Makale Koleksiyonu

Bu koleksiyon için kalıcı URI

https://hdl.handle.net/20.500.12452/3328

Listeleniyor 1 - 8 / 8

Türkiye’de bulunan bazı sığır ırklarının DGAT1 ve PRNP gen polimorfizminin araştırılması
(2017) Şahin, İclal; Bulut, Zafer; Kurar, Ercan; Özşensoy, Yusuf; Doğan, Müge; Nizamlıoğlu, Mehmet
Amaç: Sunulan çalışmada, Türkiye yerli sığır ırklarında DGAT1 geni K232A ile PRNP geni promotor ve intron 1 bölgelerinde indel polimorfizmleri araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmada materyal olarak, Boz Irk (BI), Yerli Kara (YK), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK), Güney Doğu Anadolu Kırmızısı (GAK) ve Zavot ırklarından olmak üzere toplam 122 kan örneği kullanıldı. Örnekler üzerinde DGAT1 geni K232A polimorfizmi Polimeraz Zincir Reaksiyonu- Parça Uzunluk Polimorfizmi (PZR-RFLP) tekniği kullanılarak ve PRNP geninin promotor bölgesi (23 bç indel) ile intron 1 bölgesi (12 bç indel) insersiyon-delesyon (indel) polimorfizmi PZR tekniği kullanılarak belirlendi. Bulgular: DGAT1 geninde A allelin en yüksek sıklığı YK (0,58) daha sonra GAK ve Zavot'da (0.50), en düşük sıklığı ise BI ve DAK'da (0.38) gözlendi. PRNP promotor ve intron 1 indel polimorfizmi için yapılan genotiplemede; promotor bölgesi en yüksek del/del genotipi sıklığı DAK ve GAK (sırası ile 0.53-0.52), en düşük BI ve Zavot (sırası ile 0.19 ve 0.17) ırklarında, intron 1 bölgesi del/del genotipi en yüksek sıklığı ise BI ve GAK (sırası ile 0.25-0.13), daha sonra YK (0.08) en düşük sıklığı DAK ve Zavot (0.05)'da görüldü.Öneri: BI, YK, DAK, GAK ve Zavot ırklarında yürütülen bu çalışma ile elde edilen verilerin, bu sığır ırklarında süt özelliği ile DGAT1 ve PRNP gen polimorfizmi arasındaki korelasyon ile ilgili çalışmalarda yararlı olacağı, hayvan yetiştiriciliği ve ıslah çalış- malarında süt verimi yönünden seleksiyona katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
MikroRNA Biyogenezi
(2015) Hitit, Mustafa; Kurar, Ercan; Güzeloğlu, Aydın
Öz: MikroRNAlar (miRNA) kodlama yapmayan 21-24 nükleotid uzunluğunda RNA molekülleridir. Genel olarak translasyonun baskılanmasına veya mRNAnın yıkımlanmasına neden olurlar. MikroRNA ilk keşfedildiğinde solucanlarda olağandışı spesifik gen ekspresyon mekanizması olarak düşünülmesine rağmen, artık günümüzde ökaryotlarda önemli gen ekspresyon düzenleyicisi olarak kabul edilmektedir. MikroRNA biyogenezi çekirdekte RNA polimeraz II aracılığında transkripsiyon ile başlar ve hairpin yapısında olgun miRNA dizisini içeren uzun miRNA (pri-miRNA)dan oluşur. Hairpin yapısı Drosha (RNAaz III enzimi) ve kofaktörü DiGeorge kritik sendrom bölgesi 8 (DGCR8)den oluşan mikroprosesör tarafından kesilir. Oluşan prekürsör miRNA (pre-miRNA) nükleustan Exportin-5 ile sitoplazmaya taşınır ve diğer RNAaz III enzimi olan Dicer tarafından 21-24 nükleotid uzunluğundaki dubleks miRNAya kesilir. Olgun diziye kesilecek olan iplik miRNA, RNA indüklenmiş susturma kompleksinde (RISC) Argonautea yüklenir. MikroRNAnın 2-8 nükleotidlik çekirdek dizisi hedef mRNA ile tam olarak eşlendiğinde mRNAnın destabilizasyonu sağlanır. Ancak tam olarak eşlenmediği zaman translasyonal baskılanmaya neden olur. MikroRNAların gelişim, farklılaşma ve diğer fizyolojik fonksiyonlarda önemli rol aldığı gösterilmesine rağmen, düzensiz ifadesi durumunda farklı patolojik olaylar ile ilişkilendirilmiştir. MikroRNA biyogenezinin farklı fizyolojik süreçlerde ve hastalıklarda epigenetik etkisinin moleküler düzeyde anlaşılmasının potansiyel önemi bulunmaktadır.
