Patlıcan (Solanum melongena L.) Bitkisinde Regülatör RNA'ların ve Transpozon Lokusların Karakterizasyonu
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2022
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Necmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Özet
Patlıcan Solanaceae ailesinin en önemli üyelerinden, besleyicilik özellikleri ve ekonomik değeri
yüksek bir bitki türü olmasına rağmen genetik ıslah, moleküler genetik çalışmalar bakımından domates ve
patates, biber gibi ailenin diğer önemli türlerine kıyasla daha az çalışılmıştır. Sunulan tez kapsamında
patlıcan genomuna ait referans genom verisi transpozon lokusları, kodlamayan RNA ve transmembran
protein sınıflandırması bakımından biyoinformatik yaklaşımlar ile karakterize edilmiştir. Çalışma
sonucunda elde edilen kodlamayan RNA sekansları, transpozon sekansları ve patlıcanın var olan EST
sekansı verileri regülatör markör geliştirme potansiyelleri bakımından araştırılmıştır. Çalışma kapsamımda
ilk kez patlıcan genomuna spesifik regülatör/fonksiyonel olma potansiyeline sahip tüm genom düzeyinde
mikrosatellit markörler geliştirilmiş, yapısal ve fonksiyonları anotasyonları yapılmıştır. Çalıma sonucu
üretilen veri patlıcan gen kaynaklarının karakterizasyonu başta olmak üzere patlıcanda markör destekli ıslah
çalışmalarına katkı sağlayacaktır.
Although eggplant is one of the most important members of the Solanaceae family and is a plant species with high nutritional properties and economic value, genetic breeding has been less studied in terms of molecular genetic studies compared to other important species of the family such as tomato, potato and pepper. Within the scope of the presented thesis, the reference genome of the eggplant genome was featured by bioinformatics approaches in terms of transposon elements, non-coding RNA and transmembrane protein classification. The non-coding RNA sequences, transposon element sequences and the existing EST sequence data of eggplant obtained as a result of the study were investigated in terms of their regulatory marker development potential. Within the scope of my work, for the first time, microsatellite markers at the whole genome level, which have the potential to be regulatory/functional specific to the eggplant genome, were developed and their structural and functional annotations were made. The data produced as a result of the study will contribute to the characterization of eggplant gene sources and marker-assisted breeding studies in eggplant.
Although eggplant is one of the most important members of the Solanaceae family and is a plant species with high nutritional properties and economic value, genetic breeding has been less studied in terms of molecular genetic studies compared to other important species of the family such as tomato, potato and pepper. Within the scope of the presented thesis, the reference genome of the eggplant genome was featured by bioinformatics approaches in terms of transposon elements, non-coding RNA and transmembrane protein classification. The non-coding RNA sequences, transposon element sequences and the existing EST sequence data of eggplant obtained as a result of the study were investigated in terms of their regulatory marker development potential. Within the scope of my work, for the first time, microsatellite markers at the whole genome level, which have the potential to be regulatory/functional specific to the eggplant genome, were developed and their structural and functional annotations were made. The data produced as a result of the study will contribute to the characterization of eggplant gene sources and marker-assisted breeding studies in eggplant.
Açıklama
Yüksek Lisans Tezi
Anahtar Kelimeler
Mikrosatellit, Markör geliştirme, ncRNA, Patlıcan, Transpozonlar, Microsatellite, Marker development, non-coding RNA, Eggplant, Transposon elements
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Malyemez, D. (2022). Patlıcan (Solanum melongena L.) bitkisinde regülatör RNA'ların ve transpozon lokusların karakterizasyonu. (Yayımlanmamış yüksek lisans tezi). Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Konya.
