Pseudomonas suşlarında oxa tipi karbapenemazların varlığı: Türkiye'den ilk bildirim

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-9316-771Xen_US
dc.contributor.authorEsenkaya Taşbent, Fatma
dc.contributor.authorÖzdemir, Mehmet
dc.date.accessioned2020-01-18T21:13:41Z
dc.date.available2020-01-18T21:13:41Z
dc.date.issued2015
dc.departmentNEÜ, Meram Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalıen_US
dc.description.abstractTüm dünyada önemli bir nozokomiyal patojen olan Pseudomonas suşlarında gittikçe artan oranlarda karbapenem direncine rastlanmaktadır. Karbapenem direncinden çoğunlukla metallo-beta-laktamaz (MBL) ve moleküler sınıf Dde yer alan karbapenemleri hidrolize eden oksasilinaz enzimleri sorumlu tutulmaktadır. MBL enzimlerine sıklıkla Pseudomonaslarda rastlanırken; sınıf D oksasilinazların tamamına yakını karbapeneme ve çok ilaca dirençli olan Acinetobacter baumanniide bulunmuştur. Bu çalışmada, karbapeneme dirençli Pseudomonas suşlarında karbapenemaz üretimine neden olan OXA-23, OXA-40 ve OXA-58 genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2011-Ekim 2013 tarihleri arasında, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden (85 bronkoalveoler lavaj, 31 yara, 18 trakeal aspirat, 16 idrar, 14 kan, 10 bal- gam, 3 kateter, 3 boğaz, 2 drenaj mayisi, 1er apse ve periton sıvısı) izole edilen imipenem ve/veya mero- peneme dirençli 184 Pseudomonas spp. suşu alınmıştır. İzolatların tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistem (VITEK-2, bioMerieux, Fransa) ile yapılmış; antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistem ile CLSI önerilerine göre belirlenmiştir. Suşlarda OXA-23, OXA-40 ve OXA-58 genlerinin varlığı, ticari bir PCR kiti (Hyplex CarbOxa ID; Amplex Diagnostics GmbH, Almanya) ile araştırılmıştır. Moleküler çalışma, genomik DNA ekstraksiyonu, multipleks PCR amplifikasyonu ve hibridizasyon olmak üzere üç aşamada yapılmış; son aşamada ELISA temelli bir sistemde hibridizasyon sağlanmıştır. Çalışmamızda, karbapeneme dirençli 184 Pseudomonas suşunun 12 (%6.5)sinde OXA-23,1 (%0.54)inde OXA-40 ve 1 (%0.54)inde OXA-58 pozitifliği olmak üzere, toplam 14 (%7.6) suşta OXA genlerinin varlığı saptanmıştır. Karbapeneme dirençli Pseudomonas suşlarının %70 (129/184)i yoğun bakım ünitelerinden gelen örneklerden izole edilmiş; en sık izolasyonun yapıldığı örnek bronkoalveoler lavaj (85/184; %46.2) olmuştur. Bu çalışma, bölgemizde ve Türkiyede Pseudomonas suşlarında OXA grubu karbapenemaz varlığını araştıran ve oranlarını ortaya koyan ilk araştırmadır. Acinetobacterlerde tespit edilmiş bu direnç genlerinin Pseudomonaslarda da bulunduğu gösterilmiş olup, bu genlerin karbapenem direncine, doğrudan veya diğer direnç mekanizmalarını sinerjik olarak etkileyerek sebep olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma direnç mekanizmalarını açıklamak için yapılacak yeni çalışmalara basamak teşkil edecektir.en_US
dc.description.abstractPseudomonas spp. that are one of the important nosocomial pathogens worldwide, and carbape- nem resistance is observed in an increasing rate. Major factors leading to carbapenem resistance are metallo-beta-lactamases (MBLs) and carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinases. MBLs are frequently prevalent in Pseudomonas spp., while carbapenem-hydrolyzing class D oxacillinases has been almost exclusively found in multidrug and carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii. The aim of this study was to investigate the presence of OXA-23, OXA-40 and OXA-58 genes that encode carbapenemases, in carbapenem-resistant Pseudomonas spp. strains. A total of 184 imipenem and/or meropenem-resistant Pseudomonas spp. strains isolated from different clinical samples (85 bronchoalveolar lavage, 31 wound, 18 tracheal aspirate, 16 urine, 14 blood, 10 sputum, 3 catheter, 3 throat, 2 drainage fluid, 1 abscess, 1 peritoneal fluid) in Medical Microbiology Laboratory of Necmettin Erbakan University Meram Faculty of Medicine, between November 2011 to October 2013, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and an automated system (VITEK-2 Compact, bioMerieux, France), while the antibiotic susceptibility tests were performed with Kirby-Bauer disk diffusion method and auto- mated system according to the recommendations of CLSI. The presence of OXA-23, OXA-40 and OXA-58 genes in strains were investigated by a commercial PCR kit (Hyplex CarbOxa ID; Amplex Diagnostics GmbH, Germany). Molecular studies were carried out in three steps, namely extraction of genomic DNA; multiplex PCR amplification and hybridization. In the final step, hybridization was achieved in the ELISA-based system. In our study, 12 (6.5%) out of 184 carbapenem-resistant Pseudomonas spp. strains were positive for OXA-23, 1 (0.54%) for OXA-40 and 1 (0.54%) for OXA-58, with a total positive rate of 7.6% (n 14). Most of the carbapenem-resistant Pseudomonas spp. strains (129/184; 70%) were isolated from the samples of patients in intensive-care units, and bronchoalveolar lavage specimens were the most prevalent samples (85/184; 46.2%). This study determined the presence and frequency of OXA type carbapenemases among Pseudomonas strains for the first time in our region and Turkey. These resistance genes demonstrated in Acinetobacter spp. were also detected in this study in Pseudomonas spp. and they may cause carbapenem resistance directly or by affecting the other resistance mechanisms with a synergistic effect. This study is expected to provide a basis for further studies to elucidate resistance mechanisms.en_US
dc.identifier.citationEsenkaya Taşbent, F., Özdemir, M. (2015). Pseudomonas suşlarında oxa tipi karbapenemazların varlığı: Türkiye'den ilk bildirim. Mikrobiyoloji Bülteni, 49, 1, 26-34.en_US
dc.identifier.endpage34en_US
dc.identifier.issn0374-9096en_US
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.scopusqualityQ4en_US
dc.identifier.startpage26en_US
dc.identifier.urihttp://app.trdizin.gov.tr/publication/paper/detail/TVRZM05EZzFOUT09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12452/3024
dc.identifier.volume49en_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.language.isotren_US
dc.relation.ispartofMikrobiyoloji Bültenien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US]
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectMikrobiyolojien_US
dc.subjectPseudomonasen_US
dc.subjectOXA Genlerien_US
dc.subjectKarbapenemazen_US
dc.subjectKarbapenem Direncien_US
dc.subjectPseudomonasen_US
dc.subjectOXA Genesen_US
dc.subjectCarbapenemaseen_US
dc.subjectCarbapenem Mesistanceen_US
dc.titlePseudomonas suşlarında oxa tipi karbapenemazların varlığı: Türkiye'den ilk bildirimen_US
dc.title.alternativeThe presence of oxa type carbapenemases in pseudomonas strains: First report from Turkeyen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Esenkaya Taşbent, Fatma.pdf
Boyut:
240.32 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin\ Full Text
İndir

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Makale Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu