Şeftali (Prunus persica L.) Transkripsiyon Faktörü Genlerinin Karakterizasyonu, Gen-spesifik Markör Dizaynı ve Türler Arası Transfer Analizleri

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0003-2490-0748en_US
dc.contributor.advisorUncu, Ayşe Özgür
dc.contributor.authorYürükçü, Cansu
dc.date.accessioned2022-10-26T07:22:27Z
dc.date.available2022-10-26T07:22:27Z
dc.date.issued2022en_US
dc.departmentNEÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalıen_US
dc.descriptionYüksek Lisans Tezien_US
dc.description.abstractŞeftali (Prunus persica L.), diğer meyve ağacı türlerine kıyasla kısa gençlik dönemi (2-3 yıl), kendine tozlaşma ve nispeten küçük genom boyutuna sahip olma ((2n = 2x = 16); 1C = 265 Mb)) dahil genetik özellikleri nedeniyle Rosaceae ailesi için model organizmadır (Abbott ve ark. 2002). Bu çalışma kapsamında şeftali cDNA sekans koleksiyonu, çok iyi tanımlanmış Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) ve pirinç (Oryza sativa L.) transkripsiyon faktörü sekansları üzerinden biyoinformatik analizler ile homolojiye dayalı transkripsiyon faktörü tahmini yapılmıştır. Tespit edilen transkripsiyon faktörleri aileye göre sınıflandırılıp sekans-temelli markör geliştirilme çalışmalarında kullanılmıştır. Çalışma kapsamında geliştirilen markörlerin yakın akraba ve önemli bir Prunus türü olan badem (Prunus dulcis Mill.) genomunda haritalanması sonucunda transfer edilebilir markörler belirlenmiş ve türler arasındaki polimorfizmler tespit edilmiştir. PCR analizleri, biyoinformatik markör geliştirme protokolünün doğrulanmasında kullanılmıştır. Markör lokuslarca kodlanan peptit dizilerinin homolojiye dayalı metodoloji ile üç boyutlu (3D) protein modelleri oluşturulmuştur. Protein modellemesi, biyoinformatik markör geliştirme iş akışını doğrulamış ve ayrıca markör lokusların kodladığı transkripsiyon faktörleri yapılarındaki potansiyel farklılıkları göstermede faydalı olmuştur. Çalışma kapsamında geliştirilen markörler gen ekspresyonu kontrolünde birincil role sahip transkripsiyon faktörü kodlayan genlerde yer aldıklarından, Prunus fonksiyonel genomiği çalışmaları için yüksek bilgi içeriğine sahip olması beklenen genomik araçlar oluşturmaktadır.en_US
dc.description.abstractPeach (Prunus persica L.) is a model organism for the Rosaceae family due to its genetic characteristics, including a short juvenile period (2-3 years), self-pollination, and relatively small genome size ((2n = 2x = 16); 1C = 265 Mb)) compared to other fruit tree species (Abbott et al. 2002). In the present work, bioinformatic analyses were performed for homology-based transcription factor prediction in peach cDNA collection using well-defined Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) and rice (Oryza sativa L.) transcription factor sequences. Family classifications of the identified transcription factors were performed and transcription factor sequences were used for sequence-based marker development. Cross-species mapping of the markers in the closely related and important Prunus species, almond (Prunus dulcis Mill.), identified transferable markers and potential interspecific marker polymorphisms. PCR analyses were useful for verifying the accuracy of the bioinformatic marker development strategy. Three-dimensional (3D) homology-based protein models of the marker loci were also created. Protein modelling verified the bioinformatic marker development approach and was useful in displaying potential variations in transcription factor structures. The set of markers introduced in the present research represent transcription factor coding sequences which play pivotal roles in gene expression regulation, therefore, are expected to constitute highly informative genomic tools for Prunus functional genomic studies.en_US
dc.identifier.citationYürükçü, C. (2022). Şeftali (Prunus persica L.) transkripsiyon faktörü genlerinin karakterizasyonu, gen-spesifik markör dizaynı ve türler arası transfer analizleri. (Yayımlanmamış yüksek lisans tezi). Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Konya.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12452/8679
dc.language.isotren_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessen_US
dc.subjectcDNAen_US
dc.subjectMarkör geliştirmeen_US
dc.subjectProtein modellemeen_US
dc.subjectTranskripsiyon faktörüen_US
dc.subjectMarker developmenten_US
dc.subjectProtein modellingen_US
dc.subjectTranscription factoren_US
dc.titleŞeftali (Prunus persica L.) Transkripsiyon Faktörü Genlerinin Karakterizasyonu, Gen-spesifik Markör Dizaynı ve Türler Arası Transfer Analizlerien_US
dc.title.alternativeCharacterization of Peach (Prunus persica L.) Transcription Factor Genes, Gene-spesific Marker Design and Interspesific Transferability Analysesen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
CANSU YÜRÜKÇÜ.pdf
Boyut:
2.13 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Yüksek Lisans Tezi
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleskiyonu