Necmettin Erbakan Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Erbakan, Necmettin Erbakan Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve yayınların etkisini artırmak için telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Nakşî Ali Akkirmânî'nin Gavriyye'si (inceleme-metin)
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2025) Öztürk, Mahmut; Atik, Hikmet
Bu çalışmada 17. Yüzyılda Osmanlı coğrafyasında yaşamış mutasavvıf bir şair aynı zamanda Halveti şeyhi olan Nakşî Ali Akkirmânî'nin hayatı, eserleri, edebî kişiliği ve Gavriyye isimli mesnevisi incelenmiştir. Gavriyye, Kur'ân ayetlerinin sûfiler tarafından, marifet adını verdikleri ve manevi tecrübelere dayandırdıkları bilgiye dayalı olarak yorumlama mahiyetiyle kaleme alınan hacimli bir mesnevidir. Nakşî, yaşadığı dönemde özellikle tasavvufî içerikli şiirlerini, halkın anlayabileceği bir şekilde süslü ve sanatlı söyleyişlerden uzak sade ve akıcı bir üslupla kaleme almıştır. Kendine özgü sade ve didaktik üslubuyla halkı tasavvuf yoluyla bilgilendirerek onları eğitme yoluna giden Nakşî, dünya hayatının geçiciliğine vurgu yaparak ebedî mutluluğun nasıl elde edilebileceğinin yollarını eserinde öğretmeye çalışmıştır. Çalışmanın giriş bölümünde Akkirmânî'nin yaşadığı dönemin sosyal, siyasi ve edebî durumu hakkında bilgi verilmiştir. Birinci bölümde müellifimizin hayatı, edebî şahsiyeti ve eserleri aktarılmış; ikinci bölümde Gavriyye'nin tanıtımı ve biçim özellikleri açısından incelenmesi yapılmıştır. Üçüncü bölümde eserin transkripsiyonlu metni bulunmaktadır. Çalışmanın sonunda ise sonuç bölümü ve çalışma hakkında genel bir değerlendirme yer almaktadır. Hazırlanan bu doktora teziyle Nakşî'nin Gavriyye mesnevisinin tespit ettiğimiz 16 nüshasından hareketle 5 tanesini esas alarak bir tenkitli metnini ortaya koyduk. Şiirlerinden hareketle de dinî ve tasavvufî yönünü ortaya çıkarmaya çalıştık.
E-ticarette iptal ve iadelerin müşteri yaşam değeri ve satın alma süreci üzerinde etkileri
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2025) Özbek, Melih; Cici Karaboğa, Emine Nihan
Bu çalışma, günümüz ticaret anlayışında hızla büyüyen ve dönüşen e-ticaret sektöründe, taraflar arasındaki hukuki ilişkilerin daha etkin ve adil bir biçimde yürütülmesine, ticari boyutlarının taraflara olan etkenleri geliştirme amacıyla hazırlanmıştır. E-ticaret kapsamında gerçekleşen işlemlerin hukuki boyutları, tarafların hak ve yükümlülükleri ile karşılaştıkları sorunları kapsamlı biçimde ele alınmıştır. Bu süreçler içerisinde finansal, müşteri değerleri ve satın alma süreçleri açısından değerlendirilme yapılmıştır. Çalışmanın odak noktası, e-ticaret işlemlerinde en sık karşılaşan uyuşmazlık alanlarından biri olan sipariş iptali ve ürün iadesi süreçleridir. İlgili süreçlerde ortaya çıkan hukuki ve ticari problemler analiz edilerek, bu durumların taraflar üzerindeki etkileri incelenmiştir. Özellikle, iptal ve iade mekanizmalarının suistimale açık yönleri ve taraflar arasında ortaya çıkabilecek dengesizlikler tespit edilmiş; bu çerçevede tarafların korunmasına yönelik hukuki düzenlemeler ile sözleşmesel önlemlerde değerlendirilmeye alınmıştır. Ticaretin tamamlanmasının ardından başlayan süreçler, işletmeler ve tüketiciler açısından ayrı başlıklar altında analiz edilmiştir. Mevcut sözleşme hükümleri doğrultusunda tarafların maruz kaldığı olumsuzluklar incelenmiş. Olumsuzlukların iptal ve iade süreçlerinin işletmeler üzerindeki finansal etkileri, müşteri yaşam boyu değeri ve satın alma süreçlerindeki yansımaları da detaylı biçimde değerlendirilerek günümüzün ticaret anlayışında büyük rol alan B2C e-ticaret alanında tarafların yaşadığı sorunlar ele alınmıştır.
