Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Alzheimer hastalığı hücre hattı modelinde mitokondri spesifik antioksidan MitoQ'nun mitokondriyal disfonksiyon üzerindeki etkinliğinin araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2023) Yetişgin, Esra; Vural, HasibeOrtalama yaşam süresinin uzamasıyla beraber, toplumda nörodejeneratif hastalıkların insidansında bir artış görülmektedir. Bu durum hem bireylerin yaşam kalitelerini olumsuz olarak etkilemekte hem de sağlık sektörü için büyük bir yük teşkil etmektedir. Demansın yaygın görülen bir formu olan Alzheimer hastalığı (AH) nöronların erken ölümüyle ilişkili progresif bir hastalıktır. Günümüzde yaklaşık 36 milyon insanın etkilendiği AH'nin, 2050 yılında 115 milyon insanı etkilemesi beklenmektedir. AH genetik ve çevresel faktörlerle tetiklenebilen bir hastalıktır. AH'li hastaların yaşam kaliteleri hastalığın ilerlemesiyle büyük ölçüde düşmekte ve hastalar bakıma muhtaç hale gelmektedir. Hatta ileri evrede beyin fonksiyonlarının önemli ölçüde hasara uğramasıyla beraber, bu hastalar kaybedilmektedir. AH tedavisinde kullanılmak üzere 1998 yılından itibaren 244 ilaç çalışması yapılmış olup bugün yalnızca donepezil, rivastigmin, galantamin ve memantin tedavide kullanılmaktadır. Bu ilaçlar AH belirtilerinin yavaşlatılmasına yöneliktir. AH'nin ortaya çıkmasında geçerli olduğu düşünülen 5 hipotez bulunmaktadır. Bunlar; kalıtsal olarak aktarılması, asetilkolin sentezinde azalma, beyinde Amiloid-beta (Aβ) plak birikiminin nörotoksik etkileri, hiperfosforile tau nedeniyle beyinde nörofibril yumaklarının oluşumu, mitokondri dinamiklerinde ve fonksiyonlarında bozulmalardır. Aβ plakları nöronlar arası komünikasyonu bloke ederek, tau yumakları ise hücre içine esansiyel moleküllerin ve besinlerin girmesini engelleyerek etki gösterirler. Mitokondri disfonksiyonu AH'nin erken evrelerinde ortaya çıktığından hastalığın sebebi olabileceği üzerinde durulmakta ve hastalığın erken teşhisi ve tedavisine imkan sağlayabileceği düşünülmektedir. Mitokondri kendi genetik materyalini taşıyan bir organeldir. Mitokondriyal DNA (mtDNA) solunum zincirinde elektron taşınması için gerekli 80 proteinden 13'ünü kodlamaktadır. AH'de bazı mitokondriyal fonksiyonların etkilendiği gösterilmiştir. Bu fonksiyonlardan bazıları glukoz metabolizmasında azalma, mitokondriyal enzimatik hasar ve ROS üretimindeki artıştır. Mitokondri dinamiklerinde saptanan değişimler ise; mitokondriyal füzyon ve fizyon dengesinde bozulma, mitokondrinin aksonlar üzerindeki taşınmasında azalma, hücre içi mitokondri oranında düşüş ve morfoloji bozulmalarıdır. Bu tez çalışmasında ülkemizde yaygın olarak görülen nörodejeneratif hastalıklardan biri olan AH'nin mekanizmasının tanımlanmasına katkıda bulunmak, mitokondri disfonksiyonu ile AH'nin patogenezi arasındaki ilişkinin açığa çıkarılması ile potansiyel terapötik hedefler ortaya koymak amaçlanmıştır. Bu amaçla SH-SH5Y nöroblastoma hücrelerinde Aβ42 agregatları ile AH modeli geliştirilmiştir. Mitokondri hedefli yeni nesil bir antioksidan molekül olan MitoQ uygulanarak, Aβ42'nın sebep olduğu oksidatif stresin ortadan kaldırılması hedeflenmiştir. Yapılan analizler sonucunda, MitoQ'nun antioksidan özelliği sayesinde Aβ42'nin hücreler üzerindeki olumsuz etkilerinde ve mitokondri disfonksiyonu üzerinde iyileşme sağladığı gösterilmiştir.Öğe Kolon kanserinde probiyotik bakterilerin etkisinin immün sistem açısından araştırılması(2022) Altveş, Safaa; Vural, HasibeKolorektal kanser (KRK), dünya çapında en yaygın üçüncü kanser ve kansere bağlı ölümlerin üçüncü önde gelen nedenidir. KRK multifaktöriyel bir hastalıktır ve normal kolon epitelinin adenomatöz polipe dönüşmesi sonucu gelişir. Kemoterapi, radyasyon ve cerrahi prosedürler geleneksel olarak kolon kanserini tedavi etmek için kullanılmaktadır. Son zamanlarda, bu tedaviler immünoterapötik stratejilerle birleştirilmiş ve tedavi sonuçlarını büyük ölçüde iyileştirmiştir. PD-L1'in antikor-aracılı blokajı, kanser hücrelerine saldıran sitotoksik T hücrelerinin aktivitesini ve inhibisyonunu engelleyerek ve güçlendirerek PD-L1 kontrol noktası reseptörlerini bloke etmeyi amaçlayan immünoterapi yaklaşımlarından biridir. Son yıllarda, özellikle immün kontrol noktası inhibitörleri üzerinde yapılan birçok çalışma, probiyotiklerin immünoterapi yanıtındaki temel rolüne atıfta bulunmuştur. Probiyotik türlerin immün kontrol noktası inhibitörleri üzerindeki rolünü araştıran birkaç çalışma, immünoterapi sırasında adjuvan ajanların bulunmasına veya tedavi üzerinde kötü bir etkisi varsa hastanın diyetinden çıkarılmasına ışık tutmaktadır. Bu tezde, dört probiyotik bakteri izole edilmiş ve bakteriler Lactobacillus rhamnosus, Enterococcus faecium, Leuconostoc mesenteroides ve Streptococcus sp. olarak morfolojik ve biyokimyasal testlerin yanı sıra 16S rRNA tüm gen dizilimi kullanılarak tanımlanmıştır. Daha sonra izole edilen bakterilerin hücre sitotoksisitesi XTT kullanılarak incelenmiştir. L. mesenteroides, hem süt fermente ürünleri hazırlamak için starter olarak kullanılması ve önemli fonksiyonel özelliklere sahip olması hem de diğer laktik asit bakterilerine göre daha az çalışılmış olması nedeniyle sonraki deneyler için seçilmiştir. Çalışmada L. mesenteroides'in Caco-2 ve HT-29 kolon kanseri hücre hatları üzerine etkisinin immün kontrol noktası PD-L1 ve PD-L1 tarafından düzenlenen yolaklar açısından araştırılması amaçlanmıştır. L. mesenteroides'in PD-L1 geni ve protein ekspresyon seviyesi üzerindeki etkisi, IFN-γ uyarımına bağlı olarak qPCR ve western blot yöntemleri ile incelenmiştir. Kolon kanserinde PD-L1'in fonksiyonel analizini belirlemek için T hücrelerinin aktive sitokin markörleri ölçülmüştür. Bakteri-aracılı PD-L1 tarafından düzenlenen yolaklar qPCR yöntemi ile incelenmiştir. Sonuçlarımıza göre, canlı L. mesenteroides ile muameleden sonra her iki hücre hattında PD-L1 gen ekspresyonu önemli ölçüde artmıştır. Ayrıca, L. mesenteroides IFN-γ üretimini indüklemiştir. IFN-γ, PD-L1 geni ve protein ekspresyonunda önemli rol oynadığı için deney protokollerine dahil edilmiştir. L. mesenteroides ile IFN- γ'nin PD-L1 ifadelerini on kattan fazla arttırdığı bulunmuştur. Öte yandan, L. mesenteroides ve IFN-γ tarafından indüklenen PD-L1, Jurkat T-hücrelerinin canlılığı ile IFN-γ ve IL-2 sitokinlerinin seviyesini önemli ölçüde artırmıştır. Ek olarak, L. mesenteroides ve IFN-γ tarafından kolon kanserinde indüklenen PD-L1'in, bakteri ile ilişkili PD-L1 tarafından düzenlenen yolaklarda çoklu değişikliklerle ilişkili olduğu belirlenmiştir. Buna göre Hippo yolağı markörleri YAP-1 ve TAZ aktivasyonuna bağlı olarak TLR'ler, NOD ve bakteri ilişkili G-protein ilişkili reseptörler aktive edilirken otofaji markör genleri BECN-1, ATG-5 ve SQSTM önemli ölçüde azalmıştır. Sonuç olarak, L. mesenteroides kolon kanseri hücrelerinde PD-L1 ekspresyonunu arttırmıştır. Bu artış, PD-L1'nın antikor aracılı blokajı varlığında Jurkat T hücrelerini aktive etmiştir. Elde edilen sonuçlar, mevcut bakterinin PD-L1 blokajını hedefleyen immün terapisi sırasında bir adjuvan ajan olarak (koruyucu tedavi) kullanılabileceğini göstermektedir.Öğe Baş-boyun skuamöz hücre karsinoması ve makrofaj hücrelerinin apelin/APJ ekseninde moleküler bağlantılarının araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2022) Seçer Çelik, Fatma; Kurar, ErcanKanser, kardiyovasküler hastalıklardan sonra dünyada en çok ölüm oranlarına sahip hastalıktır. Günümüzde kanser tedavisi kemoterapi, radyoterapi ve cerrahi müdahalelerle gerçekleştirilmektedir. Yakın zamanda bu tedavi girişimlerine ek olarak immünoterapötik yaklaşımlar da kullanılmaya başlanmıştır. Mevcut tedavilere ek olarak kullanılan immünoterapötik ajanlar tedavi yanıtlarında gözle görülür iyileşme sağlamıştır. Makrofajlar mononükleer sistemin ana hücreleridir. Sahip oldukları yüksek plastisite yetenekleri makrofajları birçok metabolik hastalığın patolojisinde etkin rol oynamasını sağlarken, yapılan çalışmalar kanser tedavisinde de kullanılabilecek bir alternatif olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı; apelin peptididin makrofaj polarizasyonuna olan etkisinin araştırılmasıdır. Bu tez çalışmasında; RAW264.7 fare makrofaj hücreleri ile baş-boyun hücre karsinoması hücre hattı SCCL MT1 hücreleri kullanılmıştır. SCCL MT1 hücrelerinde apelin geni shRNA yöntemiyle baskılanmıştır. Apelin geni aktif ve bastırılan SCCL MT1 hücreleri RAW264.7 hücreleriyle ko-kültüre edilmiştir. Ko-kültürasyonun RAW264.7 hücrelerindeki inflamatuar genler üzerine etkisi ve apelinin baskılanmasının SCCL MT1 hücrelerindeki migrasyon ve invazyon ilişkili genler üzerine etkisi RT-PZR analizi ile