bağlayıcı modül ve CRBN sereblon bağlayıcı modüller ile incelenmiştir. PROTAC yaklaşımı iki başlı moleküller aracılığıyla hedef proteinlerin ubikitinleme yapan enzimlere yakınlıştırılarak ubikitinlemeye bağlı degredasyonunun hızlandırılması prensibine dayanır. VİM1 adı verilen PROTAC bileşiği başarıyla sentezlenmiş ve Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) ve yüksek çözünürlüklü kütle (QTOF-LC/MS) analizleri ile karakterize edilmiştir. Yalnızca vimentin bağlanan birim (9) ve VİM1 PROTAC’i ile insan sağlıklı umblikal ven endotel hücreleri (HUVEC), insan akciğer kanseri hücreleri (A549), insan meme kanseri hücreleri (MCF7 ve MDA-MB231) ile yapılan analizlerde bileşiklerin 32 µM derişime kadar toksik etki göstermediği saptanmıştır. Diğer taraftan 9 no’lu bileşik mikrosatalit kararsız kolon kanseri (HCT-116) hücrelerinde 64 µM dozda yaklaşık 50% hücre ölümüne sebep olmuştur. Bileşiklerin uygulandığı MDA-MB-231 metastatik hücrelerde vimentin protein seviyesi incelendiğinde herhangi anlamlı değişim saptanmamıştır. Aynı hücrelerle 2D yara iyileşme deneyleri ile hücre göçü değerlendirildiğinde PROTAC bileşiğinin herhangi anti-metastatik etkisinin olmadığı değerlendirilmiştir. Bu bulgular çerçevesinde AutoDock Vina algoritması kullanılarak gerçekleştirilen moleküler kenetleme analizlerinde PROTAC bileşiğinin CRBN modülünü de kullanarak vimentin bileşiğinine bağlanabileceği anlaşılmıştır. Bu durumda sereblon proteinine bağlanamıyor olmasının protein yıkımını gerçekleştirmesine engel teşkil ettiği ve anti-metastatik etki gösteremediği değerlendirilmiştir. Tez çalışması kapsamında yapılan araştırmalar, vimentin hedefleyen PROTAC bileşiklerinde sereblon hedefli CRBN biriminin kullanılmamaısının daha uygun olduğunu göstermektedir. Bu bilgi gelecek PROTAC tasarımlarına ışık tutacaktır.
Pirina nano-biyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerin toprağın fiziko-kimyasal ve biyolojik özelliklerine etkileri
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Boubakeur, Hala; Erci, Fatih
Toprak kalitesininin korunması ve iyileştirilmesi, sürdürülebilir tarımsal üretimin devamlılığı açısından temel bir gerekliliktir. Ancak yoğun tarımsal uygulamalar, organik madde kaybı, su yetersizliği ve toprak yapısındaki bozulumlar, toprakların fiziksel, kimyasal ve biyolojik işlevlerini olumsuz yönde etkilemektedir. Bu çalışmada, nano-biyokömür (NBC) takviyeli karboksimetil selüloz (CMC) hidrojel kompozit sistemlerinin toprak iyileştirme ve tarımsal verimlilik üzerindeki etkilerini kapsamlı bir şekilde değerlendirmek amaçlandı. Bu tez çalışması kapsamında, ilk olarak biyokömür sentezi gerçekleştirilmiş, ardından bilyeli öğütme (ball milling) yöntemiyle nano-biyokömür elde edilmiştir. Üretilen materyallerin yapısal, morfolojik ve yüzey özellikleri XRD, FTIR ve FESEM analizleri ile karakterize edilmiştir. Karakterizasyon aşamasının ardından, nanobiyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerinin toprağın fizikokimyasal ve biyolojik özellikleri üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla kontrollü laboratuvar koşullarında, her biri ayrı saksılarda yürütülen bir inkübasyon deneyi tasarlanmıştır. Deneysel tasarım kapsamında topraklara Kontrol (K), Biyokömür (BK), Nanobiyokömür (NBK), Karboksi Metil Selüloz Polimeri (CMC) ve CMC/NBK Hidrojel Kompoziti olmak üzere 5 farklı materyal; %0, %0,5, %1, %2 ve %4 olmak üzere 5 farklı dozda ve 4 tekerrürlü olarak uygulanmıştır. Uygulama yapılan toprak örnekleri 30, 60 ve 90 günlük üç farklı inkübasyon periyoduna tabi tutularak, zamana bağlı değişimler detaylıca analiz edilmiştir. Elde edilen bulgular, geleneksel toprak iyileştirme yöntemlerine alternatif olarak nanoteknolojik ve çevre dostu yaklaşımların tarımsal sürdürülebilirlikteki, su tutma ve gübre kullanım verimliliğindeki potansiyelini ortaya koymakta ve gelecekteki akademik çalışmalar ile saha uygulamaları için güçlü bir bilimsel temel oluşturmaktadır.