Glioblastoma hücrelerinde sinir büyüme faktörünün PAK4 regülasyonu üzerindeki etkisinin araştırılması
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Çelik, Sultan; Pehlivanoğlu, Suray
Glioblastoma Multiforme (GBM) malignitesi yüksek ve kötü prognoz gösteren beyin tümörüdür. Tümör, beyin dokusunun glial hücrelerinden köken alır ve hızlı bir şekilde gelişip yayılabilir. GBM gelişiminde birçok büyüme faktörü rol oynamaktadır. Bunlar arasında sinir büyüme faktörü (NGF), hem periferik hem de merkezi sinir sisteminde hücre büyümesi, gelişmesi, hayatta kalması ve farklılaşması için gereklidir. NGF, hücrelerde TrkA ve p75NTR reseptörleri ile etkileşime girerek hücre içi sinyalizasyonunu başlatır ve nöroprotektif etkilere neden olur. GBM hücreleri düşük glikoz varlığında NGF üretimini artırarak sağkalımlarını destekler. p21 aktive kinaz (PAK)’lar hücre döngüsünün düzenlenmesi, hücre hareketliliği ve apoptoz gibi hücresel süreçlerde rol oynayan ve 6 üyeden oluşan (PAK1-6) bir enzim ailesidir. Günümüzde, GBM ile ilişkili olarak özellikle PAK4’ün anormal şekilde aktive olması sonucunda hücre proliferasyonunu ve kanser gelişimini destekleyebildiği gösterilmiştir. Ayrıca, GBM hücrelerinin göç ve invazyon yeteneklerini arttırarak tümörün çevre dokulara yayılmasına yardımcı olmaktadır. Bu bağlamda çalışmamızda, NGF-aracılı GBM gelişiminde PAK4’ün olası katkısının ortaya konması amaçlanmıştır. Tez çalışmamızda, GBM hücre hattı olan U-87 MG hücrelerinin farklı glikoz konsantrasyonlarındaki NGF üretim düzeyi belirlendi. Hücreler NGF ile uyarılarak ve beraberinde PI3K inhibitörü (LY294002), MEK inhibitörü (PD0325901), bir flavonoid olan Apigenin ve PAK4 inhibitörü (PF3758309) ile muamele edilerek oluşturulan deney setinde AKT, ERK ve PAK4 sinyal yolaklarının aktivasyon durumları belirlendi. Ayrıca, NGF stimülasyonu ve PAK4 inhibitörü varlığında PAK4 aktivasyon durumu ile ilişkili olarak, hücrelerin sağkalım, proliferasyon, koloni ve 3D sferoid oluşturma, ayrıca hücre migrasyon kabiliyetleri, epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) sürecinin belirteçleri olan E-kadherin, Twist ve Vimentin’in ifade düzeyleri belirlendi. Elde edilen sonuçlara göre, artan glikoz konsantrasyonu hücre canlılığını artırdı, ancak düşük glikoz konsantrasyonu NGF üretimini artırdı. NGF, PAK4’ün fosforilasyon ve aktivasyon düzeyini artırırken, PF3758309 ajanı anlamlı bir şekilde bu etkiyi baskıladı. PAK4 inhibisyonu, NGF uyarımına rağmen hücrelerde, AKT ve ERK sinyal yolaklarını blokladı, hücre canlılığını, migrasyonunu, koloni oluşturma kabiliyetini ve EMT sürecini baskıladı. Dikkat çekici bir şekilde NGF uyarımı ile PAK4 aktivasyonu 3D in vitro oluşturulan sferoidin dağılmasını kolaylaştırdı. PAK4 inhibe edildiğinde ise söz konusu sferoidin yapı bütünlüğüne katkı sağladığı, ancak kontrole göre büyümediği saptandı. Sonuç olarak, PAK4’ün NGF-aracılı GBM gelişiminde moleküler düzeyde önemli roller oynadığı ve GBM tedavisine yönelik olarak NGF-PAK4 aksisinin terapötik hedef olarak ele alınabileceği söylenebilir.
Development of protein degraders and probes targeting drug resistant cancer cells
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Şahin, Emin; Erbaş Çakmak, Sündüs
Drug resistance can be defined as a phenomenon in which drug efficacy is decreased or the drug is tolerated by the patient which requires either the use of increasing amount of the same drug or change of the drug. Therapeutic or diagnostic approaches targeting and discriminating against drug resistant cancer are of great importance. In this thesis, this challenge is addressed by the development of information processing, ratiometric fluorescent sensors responsive to cellular environmental parameters. Pyridinium BODIPY-based enzyme probes that are sensitive to only carboxylesterase or both carboxylesterase and nitroreductase enzymes were designed. Sensors are shown to display significant anti-Stokes shift upon conversion by the enzymes and can display distinct fluorescent output under different cellular states (i.e. hypoxic cancer microenvironment, sorafenib resistant state). This thesis also involves the research based on the development of novel targeted protein degradation chimera (PROTAC) against previously untargeted proteins Aldehyde dehydrogenase 1 (ALDH1), carboxylesterase (CE) and ABC Transporter Targeted proteins all of which are known to be involved in drug metabolization and/or resistance through either leading to chemical conversion of the drugs (carboxylesterases, ALDH1, nitroreductase), drug efflux (ABC Transporter) or inefficient treatment as a result of cancer stem cells mediated relapse of cancer after treatment. Efficient synthesis of the PROTACs is achieved as a part of the thesis and the initial data from the cell culture studies were collected.