Endoplazmik Retikulum Stresinin Tümör Sürecindeki Rolü ve Antikanser Uygulamaları
(2016) Çetinkaya, Sümeyra; Çınar, İlknur; Gül Dursun, Hatice
Katlanmamış ya da yanlış katlanmış proteinlerin birikimi sonucu ortaya çıkan Endoplazmik retikulum stresi, kanser hücre çoğalması ve sağkalımı üzerinde büyük bir etkiye sahiptir. Tümör hücreleri büyümek için etraflarında hipoksik bir çevreye ihtiyaç duyarlar ve katlanmamış protein yanıtı 'nın uyarılması bu yanıtta kilit bir rol oynar. Kanserin stresli bir mikroçevrede oluşması ve ilerlemesi sonucunda ortaya çıkan onkogenik transformasyon süresince hücrelerin sağkalım stratejisi olarak katlanmamış protein yanıtını aktive edebildiği çeşitli çalışmalarla gösterilmiştir. Son zamanlarda katlanmamış protein yanıtı sinyal moleküllerinin kanser gelişimi boyunca fonksiyonlarının belirlenmesi için çalışmalar yürütülmektedir. Elde edilen verilerle, çeşitli onkogen ve tümör baskılayıcı genlerin katlanmamış protein yanıtı ile ilişkisi ortaya çıkmaya devam etmektedir. Bu sinyal yolaklarının birbirlerini etkileyip etkilemediklerini anlamamıza fayda sağlayacak detaylı çalışmalar, katlanmamış protein yanıtı ve kanser mekanizmasının açığa çıkmasında oldukça önemlidir. Bu derlemede katlanmamış protein yanıtı aktivasyonunun hem tümörü destekleyen hem de tümörü baskılayan rollerini anlamamıza ışık tutacak bilgilerin yanında kanser tedavisi için katlanmamış protein yanıtını hedefleyen yeni stratejilerin neler olduğu tartışılacaktır.