Yanal akış test kitleri için alternatif tayin pedinin eldesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Boyraz, Ayşe; Zor, Erhan
Yanal akış tanı teknolojisi, basit uygulama, yüksek algılama hızı, taşıma kolaylığı, hızlı sonuç alma gibi avantajları nedeniyle biyomedikal uygulama alanında yaygın olarak kullanılmaktadır. Yanal akış test şeritleri numune pedi, konjugasyon pedi, tayin pedi (nitroselüloz membran) ve atık pedi olmak üzere 4 temel kısımdan oluşur. Nitroselüloz membran, yanal akış test sisteminde sinyalin üretildiği şeridin önemli bir bileşenidir. Nitroselüloz membranın performansı, bir test sonucunun doğruluğunu ve tekrarlanabilirliğini doğrudan etkilemektedir. Membranın temel özellikleri sıralandığında, homojen bir akışı kolaylaştırması, biyoreseptörü yakalamak için işlevselleştirilebilir bir katı yüzey sağlanması ve düşük spesifik olmayan etkileşim göstermesi ön plana çıkmaktadır. Çalışmanın amacı, hızlı tanı kitlerinin temel malzemesi olan nitroselüloz membranlara alternatif nitro-nanoselüloz membranın geliştirilmesidir. Nanoselüloz biyouyumluluk, optik şeffaflık, hidrofiliklik, yüksek gözeneklilik, yüksek yüzey alanı ve yüksek mekanik dayanım gibi ayırt edici özellikler sergilemektedir. Çalışmada elde edilen nitronanoselüloz sahip olduğu bu özellikler ve nanoboyutta fiberler içermesi özelliği ile sağladığı geniş yüzey alanı sayesinde yüksek oranda test antikoru bağlama ve hem bu özelliği hem de optik şeffaflığı sayesinde hassasiyetin artırılması, spesifik olmayan etkileşimlerin engellenmesi, membran yüzeyinde akış için surfaktan ihtiyacının azalması gibi nitelikleri bir arada bulundurmaktadır. Çalışmada ilk olarak bakteriyel nanoselüloz elde edilmiş, nitrolanması ve karakterizasyonu gerçekleştirildikten sonra kurutma işlemi gerçekleştirilmiştir. Devamında altın nanopartikül sentezlenerek karakterize edilmiştir. Son olarak elde edilen nano-nitroselülozun hızlı test kitinde kantitatif analiz performansı incelenmiş olup ticari membran ile hazırlanan hızlı test kitinin performansı ile kıyaslanmıştır. Bu çalışmalarda model analit olarak insan immunoglobulin (HIgG) test edilmiştir. Kantitatif analiz sonucunda ticari membran ile hazırlanan test için teşhis sınırı (LOD) değeri 1,12 µg/mL ve tayin alt sınırı değeri (LOQ) 3,39 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Çalışmada elde edilen membran ile hazırlanan LFA için LOD ve LOQ sırasıyla 0,93 µg/mL ve 2,82 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Geliştirilen LFA'nın kısa ve uzun dönem kararlılık çalışmaları gerçekleştirilmiştir ve test cevabını 6 ay süresince eşit olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak ELISA yöntemiyle karşılaştırarak ve ticari yapay serum örneklerinde gerçekleştirilen LFA doğrulama testlerinde %90 - %107 aralığında elde edilen geri kazanım değerleri geliştirilen LFA'nın kantitatif analizlerde kullanılabileceğini göstermiştir.
Makroekonomik değişkenlerle BİST30 hisse senedi tahmini: derin öğrenme ve makine öğrenmesi yaklaşımlarının kullanımı
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2026) Mor, Doğukan; Altındağ, İlkay
Bu çalışmada, makine öğrenmesi ve derin öğrenme yöntemleri kullanılarak hisse senetlerinin tahmin performansları incelenmiştir. Çalışmanın bağımsız değişkenleri Dolar kuru, Brent Petrol, Ons Altın fiyatı ($), Türk Lirası Gecelik Referans Faiz Oranı ve Kapanış Fiyatlarına göre BİST100 Günlük İşlem Hacmi olarak belirlenmiştir. Bağımlı değişken olarak ise BİST30 endeksinde işlem gören ve 15.03.2026 tarihi itibariyle banka, sanayi, holding, ulaşım ve enerji/maden alanında işlem gören en yüksek hisse değerine sahip üçer hisse senedi seçilmiştir. 15.03.2021 – 15.03.2026 tarihleri arasındaki 1207 günlük kapanış verileri çalışmada kullanılmıştır. Araştırma üç basamaktan oluşmuştur. İlk basamak SPSS paket programı kullanılarak tanımlayıcı istatistikler, korelasyon analizi ve çoklu doğrusal regresyon analizini kapsamaktadır. İkinci basamakta makroekonomik değişkenlerin bağımsız değişken, hisse senetlerinin ise bağımlı değişken olduğu ve Destek Vektör Regresyonu, Karar Ağaçları ve Rastgele Orman Regresyonu analizinin yapıldığı makine öğrenmesi analizi aşamasıdır. Üçüncü basamakta makroekonomik değişkenler kullanılmamıştır. Sadece hisse senetlerinin kapanış değerleri kullanılarak derin öğrenme yöntemlerinden Tekrarlayan Sinir Ağları ve Uzun – Kısa Süreli Bellek kullanılarak zaman serisi analizi yapılmıştır. Makine öğrenmesi ve derin öğrenme yöntemleri kullanarak hazırlanan tahmin çalışmasının sonuçları incelendiğinde makine öğrenmesi yöntemlerinin derin öğrenme yöntemlerine göre daha başarılı sonuçlar verdiği görülmüştür.