Farklı azot kaynakları kullanılarak çoğaltılan cereibacter sphaeroides O.U.001'in RNA-seq bazlı transkriptom profili
(Necmettin Erbakan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Baştutan, Merve; Kars, Gökhan
Fotosentetik bakteri grubunda yer alan ve mor kükürt içermeyen (PNS) gram negatif bir bakteri olan Cereibacter sphaeroides O.U.001 (Rhodobacter sphaeroides O.U.001) çeşitli fizyolojik şartlarda yaşamını devam ettirebilir. Genellikle göllerde ve sulak alanlarda bulunan bu bakteri hidrojen (H2), B12 vitamini, koenzim Q10, poli-β-hidroksibutirat (PHB) üretimi ve azot (N2) fiksasyonu gibi çok yönlü metabolizmaya sahiptir. Atmosferin çoğunu oluşturan N2 gazı birçok organizma tarafından doğrudan kullanılamaz. Diazotroflarda bulunan nitrojenaz enzimi ATP kullanarak N2’nin erişebilir olan amonyağa (NH3) indirgemesini katalizler. Canlılarda molibden (Mo), vanadyum (V) ve sadece demir (Fe) içeren nitrojenaz olmak üzere üç çeşit nitrojenaz enzimi mevcuttur. Bu çalışmanın amacı, C. sphaeroides’in diazotrofik koşullar altındaki transkriptomik profilini analiz ederek, gen ekspresyon düzeylerindeki farklılıkların karşılaştırmalı olarak belirlenmesidir. Bu kapsamda üç farklı azot kaynağı (glutamat, N2 ve NH4) içeren besiyerlerinde çoğaltılan C. sphaeroides’ten RNA izolasyonu yapılarak RNA-seq tabanlı karşılaştırmalı transkriptom analizleri yapıldı. Transkriptomik analiz sırasında her bir transkript üzerindeki okuma sayıları ve ardından ilgili transkriptin uzunluğuna göre normalize edilerek “Reads Per Kilobase” (RPK) değerleri elde edildi. Bu değerler ardından toplam okuma sayısına göre tekrar normalize edilerek “Transcripts Per Million” (TPM) değerleri çıkarıldı. Çalışma kapsamında istatiksel olarak anlamlı sonuçlar elde etmek için 3 farklı grup içinde 9 farklı numunenin RNA dizilemesi gerçekleştirildi. Numuneler arasında gen ekspresyon analizine yönelik profil benzerliklerin anlaşılması için temel bileşen analizi (Principal Component Analysis, PCA) ve örnekler arasında en fazla varyasyon gösteren genlerin ekspresyon profillerini göstermek için ısı grafiği (heatmap) oluşturuldu. Normalize edilmiş okuma sayıları üzerinden, deney grupları arasındaki istatistiksel olarak anlamlı ekspresyon değişikliklerini tespit etmek için üç ayrı test grubu için diferansiyel ekspresyon analizi yapılmıştır. Her bir test grubu için tüm genlerin logFC ve “False Discovery Rate” (FDR) değerlerine göre dağılımları volkan gösterimi ile görselleştirildi. Son analiz olarak en düşük FDR değerine sahip genlerden normalize edilmiş okuma değerlerine göre kutu dağılım grafikleri gösterildi. Ayrıca transkriptomik analizi desteklemesi adına bu üç farklı koşulda çoğaltılan C. sphaeroides’teki nifH gen ekspresyon seviyesi qPCR ile tespit edildi. qPCR sonuçlarına göre nifH geninin ekspresyonu glutamat koşuluna kıyasla N2 koşulunda 1.5 kat bir artış, glutamat koşuluna kıyasla NH4 koşulunda 0.01 kat artış ve NH4 koşuluna kıyasla N2 koşulunda 150 kat bir artış elde edildi. Transkriptomik ve qPCR sonuçlarına göre özellikle azot fiksasyonundan sorumlu genlerin N2 fiksasyon koşulunda aşırı ifadesi meydana gelirken NH4 koşulunda ise bu genlerde baskılanma meydana geldiği tespit edildi.
