SOĞUK STRESİNİN DEREOTU (Anethum Graveolens L.) mRNA TRANSKRİPTOMUNA ETKİSİNİN BELİRLENMESİ

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0009-0001-9854-3331
dc.contributor.advisorUncu, Ali Tevfik
dc.contributor.authorSafran, Secde Nur
dc.date.accessioned2026-08-14T12:28:44Z
dc.date.available2026-08-14T12:28:44Z
dc.date.issued2026
dc.date.submitted2026
dc.departmentNEÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı
dc.descriptionYüksek Lisans Tez
dc.description.abstractDereotu (Anethum graveolens L.), Apiaceae familyasına ait önemli bir aromatik ve tıbbi bitki olup; gıda, kozmetik ve farmakoloji alanlarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Ekonomik ve farmakolojik açıdan önemli bir tür olmasına rağmen, dereotunun abiyotik stres koşullarına verdiği moleküler yanıtlar üzerine yapılan çalışmalar oldukça sınırlıdır. Özellikle soğuk stresine karşı gelişen fizyolojik ve genetik mekanizmaları yeterince araştırılmamış olup, dereotunda transkriptom düzeyinde gerçekleştirilen çalışmaların sayısı oldukça azdır. Bu nedenle, dereotu bitkisinde soğuk stresine bağlı transkriptomik değişimlerin belirlenmesi amacıyla mevcut araştırma gerçekleştirilmiştir. Bu kapsamda dereotu kısa okuma platformları kullanılarak sekanslanmış ve elde edilen transkriptom verileri biyoinformatik analizlerle değerlendirilmiştir. Deseq2 aracılığıyla diferansiyel ekspresyonu değişen genler tespit edilmiştir. Soğuk stres koşullarında farklı ifade edilen genlerin tanımlanması amacıyla BLAST analizleri uygulanmış, genlerin biyolojik süreçleri, moleküler fonksiyonları ve hücresel bileşenleri Gen Ontolojisi (GO) analizleri ile incelenmiştir. Ayrıca metabolik yollar ve stres yanıt mekanizmalarının belirlenmesi için KEGG yolak analizlerinden yararlanılmıştır. GMATA yazılımı kullanılarak transkriptom verilerinden basit tekrar dizileri (SSR) belirlenmiş ve SSR primer tasarımları gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçların, dereotunda soğuk strese karşı gelişen moleküler savunma mekanizmalarının anlaşılmasına, gelecekte abiyotik stres toleransına yönelik genetik, moleküler ve markör destekli ıslah çalışmalarına katkı sağlaması hedeflenmektedir.
dc.description.abstractDill (Anethum graveolens L.) is an important aromatic and medicinal plant belonging to the Apiaceae family, widely used in food, cosmetics, and pharmacology. Despite its economic and pharmacological importance, studies on the molecular responses of dill to abiotic stress conditions are quite limited. In particular, the physiological and genetic mechanisms that develop in response to cold stress have not been sufficiently investigated, and the number of studies conducted at the transcriptome level in dill is quite small. Therefore, this research was conducted to determine the transcriptomic changes in dill plants due to cold stress. In this context, dill was sequenced using short-read platforms, and the obtained transcriptome data were evaluated using bioinformatics analyses. Genes with altered differential expression were identified via Deseq2. BLAST analyses were applied to identify genes with differential expression under cold stress conditions, and the biological processes, molecular functions, and cellular components of the genes were examined using Gene Ontology (GO) analyses. Furthermore, KEGG pathway analyses were used to determine metabolic pathways and stress response mechanisms. Simple repeat sequences (SSRs) were identified from transcriptome data using GMATA software, and SSR primer designs were performed. The aim is for these results to contribute to understanding the molecular defense mechanisms that develop against cold stress in dill, and to future genetic, molecular, and marker-assisted breeding studies aimed at abiotic stress tolerance.
dc.identifier.citationSafran, S. N. (2026). Soğuk stresinin dereotu (anethum graveolens l.) Mrna transkriptomuna etkisinin belirlenmesi. (Yayınlanmamış yüksek lisans tezi). Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Konya.
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12452/20315
dc.language.isotr
dc.publisherNecmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectAbiyotik Stres
dc.subjectBiyoinformatik
dc.subjectDereotu
dc.subjectSoğuk Stresi
dc.subjectSSR
dc.subjectTranskriptom Analizi
dc.subjectAbiotic Stress
dc.subjectBionformatics
dc.subjectCold Stress
dc.subjectDill
dc.subjectSSR
dc.subjectTranscriptome Analysis
dc.titleSOĞUK STRESİNİN DEREOTU (Anethum Graveolens L.) mRNA TRANSKRİPTOMUNA ETKİSİNİN BELİRLENMESİ
dc.title.alternativeDETERMINATION OF THE EFFECT OF COLD STRESS ON DILL (Anethum graveolens L.) mRNA TRANSCRIPTOME
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
Secde Nur SAFRAN_YL_2026.pdf
Boyut:
1.59 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.17 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleskiyonu