Makale Koleksiyonu

Bu koleksiyon için kalıcı URI

https://hdl.handle.net/20.500.12452/3329

Listeleniyor 1 - 20 / 22

Pseudomonas suşlarında oxa tipi karbapenemazların varlığı: Türkiye'den ilk bildirim
(2015) Esenkaya Taşbent, Fatma; Özdemir, Mehmet
Tüm dünyada önemli bir nozokomiyal patojen olan Pseudomonas suşlarında gittikçe artan oranlarda karbapenem direncine rastlanmaktadır. Karbapenem direncinden çoğunlukla metallo-beta-laktamaz (MBL) ve moleküler sınıf Dde yer alan karbapenemleri hidrolize eden oksasilinaz enzimleri sorumlu tutulmaktadır. MBL enzimlerine sıklıkla Pseudomonaslarda rastlanırken; sınıf D oksasilinazların tamamına yakını karbapeneme ve çok ilaca dirençli olan Acinetobacter baumanniide bulunmuştur. Bu çalışmada, karbapeneme dirençli Pseudomonas suşlarında karbapenemaz üretimine neden olan OXA-23, OXA-40 ve OXA-58 genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2011-Ekim 2013 tarihleri arasında, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden (85 bronkoalveoler lavaj, 31 yara, 18 trakeal aspirat, 16 idrar, 14 kan, 10 bal- gam, 3 kateter, 3 boğaz, 2 drenaj mayisi, 1er apse ve periton sıvısı) izole edilen imipenem ve/veya mero- peneme dirençli 184 Pseudomonas spp. suşu alınmıştır. İzolatların tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistem (VITEK-2, bioMerieux, Fransa) ile yapılmış; antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ve otomatize sistem ile CLSI önerilerine göre belirlenmiştir. Suşlarda OXA-23, OXA-40 ve OXA-58 genlerinin varlığı, ticari bir PCR kiti (Hyplex CarbOxa ID; Amplex Diagnostics GmbH, Almanya) ile araştırılmıştır. Moleküler çalışma, genomik DNA ekstraksiyonu, multipleks PCR amplifikasyonu ve hibridizasyon olmak üzere üç aşamada yapılmış; son aşamada ELISA temelli bir sistemde hibridizasyon sağlanmıştır. Çalışmamızda, karbapeneme dirençli 184 Pseudomonas suşunun 12 (%6.5)sinde OXA-23,1 (%0.54)inde OXA-40 ve 1 (%0.54)inde OXA-58 pozitifliği olmak üzere, toplam 14 (%7.6) suşta OXA genlerinin varlığı saptanmıştır. Karbapeneme dirençli Pseudomonas suşlarının %70 (129/184)i yoğun bakım ünitelerinden gelen örneklerden izole edilmiş; en sık izolasyonun yapıldığı örnek bronkoalveoler lavaj (85/184; %46.2) olmuştur. Bu çalışma, bölgemizde ve Türkiyede Pseudomonas suşlarında OXA grubu karbapenemaz varlığını araştıran ve oranlarını ortaya koyan ilk araştırmadır. Acinetobacterlerde tespit edilmiş bu direnç genlerinin Pseudomonaslarda da bulunduğu gösterilmiş olup, bu genlerin karbapenem direncine, doğrudan veya diğer direnç mekanizmalarını sinerjik olarak etkileyerek sebep olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma direnç mekanizmalarını açıklamak için yapılacak yeni çalışmalara basamak teşkil edecektir.
Improvement and New Aspects of HCV Testing for Clinical Management
(2013) Özdemir, Mehmet; Altindiş, Mustafa
Son zamanlarda Hepatit C enfeksiyonu olan hastaların tedavisi için oral yolla verilen onaylı ilaçların artması ve bu enfeksiyon için hasta başı testlerin toplum taramasında kullanılması, Hepatit C enfekte bireylerin tanı konmasında genişletici bir etki yaratmıştır. Buna rağmen HCV enfeksiyonunun yaygın tanısı, anti-HCV antikor veya çekirdek (kor) antijen testine ve teyit edici test olarak nükleik asit saptanmasına dayanmaktadır. Tedavi mevcut enfeksiyonu olan hastaları hedeflemekte iken, enfeksiyonun kanıtı için testler, HCV viremisini tespite odaklanmaktadır. HCV RNA nükleik asit testi ile ilgili karmaşıklığı ve maliyetleri en aza indirmek ve HCV kor antijen testlerinin geliştirilmesi ve validasyonunun gerçekleşmesi, HCV-viremisi olan bireylerin tanımlanmasını hızlandıracaktır. Validasyon ve maliyet-etkinlik çalışmaları, HCV viremisini en iyi şekilde tespit etmek için ve HCV RNA tespit edilmeyen kişilerdeki yalancı antikor pozitifliği ile geçirilmiş HCV arasındaki ayrımı yapmak amacıyla sürekli yürütülen uygulamalardır. HCV enfeksiyonu yönetimindeki iki önemli nokta; yeni enfeksiyonu tanımlamak ve ilaca dirençli HCV sürveyansını sürdürmektir. Bu iki noktanın çözümlenmesi sürecindeki olumlu gelişmeler, HCVnin ortadan kaldırılması için umutları güçlendirecektir.
