Necmettin Erbakan Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Erbakan, Necmettin Erbakan Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve yayınların etkisini artırmak için telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Rat polikistik over sendromu modelinde TRPV1 ve TRPM2 iyon kanallarının ekspresyonunun ve metilasyonun rolü
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2026) Torunoğlu, Emine İncilay; Akdağ, Turan; Avcı, Bahattin
Polikistik over sendromu (PKOS), üreme çağındaki kadınlarda sık görülen, hiperandrojenizm, ovulatuar disfonksiyon ve polikistik over morfolojisi ile karakterize kompleks bir endokrin ve metabolik bozukluktur. Bu tez çalışmasının amacı, ratlarda oluşturulan PKOS modelinde Trpv1 ve Trpm2 iyon kanallarının gen ekspresyon düzeyleri ile promotör metilasyon durumlarını araştırmak ve PKOS tedavisinde yaygın olarak kullanılan metformin ile etinil östradiol/drospirenon (EE/DRSP) kombinasyonunun bu parametreler üzerindeki etkilerini değerlendirmektir. Çalışmada deney hayvanları kontrol, PKOS, metformin, EE/DRSP ve metformin+EE/DRSP olmak üzere farklı gruplara ayrılmıştır. PKOS modeli oluşturulduktan sonra serum hormon düzeyleri (FSH, LH, östradiol ve testosteron) belirlenmiş, kan ve over dokularından RNA ve DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Gen ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı PCR yöntemi ile analiz edilirken, DNA metilasyon durumları metilasyon spesifik PCR yöntemi ile değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, PKOS grubunda hormonal dengenin bozulduğunu ve over dokusunda morfolojik değişikliklerin meydana geldiğini göstermiştir. Ayrıca Trpv1 ve Trpm2 genlerinin ekspresyon düzeylerinde ve promotör metilasyon durumlarında önemli değişiklikler tespit edilmiştir. Uygulanan metformin ve EE/DRSP tedavilerinin hem gen ekspresyonu hem de metilasyon profilleri üzerinde düzenleyici etkiler gösterdiği belirlenmiştir. Özellikle kombine tedavi uygulamasının bazı parametrelerde daha belirgin iyileşme sağladığı gözlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma, Trpv1 ve Trpm2 iyon kanallarının PKOS patogenezinde rol oynayabileceğini ve epigenetik düzenlemeler ile ilişkili olabileceğini ortaya koymaktadır. Elde edilen bulgular, PKOS'un moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına katkı sağlamakta ve bu iyon kanallarının potansiyel terapötik hedefler olabileceğini düşündürmektedir.
Farklı ağız içi tarayıcılar ile alınan tek ve çift taraflı kapanış kaydının kayıt doğruluğuna etkisi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2026) Şeker, Yusuf Kamil; Büyükerkmen, Emine Begüm
Bu çalışmanın amacı, dört farklı ağız içi tarayıcı (Trios 3, Trios 5, Medit i700 ve Primescan) kullanılarak üç farklı kapanış kaydı stratejisi (Prep, Non-Prep ve Çift) ile elde edilen sanal interoklüzal kayıtların doğruluğunu, referans bir masaüstü laboratuvar tarayıcısından elde edilen verilerle karşılaştırarak üç boyutlu dijital analiz yöntemiyle değerlendirmektir. Ayrıca, ağız içi tarayıcı tipi ile kapanış kaydı stratejisi arasındaki olası etkileşimin ölçüm doğruluğu üzerindeki etkisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada, tipodont bir çene modeli üzerinde FDI 23, 25, 27, 33, 35 ve 37 numaralı dişler prepare edilmiş; 24, 26, 28, 34, 36 ve 38 numaralı diş bölgeleri ise dişsiz simüle edilmiştir. Referans veri, bir laboratuvar tarayıcısı kullanılarak elde edilmiştir. Aynı model, dört farklı ağız içi tarayıcı ile üretici talimatlarına uygun şekilde taranmış; her bir