Bazı tiyosemikarbazon türevlerinin moleküler yapılarının NMR spektroskopi tekniği ve DFT hesaplamalarıyla analizi ve seçilen proteinlerle moleküler kenetlenmelerinin incelenmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-6074-5720en_US
dc.contributor.advisorTürkkan, Ercan
dc.contributor.authorGümüş, Şehmus
dc.date.accessioned2023-01-19T13:27:56Z
dc.date.available2023-01-19T13:27:56Z
dc.date.issued2022en_US
dc.date.submitted2022
dc.departmentNEÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Nanobilim Nanomühendislik Anabilim Dalıen_US
dc.descriptionYüksek Lisans Tezien_US
dc.description.abstractBu tez çalışmasında, 2-hidroksi-5-metoksiasetofenon tiyosemikarbazon (HMAT), 2-hidroksi-5- metoksiasetofenon-N(4)-etil tiyosemikarbazon (HMAET), 2-hidroksi-5-metoksiasetefenon-N(4)-fenil tiyosemikarbazon (HMAPT), 4‟-Morfolinoasetofenon-4-fenil-3-tiyosemikarbazon (MAPPT) ve 4‟- Morfolinoasetofenon tiyosemikarbazon (MAPT) organik ligandların konformasyonel uzayları MMFF moleküler mekanik yöntemi ile taranmıştır. Bu tarama sonrasında her bir ligandın olası konformerlerinin geometri optimizasyonu hesaplamaları, Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisinde (DFT) B3LYP/6-311++G(d,p) seviyesinde yapılarak kararlı moleküler yapıları belirlenmiştir. İncelenen ligandların deneysel 1H ve 13C NMR spektrumları DMSO-d6 çözücüsü içerisinde oda sıcaklığında kaydedilmiştir. Bununla birlikte, incelenen ligandların 1H ve 13C teorik NMR kimyasal kayma değerleri, DFT‟de MPW1PW91/6-311+G(2d,p) seviyesinde yapılan hesaplamalar ve Lineer regresyon yöntemi (ölçeklendirme faktörü) hesaplamaları ile belirlenmiştir. Bu hesaplamalar sonucunda incelenen ligandların deneysel NMR spektrumları analiz edilmiştir. Bununla birlikte, incelenen tiyosemikarbazon türevi ligandların 1H ve 13C NMR kimyasal kayma değerlerinin teorik kuantum mekaniksel yöntemlerle ve lineer regresyon yöntemi ile hesaplanmasında kullanılabilecek parametreler belirlenmiştir. Ayrıca, incelenen ligandların Fosfolipaz A2 (PDB Kodu: 1DCY), İnsan P73 Tetramerizasyon Alanı (PDB Kodu: 2WTT), Sığır Serum Albümin (PDB Kodu: 4OR0), Topoizomeraz 2 (PDB Kodu: 5GWK) proteinleri ile teorik kenetlenme (docking) hesaplamaları yapılmış ve ilaç etken madde olma potansiyelleri araştırılmıştır. Bu hesaplamalar sonucunda, MAPPT ligandının 1DCY, 2WTT, 4OR0 ve 5GWK proteinleriyle sırasıyla -8.3, -6.9, - 9.4 ve -9.1 kcal/mol bağlanma affinitesi değerlerinde iyi düzeyde kenetlenme pozu oluşturduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlara göre, MAPPT ligandının ilaç etken madde olma potansiyeline sahip olduğu belirlenmiştir.en_US
dc.description.abstractIn this thesis study, the conformational spaces of the 2-hydroxy-5-methoxyacetophenone thiosemicarbazone (HMAT), 2-hydroxy-5-methoxyacetophenone-N(4)-ethyl thiosemicarbazone (HMAET), 2-hydroxy-5-methoxyacetephenon-N(4)-phenyl thiosemicarbazone (HMAPT), 4‟-Morfolinoacetophenone-4- phenyl-3-thiosemicarbazone (MAPPT) and 4‟-Morfolinoacetophenone thiosemicarbazone (MAPT) organic ligands were scanned by MMFF molecular mechanics method. After this scanning, the geometry optimization calculations of the possible conformers of each ligand were performed in the Density Functional Theory (DFT) at the B3LYP/6-311++G(d,p) level and their stable molecular structures were determined. Experimental 1H and 13C NMR spectra of the investigated ligands were recorded in DMSO-d6 solvent at room temperature. In addition, the theoretical NMR chemical shift values of 1H and 13C of the investigated ligands were determined by the calculations performed at the MPW1PW91/6-311+G(2d,p) level in DFT and the linear regression method (scaling factor) calculations. As a result of these calculations, the experimental NMR spectra of the investigated ligands were analyzed. In addition, the parameters that can be used in the calculation of the 1H and 13C NMR chemical shift values of the investigated thiosemicarbazone derivative ligands by theoretical quantum mechanical methods and linear regression method were determined. In addition, theoretical docking calculations of the investigated ligands with Phospholipase A2 (PDB ID: 1DCY), Human p73 Tetramerization Domain (PDB ID: 2WTT), Bovine Serum Albumin (PDB ID: 4OR0), Topoisomerase 2 (PDB ID: 5GWK) proteins were performed and their potential as drug active substances were investigated. As a result of these calculations, it was determined that the MAPPT ligand formed a good docking pose with 1DCY, 2WTT, 4OR0 and 5GWK proteins at binding affinity values of -8.3, -6.9, -9.4 and -9.1 kcal/mol, respectively. According to these results, it has been determined that the MAPPT ligand has the potential to be an active drug substance.en_US
dc.identifier.citationGümüş, Ş. (2022). Bazı tiyosemikarbazon türevlerinin moleküler yapılarının NMR spektroskopi tekniği ve DFT hesaplamalarıyla analizi ve seçilen proteinlerle moleküler kenetlenmelerinin incelenmesi. (Yayımlanmamış yüksek lisans tezi). Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Nanobilim ve Nanomühendislik Anabilim Dalı, Konya.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12452/9108
dc.language.isotren_US
dc.publisherNecmettin Erbakan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectYoğunluk fonksiyonelleri teorisi (DFT)en_US
dc.subjectLineer regresyon yöntemi (ölçeklendirme faktörü)en_US
dc.subjectMoleküler kenetlenme (docking)en_US
dc.subjectNMR spektroskopisien_US
dc.subjectTiyosemikarbazon türevlerien_US
dc.subjectDensity functional theory (DFT)en_US
dc.subjectLinear regression method (scaling factor)en_US
dc.subjectMolecular dockingen_US
dc.subjectNMR spectroscopyen_US
dc.subjectThiosemicarbazone derivativesen_US
dc.titleBazı tiyosemikarbazon türevlerinin moleküler yapılarının NMR spektroskopi tekniği ve DFT hesaplamalarıyla analizi ve seçilen proteinlerle moleküler kenetlenmelerinin incelenmesien_US
dc.title.alternativeAnalysis of the molecular structure of some thiosemicarbazone derivatives by NMR spectroscopy technique and DFT calculations and investigation of their molecular docking studies with the selected proteinsen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
ŞEHMUS GÜMÜŞ.pdf
Boyut:
8.97 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Yüksek Lisans Tezi
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleskiyonu