Necmettin Erbakan Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Erbakan, Necmettin Erbakan Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve yayınların etkisini artırmak için telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Glioblastoma hücrelerinde sinir büyüme faktörünün PAK4 regülasyonu üzerindeki etkisinin araştırılması
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Çelik, Sultan; Pehlivanoğlu, Suray
Glioblastoma Multiforme (GBM) malignitesi yüksek ve kötü prognoz gösteren beyin tümörüdür. Tümör, beyin dokusunun glial hücrelerinden köken alır ve hızlı bir şekilde gelişip yayılabilir. GBM gelişiminde birçok büyüme faktörü rol oynamaktadır. Bunlar arasında sinir büyüme faktörü (NGF), hem periferik hem de merkezi sinir sisteminde hücre büyümesi, gelişmesi, hayatta kalması ve farklılaşması için gereklidir. NGF, hücrelerde TrkA ve p75NTR reseptörleri ile etkileşime girerek hücre içi sinyalizasyonunu başlatır ve nöroprotektif etkilere neden olur. GBM hücreleri düşük glikoz varlığında NGF üretimini artırarak sağkalımlarını destekler. p21 aktive kinaz (PAK)’lar hücre döngüsünün düzenlenmesi, hücre hareketliliği ve apoptoz gibi hücresel süreçlerde rol oynayan ve 6 üyeden oluşan (PAK1-6) bir enzim ailesidir. Günümüzde, GBM ile ilişkili olarak özellikle PAK4’ün anormal şekilde aktive olması sonucunda hücre proliferasyonunu ve kanser gelişimini destekleyebildiği gösterilmiştir. Ayrıca, GBM hücrelerinin göç ve invazyon yeteneklerini arttırarak tümörün çevre dokulara yayılmasına yardımcı olmaktadır. Bu bağlamda çalışmamızda, NGF-aracılı GBM gelişiminde PAK4’ün olası katkısının ortaya konması amaçlanmıştır. Tez çalışmamızda, GBM hücre hattı olan U-87 MG hücrelerinin farklı glikoz konsantrasyonlarındaki NGF üretim düzeyi belirlendi. Hücreler NGF ile uyarılarak ve beraberinde PI3K inhibitörü (LY294002), MEK inhibitörü (PD0325901), bir flavonoid olan Apigenin ve PAK4 inhibitörü (PF3758309) ile muamele edilerek oluşturulan deney setinde AKT, ERK ve PAK4 sinyal yolaklarının aktivasyon durumları belirlendi. Ayrıca, NGF stimülasyonu ve PAK4 inhibitörü varlığında PAK4 aktivasyon durumu ile ilişkili olarak, hücrelerin sağkalım, proliferasyon, koloni ve 3D sferoid oluşturma, ayrıca hücre migrasyon kabiliyetleri, epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) sürecinin belirteçleri olan E-kadherin, Twist ve Vimentin’in ifade düzeyleri belirlendi. Elde edilen sonuçlara göre, artan glikoz konsantrasyonu hücre canlılığını artırdı, ancak düşük glikoz konsantrasyonu NGF üretimini artırdı. NGF, PAK4’ün fosforilasyon ve aktivasyon düzeyini artırırken, PF3758309 ajanı anlamlı bir şekilde bu etkiyi baskıladı. PAK4 inhibisyonu, NGF uyarımına rağmen hücrelerde, AKT ve ERK sinyal yolaklarını blokladı, hücre canlılığını, migrasyonunu, koloni oluşturma kabiliyetini ve EMT sürecini baskıladı. Dikkat çekici bir şekilde NGF uyarımı ile PAK4 aktivasyonu 3D in vitro oluşturulan sferoidin dağılmasını kolaylaştırdı. PAK4 inhibe edildiğinde ise söz konusu sferoidin yapı bütünlüğüne katkı sağladığı, ancak kontrole göre büyümediği saptandı. Sonuç olarak, PAK4’ün NGF-aracılı GBM gelişiminde moleküler düzeyde önemli roller oynadığı ve GBM tedavisine yönelik olarak NGF-PAK4 aksisinin terapötik hedef olarak ele alınabileceği söylenebilir.
Development of protein degraders and probes targeting drug resistant cancer cells
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Şahin, Emin; Erbaş Çakmak, Sündüs
Drug resistance can be defined as a phenomenon in which drug efficacy is decreased or the drug is tolerated by the patient which requires either the use of increasing amount of the same drug or change of the drug. Therapeutic or diagnostic approaches targeting and discriminating against drug resistant cancer are of great importance. In this thesis, this challenge is addressed by the development of information processing, ratiometric fluorescent sensors responsive to cellular environmental parameters. Pyridinium BODIPY-based enzyme probes that are sensitive to only carboxylesterase or both carboxylesterase and nitroreductase enzymes were designed. Sensors are shown to display significant anti-Stokes shift upon conversion by the enzymes and can display distinct fluorescent output under different cellular states (i.e. hypoxic cancer microenvironment, sorafenib resistant state). This thesis also involves the research based on the development of novel targeted protein degradation chimera (PROTAC) against previously untargeted proteins Aldehyde dehydrogenase 1 (ALDH1), carboxylesterase (CE) and ABC Transporter Targeted proteins all of which are known to be involved in drug metabolization and/or resistance through either leading to chemical conversion of the drugs (carboxylesterases, ALDH1, nitroreductase), drug efflux (ABC Transporter) or inefficient treatment as a result of cancer stem cells mediated relapse of cancer after treatment. Efficient synthesis of the PROTACs is achieved as a part of the thesis and the initial data from the cell culture studies were collected.
Farklı azot kaynakları kullanılarak çoğaltılan cereibacter sphaeroides O.U.001'in RNA-seq bazlı transkriptom profili
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Baştutan, Merve; Kars, Gökhan
Fotosentetik bakteri grubunda yer alan ve mor kükürt içermeyen (PNS) gram negatif bir bakteri olan Cereibacter sphaeroides O.U.001 (Rhodobacter sphaeroides O.U.001) çeşitli fizyolojik şartlarda yaşamını devam ettirebilir. Genellikle göllerde ve sulak alanlarda bulunan bu bakteri hidrojen (H2), B12 vitamini, koenzim Q10, poli-β-hidroksibutirat (PHB) üretimi ve azot (N2) fiksasyonu gibi çok yönlü metabolizmaya sahiptir. Atmosferin çoğunu oluşturan N2 gazı birçok organizma tarafından doğrudan kullanılamaz. Diazotroflarda bulunan nitrojenaz enzimi ATP kullanarak N2’nin erişebilir olan amonyağa (NH3) indirgemesini katalizler. Canlılarda molibden (Mo), vanadyum (V) ve sadece demir (Fe) içeren nitrojenaz olmak üzere üç çeşit nitrojenaz enzimi mevcuttur. Bu çalışmanın amacı, C. sphaeroides’in diazotrofik koşullar altındaki transkriptomik profilini analiz ederek, gen ekspresyon düzeylerindeki farklılıkların karşılaştırmalı olarak belirlenmesidir. Bu kapsamda üç farklı azot kaynağı (glutamat, N2 ve NH4) içeren besiyerlerinde çoğaltılan C. sphaeroides’ten RNA izolasyonu yapılarak RNA-seq tabanlı karşılaştırmalı transkriptom analizleri yapıldı. Transkriptomik analiz sırasında her bir transkript üzerindeki okuma sayıları ve ardından ilgili transkriptin uzunluğuna göre normalize edilerek “Reads Per Kilobase” (RPK) değerleri elde edildi. Bu değerler ardından toplam okuma sayısına göre tekrar normalize edilerek “Transcripts Per Million” (TPM) değerleri çıkarıldı. Çalışma kapsamında istatiksel olarak anlamlı sonuçlar elde etmek için 3 farklı grup içinde 9 farklı numunenin RNA dizilemesi gerçekleştirildi. Numuneler arasında gen ekspresyon analizine yönelik profil benzerliklerin anlaşılması için temel bileşen analizi (Principal Component Analysis, PCA) ve örnekler arasında en fazla varyasyon gösteren genlerin ekspresyon profillerini göstermek için ısı grafiği (heatmap) oluşturuldu. Normalize edilmiş okuma sayıları üzerinden, deney grupları arasındaki istatistiksel olarak anlamlı ekspresyon değişikliklerini tespit etmek için üç ayrı test grubu için diferansiyel ekspresyon analizi yapılmıştır. Her bir test grubu için tüm genlerin logFC ve “False Discovery Rate” (FDR) değerlerine göre dağılımları volkan gösterimi ile görselleştirildi. Son analiz olarak en düşük FDR değerine sahip genlerden normalize edilmiş okuma değerlerine göre kutu dağılım grafikleri gösterildi. Ayrıca transkriptomik analizi desteklemesi adına bu üç farklı koşulda çoğaltılan C. sphaeroides’teki nifH gen ekspresyon seviyesi qPCR ile tespit edildi. qPCR sonuçlarına göre nifH geninin ekspresyonu glutamat koşuluna kıyasla N2 koşulunda 1.5 kat bir artış, glutamat koşuluna kıyasla NH4 koşulunda 0.01 kat artış ve NH4 koşuluna kıyasla N2 koşulunda 150 kat bir artış elde edildi. Transkriptomik ve qPCR sonuçlarına göre özellikle azot fiksasyonundan sorumlu genlerin N2 fiksasyon koşulunda aşırı ifadesi meydana gelirken NH4 koşulunda ise bu genlerde baskılanma meydana geldiği tespit edildi.
