Necmettin Erbakan Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Erbakan, Necmettin Erbakan Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve yayınların etkisini artırmak için telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Saydam iletken oksitlerin elektriksel iletkenliklerinin ve optik geçirgenliklerinin yapay zeka teknikleriyle analiz edilmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Tönbül, Beyza; Özkan, Ali Osman
Bu tez çalışması kapsamında saydam iletken oksitlerin optimize edilmesinde ayarlanan parametreler kullanılarak bu parametreler Yapay Sinir Ağları (YSA) ve Uyarlamalı Sinirsel Bulanık Çıkarım Sistemi (ANFIS) modellerine girdi değişkeni olarak verilerek saydam iletken oksitlerin elektriksel ve optik özellikleri tahmin edilmeye çalışılmıştır. Çalışma kapsamında elektriksel özelliklerin tahmini için katman ve veri setindeki eğitim, doğrulama ve test oranları değiştirilerek geliştirilen 65 farklı YSA modeli incelenmiş ve modeller içinde en iyi R2 değerleri 0,9998 olarak G04, H05 ve P05 kodlu modellerinde olduğu görülerek doğrulama sonuçları değerlendirildiği zaman ise en iyi R2 değeri E02 kodlu 0,98386561 olarak tespit edilmiştir. Test sonuçları incelendiği zaman ise en iyi R2 değeri ise L04 kodlu numunede 0,9998 olarak elde edilmiştir. Aynı yapı korunarak optik özellikleri tahmin etmek için geliştirilen yapay sinir ağları kullanılarak yine 65 farklı model oluşturulmuş ve eğitilen modeller değerlendirildiğinde en iyi R2 değerleri 0,99680256 olarak M12 kodlu modelde olduğu gözlemlenerek doğrulama sonuçları değerlendirildiği zaman ise en iyi R2 değeri B11 kodlu modelde 0,79121025 olarak tespit edilmiştir. Test sonuçları değerlendirildiğinde ise en iyi R2 değeri ise E15 kodlu numune de 0,95238081 olarak görülmüştür. Geliştirilen ANFIS modellerinde farklı üyelik fonksiyonu, üyelik sayısı ve döngü (epoch) kullanılarak elektriksel özelliklerin tahmini için 105 farklı ANFIS modeli oluşturulmuş ve eğitilen modellerin eğitim parametreleri değerlendirildiğinde ise en iyi R2 değerleri H03, H04, H05, H06, H07, N01, P01, P02, P03, P04, P05, P06 ve P07 kodlu modellerde gözlemlenerek 0,9999 olarak bulunmuştur. Test sonuçları değerlendirildiği zaman ise en iyi R2 değerleri H02, H03, H04, H05, H06 ve H07 kodlu modellerde elde edilerek 0,4721 olarak gözlemlenmiştir. Optik özelliklerin tahmini için aynı yapı kıyas kolaylığı için korunarak 105 farklı ANFIS model geliştirilmiştir. Eğitim sonuçlarından elde edilen veriler değerlendirildiği zaman ise en iyi R2 değerleri L14, L15, L16, L17, N15, N16 ve N17 kodlu modellerde elde edilerek 0,7161 olduğu gözlemlenmiştir. Test sonuçları değerlendirildiği zaman ise en iyi R2 değerleri L14, L15, L16 ve L17 kodlu modellerde elde edilerek 0,3841 olarak bulunmuştur. Sonuçlar kıyaslandığı zaman hem elektriksel özelliklerin tahmininde hem de optik özelliklerin tahmininde yapay sinir ağları yöntemi ANFIS yönteminden daha iyi sonuçlar verdiği gözlemlenmiştir.
