Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi
| dc.authorid | 0009-0006-0805-0004 | |
| dc.contributor.advisor | Çakmak, Sündüs Erbaş | |
| dc.contributor.author | Olgun, Hacer | |
| dc.date.accessioned | 2026-08-14T07:11:08Z | |
| dc.date.available | 2026-08-14T07:11:08Z | |
| dc.date.issued | 2026 | |
| dc.date.submitted | 2026 | |
| dc.department | NEÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı | |
| dc.description | Tez, Yüksek Lisans | |
| dc.description.abstract | Vimentin, hücre entegrasyonunu sağlayan, hücreyi mekanik strese karşı koruyan ve hücrede daima bulunan ana hücre iskeleti bileşenlerinden biridir. Aynı zamanda meme, epitel, prostat, melanom gibi çeşitli kanser hücrelerinde anlatımı artan, kanserin ilerlemesi, metastaz yapması süreçlerinde etkin rol oynayan bir Epitel-Mezenkimal Geçiş (EMT) protein belirtecidir. Bu protein, hücrelerin daha hareketli olmasına, hücrelerin doku ve organlardan uzaklaşarak vücutta yayılmasına sebep olur. Ayrıca, kanser hücrelerinin invazyon kabiliyetini artırarak tümörlerin daha agresif bir şekilde ilerlemesine neden olur. Vimentini hedef alan terapötik yaklaşımların antikanser ve anti-metastatik potansiyeli bulunmaktadır ve proje kapsamında vimentin hedefleyen yeni nesil molekülün anti-kanser ve anti-metstatatik etkisi incelenmiştir. Bu tezde, epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ile doğrudan ilişkili olan ve kanser metastazının oluşumunda önemli bir rol oynayan hücre ara filamenti vimentin proteininin, PROTAC (Proteoliz Hedefli Kimera) teknolojisi kullanılarak hedeflenmesi FiVE1 vimentin bağlayıcı modül ve CRBN sereblon bağlayıcı modüller ile incelenmiştir. PROTAC yaklaşımı iki başlı moleküller aracılığıyla hedef proteinlerin ubikitinleme yapan enzimlere yakınlıştırılarak ubikitinlemeye bağlı degredasyonunun hızlandırılması prensibine dayanır. VİM1 adı verilen PROTAC bileşiği başarıyla sentezlenmiş ve Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) ve yüksek çözünürlüklü kütle (QTOF-LC/MS) analizleri ile karakterize edilmiştir. Yalnızca vimentin bağlanan birim (9) ve VİM1 PROTAC'i ile insan sağlıklı umblikal ven endotel hücreleri (HUVEC), insan akciğer kanseri hücreleri (A549), insan meme kanseri hücreleri (MCF7 ve MDA-MB231) ile yapılan analizlerde bileşiklerin 32 µM derişime kadar toksik etki göstermediği saptanmıştır. Diğer taraftan 9 nolu bileşik mikrosatalit kararsız kolon kanseri (HCT116) hücrelerinde 64 µM dozda yaklaşık 50% hücre ölümüne sebep olmuştur. Bileşiklerin uygulandığı MDA-MB-231 metastatik hücrelerde vimentin protein seviyesi incelendiğinde herhangi anlamlı değişim saptanmamıştır. Aynı hücrelerle 2D yara iyileşme deneyleri ile hücre göçü değerlendirildiğinde PROTAC bileşiğinin herhangi anti-metastatik etkisinin olmadığı değerlendirilmiştir. Bu bulgular çerçevesinde AutoDock Vina algoritması kullanılarak gerçekleştirilen moleküler kenetleme analizlerinde PROTAC bileşiğinin CRBN modülünü de kullanarak vimentin bileşiğinine bağlanabileceği anlaşılmıştır. Bu durumda sereblon proteinine bağlanamıyor olmasının protein yıkımını gerçekleştirmesine engel teşkil ettiği ve anti-metastatik etki gösteremediği değerlendirilmiştir. Tez çalışması kapsamında yapılan araştırmalar, vimentin hedefleyen PROTAC bileşiklerinde sereblon hedefli CRBN biriminin kullanılmamaısının daha uygun olduğunu göstermektedir. Bu bilgi gelecek PROTAC tasarımlarına ışık tutacaktır. | |
| dc.description.abstract | Vimentin is one of the main cytoskeletal components that is always present in cells, facilitating cell integration and protecting the cell against mechanical stress. It is also an Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) protein marker that is increasingly expressed in various cancer cells such as breast, epithelial, prostate, and melanoma, and plays an active role in cancer progression and metastasis processes. This protein causes cells to become more motile, allowing them to detach from tissues and organs and spread throughout the body. Additionally, it increases the invasive capability of cancer cells, leading to tumors progressing in a more aggressive manner. Therapeutic approaches targeting vimentin have anti- cancer and anti-metastatic potential, and within the scope of the project, the anti-cancer and anti-metastatic effects of a novel molecule targeting vimentin were investigated. In this thesis, the targeting of the intermediate filament vimentin protein, which is directly associated with epithelial-mesenchymal transition (EMT) and plays an important role in the formation of cancer metastasis, was investigated using PROTAC (Proteolysis Targeting Chimera) technology with FiVE1 vimentin binding modules and CRBN cereblon binding modules. The PROTAC approach is based on the principle of accelerating the degradation of target proteins via ubiquitination by bringing them close to ubiquitinating enzymes through bifunctional molecules. The PROTAC compound named VIM1 was successfully synthesized and characterized using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and high-resolution mass (QTOF-LC/MS) analyses. It was determined that the compounds did not show toxic effects up to a concentration of 32 μM in analyses conducted with only the vimentin-binding unit (9) and VIM1 PROTAC in human healthy umbilical vein endothelial cells (HUVEC), human lung cancer cells (A549), and human breast cancer cells (MCF7 and MDA-MB-231). On the other hand, compound 9 caused approximately 50% cell death at a dose of 64 μM in microsatellite unstable colon cancer (HCT116) cells. When the vimentin protein level was examined in MDA-MB-231 metastatic cells treated with the compounds, no significant change was detected. When cell migration was evaluated in the same cells using 2D wound healing assays, it was determined that the PROTAC compound had no anti-metastatic effect. Within the framework of these findings, molecular docking analyses with the AutoDock Vina algorithm revealed that the PROTAC compound can bind to the vimentin compound by also utilizing the CRBN module. In this case, it has been assessed that its inability to bind to the cereblon protein prevents it from inducing protein degradation and that it cannot exhibit an anti-metastatic effect. Research conducted within the scope of the thesis study shows that it is more appropriate not to use the cereblon-targeting CRBN unit in PROTAC compounds targeting vimentin. This information will shed light on future PROTAC designs. | |
| dc.identifier.citation | Olgun, H. (2026). Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi. (Yayınlanmamış yüksek lisans tezi). Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Konya. | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.12452/20305 | |
| dc.identifier.yoktezid | 1017397 | |
| dc.language.iso | tr | |
| dc.publisher | Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü | |
| dc.relation.publicationcategory | Tez | |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/embargoedAccess | |
| dc.subject | vimentin | |
| dc.subject | kanser | |
| dc.subject | metastaz | |
| dc.subject | PROTAC | |
| dc.subject | vimentin | |
| dc.subject | cancer | |
| dc.subject | metastasis | |
| dc.subject | PROTAC | |
| dc.title | Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi | |
| dc.title.alternative | Development of anti-metastatic therapeutic agents inducing proteolytic vimentin degradation | |
| dc.type | Master Thesis |