Yol hız limiti tabelalarının derin öğrenme kullanarak gerçek zamanlı tespiti
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Koçak, Fatih Kamil; Altunkaya, Sabri
Gelişen teknoloji ile birlikte otomotiv endüstrisi de büyük bir gelişme göstermiştir. Otomobillerde gün geçtikçe daha çok elektronik sistem sürüş konforu ve sürüş güvenliğini arttırmak amacıyla kullanılmaya başlanmıştır. ADAS (advanced driving assistance systems–gelişmiş sürücü destek sistemleri) sürücünün görevlerinin bazılarını devralarak üzerindeki yükü azaltmak ve daha güvenli ve konforlu sürüş sağlamayı amaçlayan sistemlerdir. Bu gelişmiş sistemlerden bir tanesi de yol hız limitlerinin belirlenmesi için kullanılan sistemlerdir. Yol hız limiti tabelalarının belirlenmesi temel olarak trafik tabelalarının tanınması probleminin bir alt kümesidir. Trafik tabelalarının tanınması iki temel işlemden oluşur. Öncelikle görüntü içerisinde trafik işaret tabelasının olduğunun tespiti, daha sonra bu tespit edilen işaretin sınıflandırılması yapılır. Tespit aşaması renk ve şekil analizine dayalı yöntemler kullanırken, sınıflandırma aşaması ise şablon eşleştirme, şekil bilgisi ve makine öğrenmesi tabanlı yöntemler kullanabilmektedir. Bu tez çalışmasında yol hız limitlerinin belirlenmesi için yapay sinir ağları ve derin öğrenmeye dayalı bir uygulama geliştirilmiştir. Eğitim için hali hazırda var olan veri setlerinin yanı sıra hem yeni veriler toplayarak hem de veri seti üzerinde sentetik veri arttırma işlemleri uygulanarak amaca uygun daha gelişmiş bir veri seti elde edilmiştir. Ayrıca sistem başarısını arttırmak için ilgi alanı belirlemeye dayalı teknikler uygulanmıştır. Tüm bunlar ile sistem başarı oranı iyileştirilmiş ve yol üzerindeki hız limiti tabelalarının gerçek zamanlı olarak tespit edilip yoldaki hız limitinin belirlenmesi sağlanmıştır.
Diyabetik ketoasidoz tanısı alan çocuklarda metabolik parametrelerin normale dönme süresini etkileyen faktörler
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Tıp Fakültesi, 2025) Gökalp, Şeyda; Eklioğlu, Beray Selver
Amaç: Diyabetik ketoasidoz (DKA) insülin yetersizliği veya eksikliği ve buna eşlik eden
artmış insülin karşıtı hormonların ortak etkisi sonucunda hiperglisemi, ketozis ve
metabolik asidozun birlikte bulunduğu diyabetin en önemli akut komplikasyonudur.
DKA’ya bağlı mortalite azalmakla birlikte DKA çocukluk çağında diyabete bağlı
mortalitenin en önemli nedenlerinden birisidir. DKA, hastalığın ilk başvuru kliniği
olabileceği gibi, bilinen diyabet tanılı hastalarda insülin uygulamadaki sorunlardan ve
hastalık, stres, travma, enfeksiyonlar gibi faktörlerin araya girmesi ile de ortaya çıkabilir.
Bu çalışmada amacımız, diyabetik ketoasidoz hastalarının takibini, klinik ve laboratuvar
bulgularını değerlendirmeyi, metabolik parametrelerin normalleşmesine dayalı olarak
DKA'dan çıkış süresini, ketoasidozdan çıkış süresini etkileyen faktörleri belirlemeyi ve
diyabetik ketoasidoz hastalarının tedavi yönetimine katkıda bulunmayı amaçlıyoruz.
Yöntem: Çalışmamızda Ocak 2020 ile Mayıs 2024 tarihleri arasında Necmettin Erbakan
Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Endokrinoloji kliniğinde Diyabetik Ketoasidoz tanısı ile
takip edilen 18 yaşın altında 105 hastanın demografik verileri, antropometrik ölçümleri,
biyokimyasal parametreleri, dosya kayıtları retrospektif olarak incelendi. Hastaların klinik
ve laboratuvar bulguları ayrıntılı olarak gözden geçirildi.
Bulgular: Çalışmaya diyabetik ketoasidoz ile başvuran 105 hasta dahil edildi. Hastaların
yaş ortalaması 121,91±54,24 aydı. Hastaların 18’i (%17,1) 1-4 yaş, 48’i (%45,7) 5-11 yaş,
39’u (%37,1) 12-17 yaş aralığındaydı. Hastaların 59’u (%56,2) kız, 46’sı (%43,8) erkekti.
Hastaların 30’unun (%28,6) yaz, 29’unun (%27,6) sonbahar, 29’unun (%27,6) kış, 17’sinin
(%16,2) ilkbahar mevsiminde başvurduğu belirlendi. Hastaların diyabetik ketoasidozdan
çıkış süresi ortalaması 12,68±8,33 saatti. Yaş gruplarına göre DKA’dan çıkış süresinin
anlamlı farklılık gösterdiği belirlendi (p=0,040). Bu farkın 1-4 yaş aralığındaki hastaların
DKA’dan çıkış süresinin, 12-17 yaş aralığındaki hastalardan daha yüksek olmasından
kaynaklandığı belirlendi. Kızların DKA’dan çıkış süresi ortancası erkeklerden anlamlı
yüksekti (p=0,019). Yeni tanılı hastaların eski tanılı hastalara göre DKA’dan çıkış süresi
ortancası daha yüksekti (p=0,030). Hastaların DKA’dan çıkış süresi ile geliş pH,
karbondioksit (CO2), bikarbonat (HCO3) değerleri arasında negatif yönlü anlamlı ilişki
vardı (sırasıyla r=-0,654; r=-0,421; r=-0,658). Hastaların gelişinde bakılan glikoz, klor (Cl),
magnezyum (Mg) değerleri ile DKA’dan çıkış süresi arasında pozitif yönlü anlamlı ilişki
vardı (sırasıyla p<0,001; p=0,011; p=0,001). Hastaların DKA’dan çıkış süresi ile DKA’dan
çıkışta bakılan kreatinin ve potasyum (K) değerleri arasında negatif yönlü, sodyum (Na) ve
Cl değerleri arasında pozitif yönlü anlamlı ilişki saptandı (sırasıyla p=0,002; p=0,011;
p<0,001; p<0,001). DKA ağırlık derecesi ağır olan hastaların DKA’dan çıkış süresi
ortancası, hafif ve orta olanlardan anlamlı yüksekti (p<0,001). Yeni tanılı hastaların
hastanede kalış süresi ortancası ise eski tanılı hastalardan anlamlı ve daha yüksekti
(p<0,001).
Sonuç: Bu çalışmada, diyabetik ketoasidoz tanısıyla başvuran 105 çocuk hastanın
demografik, klinik ve laboratuvar özellikleri ile DKA’dan çıkış süreleri arasındaki ilişkiler
incelenmiştir. Birincil sonucumuz metabolik parametrelerin normalleşmesine dayalı olarak
DKA'dan çıkış süresiydi. Bulgular, DKA’dan çıkış süresinin yaş grubu, cinsiyet, tanı
durumu (yeni tanı/eski tanı), DKA’nın ağırlık derecesi ve başvuru anındaki bazı
biyokimyasal parametrelerle anlamlı şekilde ilişkili olduğunu göstermiştir. Küçük yaş
grubundaki, kız cinsiyetindeki ve yeni tanı konulan hastalarda DKA’dan çıkış süresi daha
uzun bulunmuştur. DKA’dan çıkış süresi ile başvuru anındaki pH, CO₂ ve HCO₃ değerleri
arasında negatif yönde; gelişinde bakılan glikoz, klor ve magnezyum değerleri ile pozitif
yönde anlamlı korelasyon saptanmıştır. Ayrıca, DKA’nın şiddeti arttıkça çıkış süresinin de
anlamlı şekilde uzadığı görülmüştür. Bu veriler, çocuklarda DKA yönetiminde yaş,
cinsiyet, tanı zamanı ve metabolik parametrelerin göz önünde bulundurulmasının tedavi
sürecini etkileyebileceğini ortaya koymuştur. DKA’dan çıkış süresini etkileyen faktörlerin
belirlenmesi, tedavi yönetimine katkı sağlayarak, tedavi yaklaşımlarının
bireyselleştirilmesine ve hastane yatış süresinin azaltılmasına yardımcı olabilir.