Endoplazmik Retikulum Stresinde Hücre Sağkalım ve Ölüm Kararı
(2016) Çetinkaya, Sümeyra; Dursun, Hatice Gül
Endoplazmik Retikulum (ER) 'un fonksiyonları protein ve lipid biyosentezi, protein katlanması ve trafiği, kalsiyum homeostazı ve çeşitli diğer yaşamsal süreçlerdir. ER 'de yanlış katlanmış ya da katlanmamış proteinlerin birikimi ER homeostazında değişikliklere yol açar. ER fonksiyonlarını hasara uğratan hücresel durumlar olduğunda, ER stresi meydana gelir ve sonuç olarak katlanmamış protein yanıtı (UPR) olarak isimlendirilen bir yolak aktive olur. UPR sinyal yolağı ER şaperonlarının miktarını artırır ve protein translasyonunu düzenler. UPR iki zıt fonksiyona sahiptir: ilki ER homeostazını yeniden sağlamak ve ikincisi apoptozisin ya da otofajinin uyarılmasını içeren adaptif mekanizmalar geliştirmek. UPR stres koşullarının üstesinden gelemezse, üçüncü bir yol olarak hücrenin sağkalımı ve büyümesine de izin verebilir. Sonuç olarak, metabolik hastalıklar, nörodejeneratif hastalıklar, inflamatuar hastalıklar ve kanser meydana gelebilir
Colorectal Cancer Risk in Relation to Hypoxia Inducible Factor-1 (Hif-1) and Von Hippel-Lindau (VHL) Gene Polymorphisms
(2017) Demirel, H. Saygın; Taşdemir, Pelin; Çetinkaya, Sümeyra; Çınar, İlknur; Küçükkartallar, Tevfik; Dursun, Gül
Colorectal cancers (CRC) are among the four most frequently seen cancers in humans and are the second leading cause of cancer-related deaths. Hypoxia up regulates multiple genes involved in different steps of metastatic process, including angiogenesis, proliferation, migration, invasion, motility, adhesion and survival. Hypoxia Inducible Factor 1 (HIF-1) is a master regulator protein of cellular hypoxia-response and triggers the expression of above-mentioned metastatic-process genes. Von Hippel Lindau (VHL) is a protein that plays critical role in the response to hypoxia and product of a tumor suppressor gene. We studied three single nu-cleotide polymorphisms, rs11549465, rs11549467 in HIF-1 and rs779805 in VHL, and assessed their associations with CRC risk, clinicopathologic and demographic features and lifestyle, and tumor stage and grade of CRC patients and/or healthy controls. ARMS-PCR technique for genotyping of rs11549465 C T and rs11549467 GA and PCR-RFLP technique for genotyping of rs779805 AG were used. CT/TT genotypes of HIF-1 1772C T polymorphism were found to increase the risk of colorectal cancer in patients. Additionally, it was demon-strated via statistical analyses that higher age, male gender, cancer history in family, co-existing diseases, and exposure to white soil stands to be risk factors of colorectal cancer. No significant relation was found between patient’s TNM stages and distributions of genotype. The findings from our study demonstrates that, in addition to risk factors for colorectal can-cer, scanning CT/TT genotypes of HIF-1 C1772T polymorphism can be advantageous in early-diagnosis of colorectal cancer.
miRNA Biyogenezi ve Kanser Patogenezindeki Fonksiyonu
(2016) Çınar, İlknur; Dursun, Hatice Gül
Amaç: Küçük kodlamayan RNA molekülleri olan miRNA'lar, yaklaşık 22 nükleotit uzunluğundadırlar. Gen ifadesinin transkripsiyonel ve post-transkripsiyonel düzenlenmesinde fonksiyon gösteren bu moleküller gelişimsel zamanlama, embriyogenez, hücre farklılaşması, organogenez, metabolizma, apoptozis gibi biyolojik süreçlerde ve kanserin de yer aldığı birçok hastalıkta önemli rol oynamaktadır. Kanser gibi proliferatif hastalıkların oluşumunda miRNA disregülasyonunun katkısı olabileceği düşünülmektedir. miRNA'lar hedef genlerinin tümör oluşumundaki rollerine dayanılarak onkogenik ya da tümör baskılayıcı miRNA'lar olarak isimlendirilebilir. Kanserin teşhisine yardımcı olan kan temelli tümör marker'larının özellikle tümör evrelerinin belirlenmesinde düşük duyarlılık gösterdiği bilinmektedir. Düzenleyici mRNA ekspresyon profillerinin aksine, doku miRNA marker'ları kanserin belirlenmesi ve evrelendirilmesinde daha güvenilir olduğu görülmektedir. Bu nedenle dolaşımdaki miRNA'lar kanserin tanı ve prognozu için ideal bir biomarker sınıfı olarak öne çıkmaktadır. ( Sakarya Tıp Dergisi 2016, 6(2):86-93 )