4-nitrofenol indirgenme reaksiyonu için manyetik pt nanokatalizörlerin sentezi ve karakterizasyonu
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Zhumabayev, Nurzhan; Akbayrak, Merve
Bu çalışmada, 4-nitrofenolün (4-NP) 4-aminofenole (4-AP) indirgenme reaksiyonunda kullanılmak üzere platin destekli kobalt ferrit (Pt/CoFe2O4) nanokatalizörü başarıyla sentezlenmiştir. Katalizör, oda sıcaklığında gerçekleştirilen basit ve tek aşamalı NaBH4 indirgeme yöntemi ile hazırlanmıştır. Yapısal, morfolojik ve yüzey özellikleri transmisyon elektron mikroskobu (TEM), enerji dağılımlı X-ışını spektroskopisi (EDX), X-ışını difraksiyonu (XRD), X-ışını fotoelektron spektroskopisi (XPS) ve indüktif eşleşmiş plazma-optik emisyon spektroskopisi (ICP-OES) yöntemleri ile incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, Pt nanoparçacıklarının CoFe2O4 yüzeyi üzerinde homojen biçimde dağıldığını ve Pt ile destek malzemesi arasında güçlü metal-destek etkileşiminin bulunduğunu göstermiştir. Pt/CoFe2O4 nanokatalizörü, 4-NP'nin NaBH4 varlığında indirgenmesinde yüksek katalitik performans sergilemiştir. Optimize edilen koşullar altında reaksiyon 40 s içerisinde tamamlanmış ve görünür hız sabiti (kapp) ile dönüşüm frekansı (TOF) değerleri sırasıyla 0.1195 s-1 ve 202.6 h-1 olarak hesaplanmıştır. Kinetik analizler, reaksiyonun Langmuir-Hinshelwood mekanizmasına uygun olarak gerçekleştiğini göstermiştir. Ayrıca yüksek katalitik etkinliğin yalnızca 0.042 mg Pt kullanılarak elde edilmesi, sistemin düşük soy metal içeriğine rağmen oldukça yüksek aktiviteye sahip olduğunu ortaya koymuştur. Tekrar kullanılabilirlik deneylerinde katalizörün 100 ardışık döngü boyunca katalitik aktivitesini büyük ölçüde koruduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, Pt/CoFe2O4 nanokatalizörünün çevresel arıtma uygulamaları için yüksek verimli, kararlı ve yeniden kullanılabilir bir katalitik sistem olduğunu göstermektedir.
Development of neutrophil elastase responsive G-quadruplex ligand
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Girgin, Filiz; Çakmak, Sündüs Erbaş
Geleneksel kemoterapötik ajanların klinik uygulaması sıklıkla hedef dışı sistemik toksisite nedeniyle sınırlandırılmaktadır. G-kuadrupleks (G4) yapıları nükleik asitlerin guanince zengin bölgelerinde Hoosteen Hidrojen bağı ve istiflenme ile oluşan yapılardır ve bu yapıları kararlı hale getirerek bileşikler proto-onkogenler başta olmak üzere gen anlatımını düzenleyebildiği için terapötik potansiyele sahiptir. Fakat, insan genomunda 700 binden fazla G4 yapısının bulunması G4-ligandlarının translasyonel çalışmalarını kısıtlamaktadır. Bu temel kısıtlamayı aşmak amacıyla, enzime duyarlı, kafesli yeni bir Gkuadrupleks ligandı olan GQ1, hedefe yönelik bir antikanser ajanı olarak rasyonel bir şekilde tasarlanmış, sentezlenmiş ve biyolojik olarak değerlendirilmiştir. Bu ön ilaç (prodrug) stratejisi, aktif bir G4-stabilize edici farmakoforu seçici olarak serbest bırakmak için tümör mikroçevresindeki nötrofil elastaz (NE) enziminin artmış aktivitesinden faydalanmaktadır. NE eksprese eden insan monositik lösemi (THP-1) hücreleri, NE eksprese etmeyen insan akciğer adenokarsinomu (A549) hücreleri ve sağlıklı endotel (HUVEC) hücrelerini içeren bir hücre hattı panelinde in vitro değerlendirmeler gerçekleştirilmiştir. Western blot analizi kullanılarak yapılan analizler NE enziminin THP-1 