belirlenmiştir. Anlamlı değişiklik gösteren genlere ait protein seviyeleri ELISA metodu ile değerlendirilmiştir. Apelinin baskılanması, SCCL MT1 hücrelerinden apelin ifadesinin azalmasına ve ko-kültüre edildiği makrofajlarda kontrole kıyasla pro-inflamatuar cevabın artmasına neden olmuştur. IL1β, IL6 ve TNFα gen ifadelerinde anlamlı artış görülmüştür. Anti-inflamatuar sitokin genlerinde ise IL10 gen ifadesi anlamlı olarak azalmıştır. Apelinin baskılanmadığı grupta ise pro-inflamatuar genlerde düşüş gözlenirken anti-inflamatuar genlerde artış görülmüştür. Bunların yanı sıra apelinin SCCL MT1 hücrelerinde baskılanması, kanser hücrelerinde migrasyon ve invazyon yeteneğini azaltmıştır. E-kaderin ifadesi artarken N-kaderin ifadesi anlamlı olarak azalmıştır. Ayrıca Twist, Slug, Snail ve CD44 ekspresyon seviyeleri de anlamlı olarak düşmüştür. Makrofaj polarizasyonunda etkili genler olan IL1β, IL6, IL10, TGFβ ve TNFα gen ifadelerindeki anlamlı değişimler nedeniyle ELISA yöntemi kullanılarak protein seviyeleri incelenmiştir. RT-PZR analizi verileriyle uyumlu sonuçlara ulaşılmıştır. Apelinin SCCL MT1 hücrelerinde baskılanması RAW264.7 hücrelerinde pro-inflamatuar cevabı arttırmıştır. Bu sonuçlara göre kanser hücrelerinden salınan apelinin makrofajların polarizasyonuna doğrudan etki ettiği görülmektedir. Elde edilen sonuçlar kanser mikroçevresinde M2 tip makrofajların yoğun olarak bulunmasının apelin peptidi ile ilişkili olabileceğini ve apelinin kanser hücrelerinde terapötik hedeflenmesinin makrofajların, kanser progresyonunun durdurulmasında rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca apelin kanser hücrelerinin migrasyon ve invazyon yeteneğini arttırarak agresif bir fenotip oluşmasını sağlamaktadır.Öğe Providencia izolatlarında aminoglikozid direnç genlerinin araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Atayeter, Ebru; Baykan, MahmutÖzellikle uzun süre hastanede kalan kişilerde ciddi nozokomiyal enfeksiyonlara sebebiyet veren Providencia türlerindeki çoklu ilaç direncinin bir parçası olan aminoglikozid ilaç direncinin aydınlatılmasına yardımcı olmak amacıyla yaptığımız çalışmada bu dirence sebep olan genlerin varlığını belirlemeyi amaçladık. Çalışmamıza Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen ve kültüre alınmış biyolojik materyallerden Providenciaspp. üreyen ve aminoglikozid ilaç direnci gözlenen bakteriler dahil edilmiştir. İlaç direncine neden olan genleri moleküler düzeyde araştırmak amacıyla PCR yöntemi kullanılmış ve 33 genin varlığı araştırılmıştır. Araştırmalarımız sonucunda yedi tanesi aminoglikozidmodifiye eden enzim geni (aac(2")-Ia, aac(3)-IIa, aac(3)-IIc, aac(6')-Ib, aac(6')-Ib-cr, ant(2')-Ia, ant(3")-Ia) ve bir tanesi de 16S rRNAmetilasyon geni (armA) olmak üzere toplamda sekiz adet gen pozitif olarak bulunmuştur. Çalışmamızdan elde edilen veriler doğrultusunda Providencia türlerindeki aminoglikozid ilaç direncine sebep olan birçok gen bir arada bulunmuştur. Endişe verici olan bu bakterilerin diğer bakterilerden horizontal olarak ilaç direnç genlerini alabildiği ve kendi DNA’sına entegre edebildiği, aynı şekilde kendi direnç genlerini de diğer bakterilere aktarabileceği gerçeğidir. Bunun önüne geçmek ve direnç oranını azaltmak amacıyla antibiyotik kullanımında daha dikkatli davranılmalı ve direnç genleri göz önüne alınarak tedavi stratejileri geliştirilmelidir.Öğe Prostat kanserinde sentromer H proteinin ekspresyonunun değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2015) Karalezli, İlknur; Dursun, Hatice GülProstat kanseri erkeklerde en sık görülen kanserdir. Akciğer kanserinden sonra erkeklerde kansere bağlı ölümlerde ikinci sırayı almaktadır ve kanser ölümlerinin %10'undan sorumludur. Prostat kanserlerinin oluşmasında yaş ve genetik faktörler oldukça önemlidir. Kinetokor proteinlerinin karsinogenezle bağlantıları yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bunlardan birisi olan sentromer protein H'ın bazı kanser türlerinin gelişimi ile olan bağlantıları tespit edilmiştir. Bu çalışmada sentromer protein H (CENP-H) ekspresyon düzeyinin prostat karsinomunda (PCa) değişip-değişmediğinin saptanması ve karsinogenez sürecindeki muhtemel rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, prostat kanseri tanısı almış hastalardan çıkarılan total prostat dokularından elde