tarayıcı için üç farklı sanal kapanış kaydı stratejisi, her biri 15 tekrar olacak şekilde uygulanmıştır (n=15). Referans ve test verileri üç noktalı hizalama (3-point alignment) yöntemiyle çakıştırılmış ve üç boyutlu karşılaştırmalar sonucu kök ortalama kare (Root Mean Square, RMS) sapma değerleri hesaplanmıştır. Normal dağılıma uygunluk Shapiro Wilk testi ile incelendi. Ağız içi tarayıcı ve tarama yöntemine göre normal dağılıma uymayan değişkenlerin karşılaştırılmasında Robust ANOVA kullanıldı. Nicel verilerin gösteriminde Ortanca (Minimum-Maksimum) kullanıldı. Önem düzeyi p <0,05 olarak alındı. Bulgular: Elde edilen bulgulara göre, gerçeklik analizinde ağız içi tarayıcı tipi, kapanış kaydı stratejisi ve bu iki faktörün etkileşiminin RMS sapma değerleri üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etkisi bulunmamıştır (p>0,05). Hassasiyet analizinde ise tarayıcı tipi açısından istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmış (p<0,05) ve özellikle TRIOS 5 tarayıcısının diğer tarayıcılara kıyasla daha düşük ölçüm tekrarlanabilirliği gösterdiği belirlenmiştir. Buna karşın, kapanış kaydı stratejisinin ve tarayıcı–strateji etkileşiminin hassasiyet üzerinde anlamlı etkisi olmadığı görülmüştür (p>0,05). Sonuç: Sonuç olarak, değerlendirilen ağız içi tarayıcılar ve kapanış kaydı stratejileri sanal interoklüzal kayıtların doğruluğu açısından benzer performans sergilemekle birlikte, ölçüm hassasiyeti tarayıcı tipine bağlı olarak değişkenlik gösterebilmektedir. Klinik uygulamalarda, özellikle yüksek tekrarlanabilirlik gerektiren vakalarda tarayıcı seçiminin dikkatle yapılması önerilmektedir. Sanal interoklüzal kayıtların klinik güvenilirliğinin daha kapsamlı biçimde değerlendirilmesi için, farklı klinik senaryoları içeren ileri düzey in vivo çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Mikroçevre duyarlı G4 ligandlarının geliştirilmesi, kanser metabolizmasının ve immun tepkinin düzenlenmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Özsamur, Nezahat Gökçe; Erbaş Çakmak, Sündüs
G-kuadrupleks (G4) yapısı nükleik asitlerin guanince zengin bölgelerinde oluşan ve dizi içeriğine, uzunluğuna, monovalent katyona bağlı olarak farklı konformasyonlarda bulunan ikincil bir yapıdır. Gkuadrupleks yapısının kanser oluşumu ve gelişiminden sorumlu onkogen anlatımını ve telomeraz aktivitesini etkilemesi bu yapıları anti-tümör tedavi hedefi olarak bilim dünyasının ilgi odağı haline getirmiştir. G-kuadrupleks yapılarını kararlı hale getiren ligandların geliştirilmesi, yapı-aktivite ilişkilerinin çözümlenmesi ve hedef hücrede aktifleşerek seçici etkinlik gösteren ligandların terapötik potansiyellerinin değerlendirilmesi önemli bir çalışma alanı olmuştur. Bu tez çalışmasında seçici olarak G-kuadrupleks yapısına bağlanan, farklı yük ve konjugasyona sahip BODIPY temelli farklı G4 ligandı sentezlenmiş ve G4 seçicilikleri, stabilizasyonu karşılaştırılmıştır. Düzlemsel ligand yapısının ve yük sayısının G4 bağlanma ile korele olduğu, tasarlanan ligandlardan sırasıyla üç ve iki pozitif yüke sahip distiril yapıda olan piridinyum yapıda NGL-4 ve ammonyum yapıda NGL-8 ligandlarının daha iyi stabilizasyon sağladığı tespit edilmiş olup bu ligandların G4 oluşturan DNA oligomerlerinin Tm derecesinde 26 oC’ye varan artmaya sebep olduğu gözlenmiştir. G4-spesifik antikorlarla yapılan floresan mikroskop ve akış sitometri analizler NGL-4 ligandının B16-F10 fare melanom hücresinde G4 katlanmasını yaklaşık 3 kat artırdığını göstermektedir. Tümör mikroçevresi makrofaj (RAW 