Kolorektal Kanserli Hastalarda DNMT3B Gen Polimorfizm Sıklığı
(2015) Taşdemir, Pelin; Dursun, Hatice Gül; Küçükkartallar, Tevfik; Zamani, Ayşe Gül
Amaç: Kolorektal kanser (KRK) genetik ve çevresel faktörlere bağlı olarak gelişebilen, dünyada en fazla karşılaşılan gastrointestinal tümörlerden biridir. Sigara, alkol, sağlıklı olmayan beslenme biçimi, kanserojenik ajanlara maruz kalma, düşük methionin ve folat alımı gibi nedenlerle kolorektal kanser gelişebilir. DNA metilasyonu, CpG dinükleotidinde yer alan sitozinin 5' bölgesine bir metil grubu eklenmesiyle oluşan bir epigenetik modifikasyondur. DNA hipometilasyonu onkogenleri aktive eder ve kromozom yapısının kararlılığını yitirmesine neden olurken, DNA hipermetilasyonu tümör baskılayıcı genlerin susturulmasına yol açar. DNA metilasyonu DNA metiltransferazlar (DNMT) tarafından oluşturulur ve DNMT1, DNMT3A ve DNMT3B olarak adlandırılan 3 enzim grubu tarafından düzenlenir. Bu çalışmada DNMT3B gen bölgesinde yer alan 3 polimorfik bölge incelenerek hastalığın patogenezi üzerinde etkili olup olmadığının ortaya konması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 98 kolorektal kanser hastası ile 96 sağlıklı kontrol olgusunda DNMT3B geninin rs2424913, rs1569686 ve rs2424908 olmak üzere üç tekli nükleotid değişimi (SNP) değerlendirildi ve genotipleme PCR-RFLP yöntemi ile gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışılan üç polimorfizmin genotip ve allel frekansları kolorektal kanser hastaları ve kontrol olguları arasında önemli bir farklılık göstermedi (P0.05) Sonuç:Eldeedilen veriler DNMT3Bgenininrs2424913, rs1569686ve rs2424908 polimorfizmlerinin kolorektal kanser etyopatogenezi üzerinde primer bir etkiye sahip olmadığını göstermiştir.
Mikrosatellit lokuslarının tavuk ve güvercinlerde karşılaştırmalı analizi
(2015) Yıldız Öz, Gülseren; Çakır, Sema; Kurhan, İsmail; Doğan, Müge; Şahin, Elif; Nizamlıoğlu, Mehmet; Kurar, Ercan
Amaç: Bu çalışmanın amacı, tavuk mikrosatellit markörlerinin güvercin (Columba livia) genetik çalışmaları için kullanılabilirliğinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Toplam 100 adet tavuk mikrosatellit markörü tavuk bağlantı haritalarından seçildi. Güvercin ve pozitif kontrol olarak tavuk DNA'sı kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile spesifik genom bölgeleri çoğaltıldı. PZR ürünleri kapiller elektroforez ile ayrıştırıldı ve allel genotipleri tespit edildi. Pilot bir çalışma ile 24 adet pozitif mikrosatellitin genel populasyon parametrelerinden allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterezigotluk ile Hardy-Weinberg Dengesi'nden (HWE) sapma değerleri güvercin populasyonunda değerlendirildi. Bulgular: Toplam 48 mikrosatellit lokusu güvercin DNA'sında (%48) PZR ile yükseltgenmiştir. Pilot çalışma kapsamında 24 lokusun ortalama allel sayısı 2.5 olup allel sayısı 1-5 arasında değişmektedir. Toplam 60 farklı allel tespit edilmiştir. Ho ve He değerleri sırasıyla 0.000-1.000 ve 0.000-0.698 arasında değişmektedir. Öneri: Genel olarak gözlenen allel sayısı ve polimorfizm değerleri düşük olmasına rağmen, tavuk mikrosatellit lokuslarının güvercin genetik çalışmalarında kullanılabileceği kanaatine varılmıştır.

Güncel Gönderiler