edilen parafine gömülmüş örneklerde CENP-H geninin transkripsiyonel analizi gerçekleştirilmiştir. Ekspresyon analizleri aynı hastanın prostat dokusundaki tümöral ve non-tümöral alanlardaki ekspresyonun karşılaştırılması ile elde edilmiştir. Çalışmaya 40 adet radikal prostatektomi materyali alınmış, daha sonra yüksek Gleason skorlu 9 doku materyali; normal prostat dokusu alanı tümör dokusu alanı ile çok içiçe olduğu için; 3 doku materyali de RNA elde edilemediği için çalışmadan çıkarılmıştır. CENP-H gen ekspresyon analizi Real Time PCR (Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) (PZR) ile yapılmıştır. Kalan 28 olgunun tümöre ait doku örnekleri ve tümörsüz normal alana ait doku örneklerinden ayrı ayrı RNA izolasyonları gerçekleştirildi. Daha sonra gerçekleştirilen qRT-PZR analizleri üçer defa tekrarlanmış ve elde edilen verilerden Ct değerlerinin kalite kontrolleri yapılmıştır. House keeping gen GAPDH ve hedef gen CENP-H'a ait Ct değerleri doku (tümör ve normal) ve teknik tekrar (tekrar -1, -2, -3) gruplarında karşılaştırılmıştır. GADPH Ct değerleri tümör dokularında (25,62 +/-0,3182) kontrol dokularına göre (26,61+/-o,3182) anlamlı düzeyde düşük bulunmuştur (p=0,029). CENP-H geni için gruplar ve teknik tekrarlar arsında farklılık gözlenmemiştir. Çalışmada, prostat kanserinde normal doku ile tümör dokusu arasında CENP-H ekspresyonu bakımından herhangi bir farklılık tespit edilememiştir. Ayrıca ölüm nedenlerine bakıldığında, hastaların hiç birisinde PCa nedenli ölüm saptanmamıştır.Öğe Uzun kodlamayan RNA HIF1A-AS2'nin küçük hücreli akciğer kanserinde otofaji ile ilişkili kemoterapötik dirençteki etkinliğinin araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Güçlü, Ebru; Vural, HasibeKüçük hücreli-dışı akciğer kanseri (KHDAK) ve küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) olmak üzere histolojik olarak iki sınıfa ayrılan akciğer kanseri, tüm dünyada kansere bağlı ölümlerin en yaygın sebeplerinden biridir. KHAK; kemoterapötik ajanlara karşı direncin gözlendiği en agresif akciğer kanseri türüdür. İlaç direnci, temel mekanizmaların yanı sıra kodlamayan RNA profili, hipoksi ve otofaji gibi faktörlerle de ilişkilendirilen bir süreçtir. Bu tez çalışmasında hipoksi ile indüklendiği bilinen bir lncRNA olan HIF1A-AS2'nin KHAK hücrelerinde otofaji üzerinden kemoterapötik dirençteki olası etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Doksorubisine duyarlı H69 ve doksorubisine dirençli H69AR KHAK hücrelerinde HIF1AAS2 ifadesi siRNA yöntemi ile susturulmuştur. Ardından, normoksik ve CoCl2 ile indüklenen hipoksik ortamdaki hücrelerde doksorubisin duyarlılığını belirlemeye yönelik sitotoksisite ve apoptoz analizleri gerçekleştirilmiştir. HIF1A-AS2'nin susturulmasının doksorubisin varlığında ve yokluğunda otofaji üzerine etkisi otofaji analizi ile değerlendirilmiştir. HIF1A-AS2'nin susturulmasının normoksik ve hipoksik ortamda ilaç direnci ve otofaji ile ilişkili genlerin ekspresyon seviyeleri üzerine etkisi qPZR analizi ile belirlenmiş; MRP1, HIF-1α ve Beclin-1 proteinlerinin seviyeleri western blot yöntemi ile analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; kontrol grupları ile karşılaştırıldığında H69 ve H69AR hücrelerinde HIF1A-AS2'nin susturulması, normoksik ve hipoksik ortamda doksorubisinin IC50 değerlerini azaltmış, doksorubisine bağlı apoptozu artırmıştır. Ayrıca, doksorubisin varlığında ve yokluğunda HIF1A-AS2'nin susturulması normoksik ve hipoksik ortamda otofajinin azalması ile sonuçlanmıştır. qPZR analizi sonuçlarına göre; HIF1A-AS2'nin susturulması, normoksik ve hipoksik ortamda her iki hücre hattında da ilaç duyarlılığını artıracak ve otofajiyi inhibe edecek şekilde çok sayıda genin ekspresyonunu etkilemiştir. Western blot analizi sonuçlarına göre, HIF1A-AS2'nin susturulması ile normoksik ve hipoksik ortamda her iki hücre hattında da HIF-1α ve Beclin-1 proteinlerinin seviyeleri azalmıştır. H69AR hücrelerinde MRP1 protein seviyesinde de azalma tespit edilmiştir. Ayrıca, hipoksik ortam H69 hücrelerinin ilaç duyarlılığını azaltmıştır, HIF1A-AS2'nin susturulması ile hipoksinin bu etkisi baskılanmıştır. H69AR hücrelerinde ise hipoksinin ilaç direncini daha da artırıcı bir etkisi tespit edilmemiştir. Sonuç olarak, KHAK hücrelerinde HIF-1α'yı pozitif yönde düzenlediği ve hipoksi ile indüklendiği belirlenen HIF1A-AS2 lncRNA'nın susturulması, KHAK hücrelerinin ilaç duyarlılığını otofaji ile ilişkili olarak artırmıştır. Dolayısıyla, bu hücrelerde ilaç duyarlılığında hipoksi-HIF1AAS2- otofaji etkileşiminin belirleyici olduğu düşünülmektedir.