Larenks kanserlerinde tüm genom ekspresyon farklılığının belirlenmesi ve klinik önemi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Erişkin tümörlerinin %2'sini oluşturan larenks kanserleri, baş boyun bölgesinin en sık görülen malign tümörlerindendir. Türkiye'deki erkek ölümünün %7'sinden sorumlu olan larenks kanserlerinin mortalite oranları oldukça yüksektir. Çalışmamızda larenks kanserli bireylerin tümör dokusunda normal dokuya göre ekspresyonu artan ya da azalan tüm genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi ve Karatay Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Polikliniği'ne başvuran, klinik ve histopatolojik olarak larenks kanser tanısı almış 12 vakadan operasyon sırasında tümörlü ve sağlam taze doku örnekleri alınarak(24 örnek) RNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen RNA'lar tüm genom ekspresyon mikroarray yöntemi (Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) ile çalışıldı ve tümörlü dokuda normal dokuya göre ekspresyonu anlamlı derecede artan ve azalan genler belirlendi. Bulgular: 47.323 prob kullanılarak yapılan çalışmada 14.294 mRNA'da normal dokuya göre ekspresyon farklılığı saptandı. Ekspresyon farklılığının anlamlılığı için FC değeri 2 olarak kabul edildiğinde; 22 gende anlamlı ekspresyon artışı ve 2 gende anlamlı ekspresyon azalışı gözlendi. Etkilenen genlere yönelik yapılan yolak analizinde ise hücre siklus yolağı ve ekstrasellüler matriks yıkım yolağı aktivasyonu artan yolakların başında gelirken; elektron transport zincir yolağı da baskılanan yolakların başında gelmekteydi. Sonuç: Tüm genom ekspresyon analizi ile larenks tümör etiyolojisinde rolü olduğu bilinen 13 genin yanı sıra daha önce larenks kanserlerinde tanımlanmayan ancak vakalarımızın kanserli dokularında normal dokuya göre farklı eksprese olan 11 yeni gen tanımlanmıştır. İlk kez bizim çalışmamızda belirlenen bu genlerin larenks kanserli olgularda erken tanı, prognoz tayini ve hedefe yönelik tedavi için biomarker olabileceği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Ekspresyon, larenks kanseri, mikroarray
Laryngeal cancers which constituting 2% of adult tumors are the most common malignant tumors of the head and neck region. The mortality rate of larynx cancers which is responsible for around 7% of male deaths in Turkey is quite high. In our study, is aimed to determine of decreasing or increasing the expression of all genes in the tumor tissue than normal tissue in laryngeal cancer patients. Method: During surgery, tumor and normal tissue samples were taken from the 12 patients who admitted to Selçuk University Selçuklu Medical Faculty and Karatay University Medical Faculty and diagnosed larynx cancer as clinical and histopathological and RNA isolation was performed. Izolated RNA was studied by whole genome expression microarray method (Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) and gene were identified which expression significantly increasing and decreasing tumor tissue than in normal tissue. Findings:In study using 47,323 probe, expression differences revealed at 14.294 mRNA. When the FC value is considered to be 2 for the significance of the expression differences, increased expression of 22 genes and decreased expression of two genes were observed. While the cell cycle pathway and extracellular matrix degradation pathway are the most active pathway, electron transport chain pathway is one of the most repressed pathways according to the pathway analysis of affected genes. Results:In our case, 11 new genes have been identified which is differentially expressed in cancerous tissue compared to normal tissue in addition to 13 genes known to be involved in the etiology of laryngeal tumors with whole genome expression analysis. These genes which identified for the first time in our study, are thought to be biomarker for early diagnosis, prognosis and targeted therapy on larynx cancer patients. Keywords: Expression, larynx cancer, microarray
Laryngeal cancers which constituting 2% of adult tumors are the most common malignant tumors of the head and neck region. The mortality rate of larynx cancers which is responsible for around 7% of male deaths in Turkey is quite high. In our study, is aimed to determine of decreasing or increasing the expression of all genes in the tumor tissue than normal tissue in laryngeal cancer patients. Method: During surgery, tumor and normal tissue samples were taken from the 12 patients who admitted to Selçuk University Selçuklu Medical Faculty and Karatay University Medical Faculty and diagnosed larynx cancer as clinical and histopathological and RNA isolation was performed. Izolated RNA was studied by whole genome expression microarray method (Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) and gene were identified which expression significantly increasing and decreasing tumor tissue than in normal tissue. Findings:In study using 47,323 probe, expression differences revealed at 14.294 mRNA. When the FC value is considered to be 2 for the significance of the expression differences, increased expression of 22 genes and decreased expression of two genes were observed. While the cell cycle pathway and extracellular matrix degradation pathway are the most active pathway, electron transport chain pathway is one of the most repressed pathways according to the pathway analysis of affected genes. Results:In our case, 11 new genes have been identified which is differentially expressed in cancerous tissue compared to normal tissue in addition to 13 genes known to be involved in the etiology of laryngeal tumors with whole genome expression analysis. These genes which identified for the first time in our study, are thought to be biomarker for early diagnosis, prognosis and targeted therapy on larynx cancer patients. Keywords: Expression, larynx cancer, microarray
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Gen ifadesi, Laringeal hastalıklar, Laringeal neoplazmlar
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Göktaş, E. (2016). Larenks kanserlerinde tüm genom ekspresyon farklılığının belirlenmesi ve klinik önemi. (Yayınlanmamış tıpta uzmanlık tezi) Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi Dahili Tıp Bilimleri Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Konya.