264.7) ve Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonu kokültürleri ve bakteri quorum sensing (çoğunluk algısı) sinyal bileşikleri açil homoserin lakton (AHL) kullanılarak taklit edildiğinde immün tepkinin farklı düzenlenebildiği tespit edildi. NGL-5 ligandının yapısında yer alan nitrobenzil biriminin kanser mikroçevresi ile ilişkili hipoksi ortamında indirgenmesi ile aktifleşebilecek şekilde tasarlanmıştır. Ayrıca yapısında yer alan iyot ağır atomu sayesinde singlet oksijen üreterek G4 oksidasyonu yapabilecek olup bu sayede fotodinamik etki ile G4 stabilizasyonunun sinerjik etkisinden faydalanılmak istenmiştir. Nitroredüktaz enzimi ile aktifleşebildiği belirlenen ligandın, ışık, karanlık, hipoksi ve normoksi mikroçevrelerinde anlamlı şekilde guanin oksidasyonunu artırdığı, hücre göçünü yavaşlattığı, ışıklı ve hipoksik mikroçevrede sitotoksisitesinin daha fazla olduğu tespit edilmiştir. Floresan mikroskobu ile yapılan analizlerde NGL-8 ligandının asetillenmesi ile elde edilen yüksüz NGL-7 ligandının hücre penetrasyonunun 2 kat fazla olduğu ve çekirdekte lokalize olduğu anlaşılmıştır. Bu ligandın histon deasetilaz 2 ve 6 enzimlerinin fazla ekprese edildiği mikrosatelit kararsız kolon kanseri hücrelerinde hücre proliferasyonunu %73 oranında baskıladığı gözlemlenmiştir. G4 ligandlarının tümör proliferasyon, metastazı, immün düzenlenme ve inflamasyon üzerindeki etkisi çeşitli kanser hücreleri üzerinde araştırılmıştır. Ligandların promotöründe G4 yapısı bulunan onkogenlerin (HIF-1α, BCL-2, cMYC, VEGFA, TERT) anlatımını transkripsiyonel olarak baskıladığı belirlenmiştir. İmmün sistemin düzenlenmesinde sorumlu sitokinler, kemokinler, düzenleyici proteinlerin gen anlatımını baskıladığı v gösterilmiştir. Bu tez çalışması ile G4 ligandlarının immün sistem üzerindeki transkripsiyonel etkisi araştırılmış ve potansiyel terapötik etkisi tartışılmıştır.
Vimentin proteolitik yıkımını sağlayan anti-metastatik terapötik ajanların geliştirilmesi
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Olgun, Hacer; Erbaş Çakmak, Sündüs
Vimentin, hücre entegrasyonunu sağlayan, hücreyi mekanik strese karşı koruyan ve hücrede daima bulunan ana hücre iskeleti bileşenlerinden biridir. Aynı zamanda meme, epitel, prostat, melanom gibi çeşitli kanser hücrelerinde anlatımı artan, kanserin ilerlemesi, metastaz yapması süreçlerinde etkin rol oynayan bir Epitel-Mezenkimal Geçiş (EMT) protein belirtecidir. Bu protein, hücrelerin daha hareketli olmasına, hücrelerin doku ve organlardan uzaklaşarak vücutta yayılmasına sebep olur. Ayrıca, kanser hücrelerinin invazyon kabiliyetini artırarak tümörlerin daha agresif bir şekilde ilerlemesine neden olur. Vimentini hedef alan terapötik yaklaşımların antikanser ve anti-metastatik potansiyeli bulunmaktadır ve proje kapsamında vimentin hedefleyen yeni nesil molekülün anti-kanser ve anti-metstatatik etkisi incelenmiştir. Bu tezde, epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ile doğrudan ilişkili olan ve kanser metastazının oluşumunda önemli bir rol oynayan hücre ara filamenti vimentin proteininin, PROTAC (Proteoliz Hedefli Kimera) teknolojisi kullanılarak hedeflenmesi FiVe1 vimentin bağlayıcı modül ve CRBN sereblon bağlayıcı modüller ile incelenmiştir. PROTAC yaklaşımı iki başlı moleküller aracılığıyla hedef proteinlerin ubikitinleme yapan enzimlere yakınlıştırılarak ubikitinlemeye bağlı degredasyonunun hızlandırılması prensibine dayanır. VİM1 adı verilen PROTAC bileşiği başarıyla sentezlenmiş ve Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) ve yüksek çözünürlüklü kütle (QTOF-LC/MS) analizleri ile karakterize edilmiştir. Yalnızca vimentin bağlanan birim (9) ve VİM1 PROTAC’i ile insan sağlıklı umblikal ven endotel hücreleri (HUVEC), insan akciğer kanseri hücreleri (A549), insan meme kanseri hücreleri (MCF7 ve MDA-MB231) ile yapılan analizlerde bileşiklerin 32 µM derişime kadar toksik etki göstermediği saptanmıştır. Diğer taraftan 9 no’lu bileşik mikrosatalit kararsız kolon kanseri (HCT-116) hücrelerinde 64 µM dozda yaklaşık 50% hücre ölümüne sebep olmuştur. Bileşiklerin uygulandığı MDA-MB-231 metastatik hücrelerde vimentin protein seviyesi incelendiğinde herhangi anlamlı değişim saptanmamıştır. Aynı hücrelerle 2D yara iyileşme deneyleri ile hücre göçü değerlendirildiğinde PROTAC bileşiğinin herhangi anti-metastatik etkisinin olmadığı değerlendirilmiştir. Bu bulgular çerçevesinde AutoDock Vina algoritması kullanılarak gerçekleştirilen moleküler kenetleme analizlerinde PROTAC bileşiğinin CRBN modülünü de kullanarak vimentin bileşiğinine bağlanabileceği anlaşılmıştır. Bu durumda sereblon proteinine bağlanamıyor olmasının protein yıkımını gerçekleştirmesine engel teşkil ettiği ve anti-metastatik etki gösteremediği değerlendirilmiştir. Tez çalışması kapsamında yapılan araştırmalar, vimentin hedefleyen PROTAC bileşiklerinde sereblon hedefli CRBN biriminin kullanılmamaısının daha uygun olduğunu göstermektedir. Bu bilgi gelecek PROTAC tasarımlarına ışık tutacaktır.
Pirina nano-biyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerin toprağın fiziko-kimyasal ve biyolojik özelliklerine etkileri
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2026) Boubakeur, Hala; Erci, Fatih
Toprak kalitesininin korunması ve iyileştirilmesi, sürdürülebilir tarımsal üretimin devamlılığı açısından temel bir gerekliliktir. Ancak yoğun tarımsal uygulamalar, organik madde kaybı, su yetersizliği ve toprak yapısındaki bozulumlar, toprakların fiziksel, kimyasal ve biyolojik işlevlerini olumsuz yönde etkilemektedir. Bu çalışmada, nano-biyokömür (NBC) takviyeli karboksimetil selüloz (CMC) hidrojel kompozit sistemlerinin toprak iyileştirme ve tarımsal verimlilik üzerindeki etkilerini kapsamlı bir şekilde değerlendirmek amaçlandı. Bu tez çalışması kapsamında, ilk olarak biyokömür sentezi gerçekleştirilmiş, ardından bilyeli öğütme (ball milling) yöntemiyle nano-biyokömür elde edilmiştir. Üretilen materyallerin yapısal, morfolojik ve yüzey özellikleri XRD, FTIR ve FESEM analizleri ile karakterize edilmiştir. Karakterizasyon aşamasının ardından, nanobiyokömür takviyeli CMC hidrojel kompozitlerinin toprağın fizikokimyasal ve biyolojik özellikleri üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla kontrollü laboratuvar koşullarında, her biri ayrı saksılarda yürütülen bir inkübasyon deneyi tasarlanmıştır. Deneysel tasarım kapsamında topraklara Kontrol (K), Biyokömür (BK), Nanobiyokömür (NBK), Karboksi Metil Selüloz Polimeri (CMC) ve CMC/NBK Hidrojel Kompoziti olmak üzere 5 farklı materyal; %0, %0,5, %1, %2 ve %4 olmak üzere 5 farklı dozda ve 4 tekerrürlü olarak uygulanmıştır. Uygulama yapılan toprak örnekleri 30, 60 ve 90 günlük üç farklı inkübasyon periyoduna tabi tutularak, zamana bağlı değişimler detaylıca analiz edilmiştir. Elde edilen bulgular, geleneksel toprak iyileştirme yöntemlerine alternatif olarak nanoteknolojik ve çevre dostu yaklaşımların tarımsal sürdürülebilirlikteki, su tutma ve gübre kullanım verimliliğindeki potansiyelini ortaya koymakta ve gelecekteki akademik çalışmalar ile saha uygulamaları için güçlü bir bilimsel temel oluşturmaktadır.