Öğe Uzun kodlamayan RNA ZEB2NAT'ın MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatlarında EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden etkilerinin araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Eroğlu, Canan; Kurar, ErcanKadınlarda yaygın olarak görülen meme kanseri, kansere bağlı ölüm oranları dikkate alındığında ikinci sırada yer almaktadır. Kanser üzerine yapılan çalışmalarda genellikle gen ifadesi üzerine odaklanılmış olmasına rağmen artık kodlamayan RNA'larında önemi anlaşılmıştır. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA) kodlamayan RNA ailesinin bir üyesidir. lncRNA'ların EMT (Epitelyal-mezenkimal geçiş), metastaz ve apoptoz gibi farklı süreç ve yolaklarda görevli genlerin düzenlenmesinde önemli işlevleri olduğu bilinmektedir. Bu nedenle de kanser patogenezinin moleküler düzeyde anlaşılmasına katkıda bulunması kaçınılmazdır. lncRNA ZEB2NAT, EMT sürecinde önemli role sahip ZEB2'nin doğal antisense transkriptidir. Bu tez çalışmasında MCF7 ve MDA-MB-231 insan meme kanseri hücrelerinde lncRNA ZEB2NAT'ın EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. ZEB2NAT'ın ifadesi siRNA transfeksiyon metodu ile baskılanmıştır. ZEB2NAT'ın MCF7 ve MDA-MB-231 insan meme kanseri hücrelerinde EMT, metastaz ve apoptozda önemli olan genlerin ifadeleri üzerine etkisi gerçek-zamanlı PZR (qPZR) ile belirlenmiştir. Önemli değişim görülen genlerden ZEB2, E kaderin ve N kaderinin protein seviyeleri western blot yöntemi ile kontrol edilmiştir. ZEB2NAT'ın hücre proliferasyonu, apoptoz, invazyon ve koloni oluşturma kapasitesi üzerine etkisi sırasıyla XTT, FITC annexin V, invazyon ve koloni testleri kullanılarak değerlendirilmiştir. ZEB2NAT'ın baskılanması her iki hücre hattında da EMT, metastaz ve apoptozda önemli olan bazı genlerin ifadelerini anlamlı derecede değiştirerek antimetastatik ve apoptotik etkiye sahip olduğu qPZR analizi ile tespit edilmiştir. ZEB2NAT'ın baskılanması durumunda her iki hücre hattında da gen ifadelerinde anlamlı değişim görülen ZEB2 ve N kaderin protein ifadelerinin azaldığı E kaderin protein ifadesinin ise arttığı protein düzeyinde western blot analizi sonucunda belirlenmiştir. Ayrıca XTT testi sonuçlarında ZEB2NAT'ın baskılanmasının her iki hücre hattında da hücre çoğalmasını anlamlı derecede azaltıcı etki gösterdiği belirlenmiştir. Akım sitometri sonuçları ZEB2NAT'ın baskılanmasının her iki hücre hattında da apoptozu anlamlı derecede uyardığını göstermiştir. İnvazyon ve koloni testleri sonucunda ZEB2NAT'ın baskılanmasının her iki hücre hattında da belli oranlarda sırasıyla invazyon ve koloni oluşum kapasitelerini anlamlı derecede azalttığı saptanmıştır. ZEB2NAT'ın baskılanması hem MCF7 hemde MDA-MB-231 insan meme kanseri hücrelerinde anti-metastatik ve apoptotik etkiye neden olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar EMT sürecinde önemli role sahip olan ZEB2 transkripsiyon faktörünün antisense transkribi olan ZEB2NAT'ın meme kanserinde EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden önemli rollere sahip olduğunu göstermektedir.Öğe Doğal öldürücü (NK) hücre düşüklüğü olan hastalarda, NK hücre sitotoksitelerinin ve FcγRIIIA gen mutasyonlarının araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Karaselek, Mehmet Ali; Kurar, ErcanDoğal öldürücü hücreler (natural killer, NK), organizmayı enfeksiyonlara ve kansere karşı savunmada önemli rol oynayan hücrelerdir. NK hücrelerini organizmada iki önemli görevi bulunmaktadır. Bunlardan birincisi, enfeksiyona neden olan mikroorganizmalara karşı direkt sitotoksik etki, ikincisi ise FcγRIIIA geni aracılığıyla gerçekleşen antikor bağımlı hücresel sitotoksisite (ADCC)'dir. NK hücrelerinin sayı veya fonksiyonunda bozukluk(lar), NK hücre eksikliği/bozukluğu (NKD) olarak adlandırılmaktadır. Bu çalışmada, klinik olarak NKD düşünülen hastalar NK hücre alt grupları, NK hücre sitotoksisitesi ve FcγRIIIA gen mutasyon(lar)u açısından araştırılması ve klinik, laboratuvar ve fonksiyonel analiz sonuçları ile FcγRIIIA gen mutasyon(lar)u arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Çocuk