hücrelerinde daha fazla olduğunu gösterilmiştir. Hedef THP1 hücresine 24 saat boyunca ligand uygulaması yapıldığında, EGFR, MMP9, ELANE ve BCL2 dâhil olmak üzere temel onkojenik ve metastatik genlerin transkripsiyonunu önemli ölçüde aşağı regüle etmiş; ancak CMYC ekspresyonunun değişmemesiyle de gösterildiği üzere genel bir transkripsiyonel susturmaya yol açmamıştır. Ek olarak, NE inhibitörü olan sivelestat ile gerçekleştirilen deneylerde ligandın etkisinin enzim inhibitörü tarafından baskılandığı gösterilmiş olup, bu sonuç ligand aktivasyonun NE'ye bağımlılığını doğrulamaktadır. THP1 nötrofil hücresi ve akciğer kanser hücrelerinin beraber kültürlenerek gerçekleştirilen ortak kültür yara iyileşmesi (wound-healing) deneyinde, Gkuadrupleks ligandının bu tümör mikroçevresinde önemli anti-metastatik potansiyeli ortaya konmuştur. 24 saat içinde hücre göçü yaklaşık %48 oranında azaltılmıştır. Özetle bu bulgular, literatürde ilk kez NE enzimi ile aktifleşir ön-ilaç yapısındaki G4 ligandının onkogen baskılama ve antimetastatik terapötik etkisini ortaya koymaktadır ve hedefli anti-kanser yaklaşımları için umut verici bir paradigma sunmaktadır. Anahtar Kelimeler: G-dörtlüsü, nötrofil elastaz, ön-ilaç, BODIPY, hedefe yönelik tedavi, kanser, tümör mikroçevresi
Pirina nanobiyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerin toprağın fiziko-kimyasal ve biyolojik özelliklerine etkileri
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Boubakeur, Hala
Toprak kalitesininin korunması ve iyileştirilmesi, sürdürülebilir tarımsal üretimin devamlılığı açısından temel bir gerekliliktir. Ancak yoğun tarımsal uygulamalar, organik madde kaybı, su yetersizliği ve toprak yapısındaki bozulumlar, toprakların fiziksel, kimyasal ve biyolojik işlevlerini olumsuz yönde etkilemektedir. Bu çalışmada, nano-biyokömür (NBC) takviyeli karboksimetil selüloz (CMC) hidrojel kompozit sistemlerinin toprak iyileştirme ve tarımsal verimlilik üzerindeki etkilerini kapsamlı bir şekilde değerlendirmek amaçlandı. Bu tez çalışması kapsamında, ilk olarak biyokömür sentezi gerçekleştirilmiş, ardından bilyeli öğütme (ball milling) yöntemiyle nano-biyokömür elde edilmiştir. Üretilen materyallerin yapısal, morfolojik ve yüzey özellikleri XRD, FTIR ve FESEM analizleri ile karakterize edilmiştir. Karakterizasyon aşamasının ardından, nanobiyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerinin toprağın fizikokimyasal ve biyolojik özellikleri üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla kontrollü laboratuvar koşullarında, her biri ayrı saksılarda yürütülen bir inkübasyon deneyi tasarlanmıştır. Deneysel tasarım kapsamında topraklara Kontrol (K), Biyokömür (BK), Nanobiyokömür (NBK), Karboksi Metil Selüloz Polimeri (CMC) ve CMC/NBK Hidrojel Kompoziti olmak üzere 5 farklı materyal; %0, %0,5, %1, %2 ve %4 olmak üzere 5 farklı dozda ve 4 tekerrürlü olarak uygulanmıştır. Uygulama yapılan toprak örnekleri 30, 60 ve 90 günlük üç farklı inkübasyon periyoduna tabi tutularak, zamana bağlı değişimler detaylıca analiz edilmiştir. Elde edilen bulgular, geleneksel toprak iyileştirme yöntemlerine alternatif olarak nanoteknolojik ve çevre dostu yaklaşımların tarımsal sürdürülebilirlikteki, su tutma ve gübre kullanım verimliliğindeki potansiyelini ortaya koymakta ve gelecekteki akademik çalışmalar ile saha uygulamaları için güçlü bir bilimsel temel oluşturmaktadır.
Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Olgun, Hacer; Çakmak, Sündüs Erbaş
Vimentin, hücre entegrasyonunu sağlayan, hücreyi mekanik strese karşı koruyan ve hücrede daima bulunan ana hücre iskeleti bileşenlerinden biridir. Aynı zamanda meme, epitel, prostat, melanom gibi çeşitli kanser hücrelerinde anlatımı artan, kanserin ilerlemesi, metastaz yapması süreçlerinde etkin rol oynayan bir Epitel-Mezenkimal Geçiş (EMT) protein belirtecidir. Bu protein, hücrelerin daha hareketli olmasına, hücrelerin doku ve organlardan uzaklaşarak vücutta yayılmasına sebep olur. Ayrıca, kanser hücrelerinin invazyon kabiliyetini artırarak tümörlerin daha agresif bir şekilde ilerlemesine neden olur. Vimentini hedef alan terapötik yaklaşımların antikanser ve anti-metastatik potansiyeli bulunmaktadır ve proje kapsamında vimentin hedefleyen yeni nesil molekülün anti-kanser ve anti-metstatatik etkisi incelenmiştir. Bu tezde, epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ile doğrudan ilişkili olan ve kanser metastazının oluşumunda önemli bir rol oynayan hücre ara filamenti vimentin proteininin, PROTAC (Proteoliz Hedefli Kimera) teknolojisi kullanılarak hedeflenmesi FiVE1 vimentin bağlayıcı modül ve CRBN sereblon bağlayıcı modüller ile incelenmiştir. PROTAC yaklaşımı iki başlı moleküller aracılığıyla hedef proteinlerin ubikitinleme yapan enzimlere yakınlıştırılarak ubikitinlemeye bağlı degredasyonunun hızlandırılması prensibine dayanır. VİM1 adı verilen PROTAC bileşiği başarıyla sentezlenmiş ve Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) ve yüksek çözünürlüklü kütle (QTOF-LC/MS) analizleri ile karakterize edilmiştir. Yalnızca vimentin bağlanan birim (9) ve VİM1 PROTAC'i ile insan sağlıklı umblikal ven endotel hücreleri (HUVEC), insan akciğer kanseri hücreleri (A549), insan meme kanseri hücreleri (MCF7 ve MDA-MB231) ile yapılan analizlerde bileşiklerin 32 µM derişime kadar toksik etki göstermediği saptanmıştır. Diğer taraftan 9 nolu bileşik mikrosatalit kararsız kolon kanseri (HCT116) hücrelerinde 64 µM dozda yaklaşık 50% hücre ölümüne sebep olmuştur. Bileşiklerin uygulandığı MDA-MB-231 metastatik hücrelerde vimentin protein seviyesi incelendiğinde herhangi anlamlı değişim saptanmamıştır. Aynı hücrelerle 2D yara iyileşme deneyleri ile hücre göçü değerlendirildiğinde PROTAC bileşiğinin herhangi anti-metastatik etkisinin olmadığı değerlendirilmiştir. Bu bulgular çerçevesinde AutoDock Vina algoritması kullanılarak gerçekleştirilen moleküler kenetleme analizlerinde PROTAC bileşiğinin CRBN modülünü de kullanarak vimentin bileşiğinine bağlanabileceği anlaşılmıştır. Bu durumda sereblon proteinine bağlanamıyor olmasının protein yıkımını gerçekleştirmesine engel teşkil ettiği ve anti-metastatik etki gösteremediği değerlendirilmiştir. Tez çalışması kapsamında yapılan araştırmalar, vimentin hedefleyen PROTAC bileşiklerinde sereblon hedefli CRBN biriminin kullanılmamaısının daha uygun olduğunu göstermektedir. Bu bilgi gelecek PROTAC tasarımlarına ışık tutacaktır.