Allerji ve İmmünoloji polikliniğine ilk defa başvuran hastalar ile daha önceden takipli 10 hasta ve 7 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edildi. Tüm hasta ve kontrol kan örneklerinden, periferik kan lenfosit oranları ve NK hücre alt grupları oranları akım sitometri yöntemiyle, NK hücrelerinin fonksiyonları ise sitotoksisite testi ile değerlendirildikten sonra yeni nesil dizileme yöntemi ile FcγRIIIA gen mutasyonları araştırıldı. Periferik kan akım sitometri yöntemi ile değerlendirilen NK hücre alt grup analizinde CD56brightCD16neg, CD56brightCD16int ve CD56dimCD16hi olmak üzere 3 farklı NK hücre alt grubu belirlendi. Hastaların NK hücre alt grupları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında CD56brightCD16neg hücre oranında statistiksel olarak anlamlı bir farklılık tespit edilmedi. CD56brightCD16int ve CD56dimCD16hi hücre oranları kontrol grubu ile karşılaştırıldığında hastalarda anlamlı derecede düşük olduğu tespit edildi. NK hücre sitotoksisitesi, K562 lizisine bağlı yöntem ile değerlendirildi. NK hücre sitotoksisite analizi sonucunda hasta ile kontroller arasında K562 miktarındaki oransal olarak azalmanın istatistiksel olarak anlamlı olduğu tespit edildi (p<0,001). Hastalardaki K562 hücre azalma oranı kontrollere kıyasla istatistiksel olarak daha az azaldığı tespit edildi. Yeni nesil dizileme yöntemi ile FcγRIIIA geninin tüm exom analizinde, ekzon 4 (rs396991) ve ekzon 3 (rs10127939)'de polimorfizmler olduğu belirlendi. Ayrıca dizileme sonucunda FcγRIIIA ile FcγRIIIB ile benzerlik gösteren olası kimerik bir bölge (ekzon 1 ile ekzon 2 ile ekzon 1 arasındaki intron bölgesi) tespit edildi. Sonuç olarak bu tez çalışmasında FNKD düşünülen hastalar ileri fonksiyonel ve genetik analizler ile değerlendirildi. Hastalarda NK sayı ve fonksiyonları yönünden farklılıklar tespit edildi. FcγRIIIA geni ile ilgili tespit edilen polimorfizmler Türkiye popülasyonunda yapılmış ilk değerlendirme niteliğinde olup, NK hücre araştırmaları alanında yapılacak yeni çalışmalara ışık tutması beklenmektedir.Öğe Leptin reseptörü ve Hipoksi-İndüklenebilir Faktör-1alfa genlerindeki polimorfizmlerin OSAHS'la ilişkisi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Çetinkaya, Sümeyra; Dursun, Gül HaticeObstrüktif apne/hipoapne sendromu (OSAHS) obez bireylerde yaygın görülen çok odaklı bir hastalıktır. Leptin hormonu yağ hücrelerinde üretilen, iştah ve enerji harcanmasının düzenlenmesinden sorumlu olan bir sinyal faktörüdür. Leptinin spesifik reseptörü olan LEPR genellikle hipotalamusta işlevseldir. OSAHS’da sık görülen bir durum kronik intermittent hipoksi (CIH) ‘dir. Hipoksiyle İndüklenen Faktör-1α (HIF-1α), hipoksik koşullar altında oksijen homeostazının düzenlenmesine yanıt sağlayan bir transkripsiyon faktörüdür. Çalışmaya Konya popülasyonundan cinsiyeti erkek 154 hasta ve 39 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edilmiştir. Bütün hasta ve kontrol bireylerine polisomnografi testi uygulanmıştır. Gruplar, genotip dağılımı; yaş, BMI (Body Mass İndex), boyun ve bel çevresi, AHI (Apne Hipoapne İndeksi), Total Kolesterol, Trigliserit, HDL (High-density lipoprotein), LDL (Low-density lipoprotein), Kan basıncı (Sistolik ve Diastolik), SpO2 (Oksijen saturasyonu) ve Epwort Uykululuk skalası değişkenleri ile karşılaştırılmıştır. OSAHS’ın patofizyolojik sinyal yolaklarını etkileyip etkilemediğini belirlemek için HIF-1α genindeki Pro582Ser polimorfizm ile LEPR genindeki Lys109Arg ve Lys656Asn polimorfizmlerinin genotip dağılımları ARMS-PZR ve PZR-RFLP moleküler tanı yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Tüm SNP’lerde hasta ve kontrol bireyleri arasında yaş, kilo, BMI, AHI, boyun çevresi, bel çevresi, oksijen saturasyonu (p<0,001) ve sistolik kan basıncı, Epworth (p<0,05) anlamlı bulundu. Bu parametrelerin değerleri OSAHS’lı hastalarda daha yüksekti ancak, oksijen saturasyonu OSAHS’lılarda daha düşüktü. Pro582Ser ve Lys109Arg polimorfizminde hem hasta hemde kontrol grubunda genotip dağılımları ve allel sıklıkları arasında parametrelere göre anlamlı bir farklılık gözlenmedi. Yalnızca Lys109Arg polimorfizminde dominant modelde HDL ve LDL değerini anlamlı bulundu (p<0,05), Lys656Asn polimorfizminde ise OSAHS’lı hasta grubunun kodominant ve dominant modelinde kilo, BMI, bel ve boyun çevresi, sistolik ve diastolik kan basıncını anlamlı bulundu. Sonuç olarak gerek LEPR gerekse HIF-1α geninde belirlenen diğer polimorfizmlerin moleküler tarama yöntemleri kullanılarak yeteri kadar veri bulunmayan Türk populasyonunda etkilerinin araştırılması uygun olacaktır.Öğe Rheum ribes L. bitki ekstrelerinin kolorektal kanser hücre hatlarında antikanserojenik etkisinin araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Çınar, İlknur; Dursun, Gül HaticeKanserin tedavisinde kullanılan kemoterapötik ilaçların ciddi yan etkilere neden olmaları ve tedavinin ileri dozlarında kemodirenç gelişimi nedeniyle alternatif yeni sitotoksik ajanların belirlenmesine yönelik çalışmalar devam etmektedir. Bizim çalışmamızda ise ülkemizin doğusunda geniş yayılış gösteren ve halk arasında sıklılıkla tüketilen Rheum ribes L. (Polygonaceae) bitki türünün CRC hücre hatları üzerinde antikanserojenik etkiye sahip olup olmadığı araştırılacaktır. Bu bitki türü ile ilgili yapılan çalışmalar daha çok fitokimyasal analiz ve antioksidan ve antibakteriyel etkisinin değerlendirilmesine yönelik olup antikanserojenik etkilerinin moleküler düzeyde araştırıldığı herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Çalışmamızda R. ribes'e ait kök ve gövde kısımlarından 6 farklı ekstre elde edilmiştir. Tüm ekstrelerin toplam fenolik, flavonoit madde miktarları, antioksidan aktivitelerive HCT 116 ve HT-29 kolorektal kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkileri belirlenmiştir. Bu analizler sonucunda en düşük dozla en yüksek sitotoksik aktivite gösteren ekstrenin kök metanol (KM) ekstresi olduğu belirlenmiş ve çalışmaya KM ekstresi ile devam edilmiştir. Sonrasında KM ekstresinin kromatografik analizle biyoaktif madde içeriği tespit edilmiştir. KM ekstresinin, CRC'nin tedavisinde yaygın olarak kullanılan kemoterapi ajanı 5-FU ile kombinasyon dozları izobologram analizi için kanser hücrelerine uygulanmış ve kombinasyonun IC50 dozunun her iki hücre içinde hafif sinerjizm gösterdiği belirlenmiştir. KM, 5-FU ve KM+5-FU'nun IC50 dozlarının uygulandığı hücrelerde miR-200 ailesi (miR-200a/b/c ve miR-141) ve hedef genlerin (EMT ve invazyonla ilişkili ZEB1, CDH1 (E-kaderin), CDH2 (N-kaderin); apoptoz ile ilişkili BCL-2, BAX, Kaspaz-3,7,8,9, CYCS (Sitokrom C), PPARG, XIAP, FAS/CD95, FAP-1; hücre döngüsü ile ilişkili p53, p21, CDK4, CDK6, CCND1, CCND2, CCND3, CDNK1B, RND3; ve TGFβ yolağıyla ilişkili TGFβ1, TGFβR1, TGFβR2, SMAD2,3,4,7) ekspresyon seviyelerindeki farklılıklar gerçek zamanlı qPCR ile değerlendirilmiştir. Morfolojik düzeyde apoptoz, TUNEL ve Anneksin V analizi ile; hücre döngüsü evrelerinin belirlenmesi, hücre döngüsü analizi ile; hücrelerin invaziv karakterleri; invazyon testi ile BCL-2, ZEB1, GATA4 ve FAS/CD95 proteinlerinin ekspresyon düzeyindeki farklılıkları ise ELISA yöntemi ile belirlenmiştir. miRNA ekspresyon analizi sonuçlarına göre, her iki hücre hattında tümör baskılayıcı fonksiyon gösteren 4 miRNA'nın ekspresyon seviyesinde de anlamlı (p<0,05) artışın olduğu tek doz grubu yalnız KM'dir. Doz gruplarına göre; apoptoz, hücre döngüsü, EMT ve TGFβ yolağıyla ilişkili hedef genlerdeki anlamlı artış ve azalışlar birlikte değerlendirildiğinde, antiproliferatif ve apoptotik etkinin tek başına uygulanan 5-FU'ya göre KM ve KM+5-FU kombine gruplarında daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, KM'nin miR-200a/b/c ve miR-141'in ekspresyonlarında anlamlı artışa neden olduğunu;, BCL-2, ZEB1, GATA4 ekspresyonlarını baskıladığını göstermişir. KM'nin tek başına ya da 5-FU ile kombine uygulamasının, kanser hücrelerinin tek başına 5-FU ile tedavisine göre daha iyi yanıt oluşturduğunu düşündürmüştür.Öğe Obezite ile ilişkili SH2B1 gen varyantlarının uyku apnesi ile bağlantı potansiyelinin belirlenmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Küççüktürk, Serkan; Vural, HasibeObstrüktif uyku apnesi (OSA) genellikle obez bireylerde yaygın görülen çok odaklı bir hastalıktır. Obezite ve OSA çoklu patofizyolojik mekanizmaları paylaşmaktadır. Leptin ve reseptörü iştah ve enerji harcanmasının düzenlenmesinden sorumludur. SH2B1 JAK/STAT yolağında leptin reseptörünün hücre içi sinyallenmesinde adaptör ve sinyal arttırıcı olarak görev yapmaktadır. Çalışmanın amacı SH2B1 varyantlarının OSA ile bağlantısının olup olmadığını açıklamaktır. Çalışmaya Konya popülasyonundan cinsiyeti erkek 160 hasta ve 76 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubu dahil edilmiştir. Hasta grubu VKİ'ye (≤25 kg/m2 ve ≥30 kg/m2) göre alt gruplara ayrılmıştır. Klinik olarak uyku ve antropometrik ölçümler ile kan yağları parametreleri karşılaştırmalarda kullanılmıştır. Bütün bireylere polisomnografi testi uygulanmıştır. SH2B1'de bulunan Rs7498665 (G>A), rs4788102 (A>G) ve rs7359397 (C>T) varyantlarının genotiplemesi Tetra-ARMS-PZR ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar RFLP ve dizi analizi ile de test edilmiştir. Ayrıca çalışmada ARMS PZR'ı optimize etmek için Taguchi metodu uygulanmıştır. Klinik olarak alt gruplarda kan yağları ve boy değişkenleri hariç diğerleri farklı değerlendirilmiştir. Bütün bireyler dahil edilerek her bir varyanta ait genotipler arası karşılaştırma da, üç varyant için mutant genotiplerde VKİ diğer genotiplere göre anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. AHI rs7498665 hariç diğer iki varyanta ait normal genotiplerde [rs4788102 (A) ve rs7359397 (C)] anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. Alt gruplarda da AHI değeri benzer şekilde daha yüksek ve anlamlı çıkmıştır. Taguchi metodu Tetra-ARMS PZR optimizasyonunda kolay ve güvenilir bir şekilde uygulandı. Sonuç olarak, her üç varyant literatürle uyumlu olarak VKİ ile ilişkiliydi. Ancak rs7498665 hariç rs4788102 ve rs7359397 varyantların normal genotipleri AHI ile ilişkili olarak OSA için risk oluşturabilir. Yapılacak çalışmalar daha fazla örneklem ile Türk popülasyonunda SH2B1 varyantlarının OSA ile bağlantısının araştırılması uygun olacaktır.Öğe Kolorektal kanser riski ile Hipoksiyle İndüklenen Faktör-1alfa (HIF-1α) ve Von Hippel Lindau (VHL) gen polimorfizmleri arasındaki ilişki(Necmettin Erbakan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2013) Demirel, Hasan Saygın; Turhan, Ahmet BülentKolorektal kanser insanda sık görülen dört kanser türü arasında yer alır ve ölüme götüren kanserler içerisinde ikinci sıradadır. Kolorektal kanser oluşumunda çevresel ve genetik faktörler etkilidir. Birçok kanser türünün gelişmesinde etkili olduğu düşünülen HIF-1α geni hücrenin hipoksiye cevabının anahtar regülatörüdür. VHL tümör baskılayıcı bir gendir ve hipoksiye cevap yolağında önemli rol alır. Bu çalışmanın amacı, HIF-1α geninin C1772T (rs11549465) ve G1790A (rs11549467) polimorfizmleri ile HIF-1α'nın oksijen-bağımlı degradasyonunu regüle eden VHL genin 5'UTR bölgesindeki fonksiyonel rs779805 polimorfizminin ve ayrıca yaş, cinsiyet, ailede kanser öyküsü, sistemik hastalıklar, beyaz toprak maruziyeti, sigara ve alkol tüketiminin kolorektal kanser riski ile ilişkisini araştırmaktır. Çalışmaya, kolorektal kanser tanısı almış 92 hasta ile kontrol grubu olarak 101 birey alındı. DNA izolasyonu için periferal kan kullanıldı. HIF-1α genindeki rs11549465 C>T ve rs11549467 G>A polimorfizm değişimlerini genotiplemek için ARMS-PZR; VHL rs779805 A>G polimorfizm değişimini genotiplemek için PZR-RFLP moleküler tanı yöntemleri kullanıldı. Hasta ve kontrollerde HIF-1α geni C1772T, G1790A ve VHL geni rs779805 polimorfizmlerinin genetik modellere göre frekansları belirlendi. HIF-1α C1772T polimorfizminin CT/TT genotipleri hasta grubunda daha fazla sayıda bulundu (P<0.05). Odds oranı %95 güven aralığında hesaplandı ve 1.96 (1.02-3.77) olarak bulundu; ancak yaş, cinsiyet, ailede kanser öyküsü, beyaz toprak maruziyetine göre ayarlanmış olan odds oranı (AOR) %95 güven aralığında 4.79 (1.07-21.48) olarak bulundu. Çalışmamızda saptadığımız bu bulgu CT/TT genotiplerine sahip bireylerde kolorektal kanser riskinin artmış olduğunu göstermektedir. Ayrıca ileri yaş, erkek cinsiyet, ailede kanser öyküsü, eşlik eden hastalıklar ve beyaz toprak maruziyetinin kolorektal kanser için birer risk faktörü olduğu istatistiksel analizlerle belirlendi (P<0.05). Hastalarda TNM evrelemesinin genotip dağılımları ile ilişkisine bakıldı, gruplar arsında anlamlı farklılık bulunmadı (P>0.05). Çalışmamızın sonuçları; ileri yaş, erkek cinsiyet, ailede kanser öyküsü, eşlik eden hastalıklar ve beyaz toprak maruziyeti gibi risk faktörlerine ilaveten, HIF-1α C1772T polimorfizmi CT/TT genotip taramasının, kolorektal kanserin erken tanısında avantaj sağlayabilir birer risk belirteci olabileceklerini göstermiştir.