Seven-year Genotype Distribution Among Hepatitis C Patients in a City in the Central Anatolia Region of Turkey
(2018) Tüzüner, Uğur; Saran Gülcen, Begüm; Özdemir, Mehmet; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Objectives: Hepatitis C virus (HCV) is an important viral agent ofhepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In our study, weaimed to determine the HCV genotype distribution among patientswith HCV who presented to our hospital in a city in the CentralAnatolia Region of Turkey.Materials and Methods: Results of 480 patients who were positivefor HCV RNA and whose serum samples were sent to our laboratoryfrom various inpatient and outpatient clinics of the hospital with apre-diagnosis of hepatitis C between January 2010 and May 2017were retrospectively screened. In HCV genotype determination,a commercially available kit (Ampliquality HCV-TS, AB Analitica,Italy) based on Reverse Line Blot was used in accordance with themanufacturer’s recommendations. Genotype distributions wereanalyzed by years and by age. The first and only one test results ofthe same patients were evaluated.Results: Of the patients whose genotyping was made, 260 were female and 220 were male. It was found that396 of 480 patients were with genotype 1b, 17-genotype 1a, 15 - genotype 3a, 14 - genotype 1, 9 - genotype 4, 8 - genotype 2, 6 - genotype2b, 5 - genotype 1a/1b, 4 - genotype 2a/2c, 3 - genotype 4a, 1 - genotype 3, 1 - genotype 5a and 1 patient was with genotype 6.Conclusion: In chronic HCV patients admitted to our hospital,genotype 1b, which had the highest prevalence in our country, wasdetected with a rate of 82.6%. In addition, the presence of raregenotypes 5a and 6 in our country has been shown.
The Use of Radiofrequency Thermal Ablation Method in The Treatment of Hepatic Hydatid Cysts: Ex vivo Sheep Study
(2019) Sarıcık, Bekir; Kartal, Adil; Esen, Hacı Hasan; Demircili, Mehmet Emin
Objective: Hydatid disease is a disease caused by parasites belonging to the echinococcus family. This disease is often caused byEchinococcus granulosus and rarely by echinococcus alveolaris.The parasite may cause illness anywhere in the human body, mainlyin liver. In this study, we aimed to destroy the hydatid cyst viability by Radiofrequency Thermal Ablation (RFTA) method whichhas been used in many areas in medicine.Methods: We used fresh sheep liver with hydatid cysts. Average diameter of cysts was 3.3 cm. The study was performed in 3groups, each of which involved 20 cysts. After more than half of the cyst fluid was drained, ablation was performed. When thecore temperature of the cyst exceeded 95C, ablation procedure was continued for 3 minute in 1st group and for 4 minutes in 2ndgroup. Third group was the control group. And then, cyst fluid and germinative membrane were collected for microbiologic andpathologic assessment.Results: In 1st group, the cysts could not be destroyed at the desired level. In 2nd group, it was observed that 100% of theprotoscolex died and 100% of the germinative membranes was degenerated. In control group, %13 of protoscolex died and %10of germinative membranes wasdegenerated.Conclusion: We destroyed all the protoscolex and germinative membranes by using RFTA in 2nd group.
Listeria monocytogenesin etken olduğu bir menenjit ve bakteriyemi olgusu
(2014) Doğan, Metin; Esenkaya Taşbent, Fatma; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Listeria monocytogenes genelde zoonotik inf eksiyon etkenidir. Yaşlı ve bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda önemli bir patojen olup, sağlıklı kişilerde çok nadir görülmektedir. Foliküler lenf oma ve kronik böbrek yetmezliği tanısı ile takip edilen 61 yaşındaki kadın hasta bilinç değişikliği ve ateş nedeniyle hastaneye yatırılmıştır. Hastanın fizik muayenesinde meninjiyal irritasyon bulguları saptanmıştır. Yapılan lomber ponksiyonda, beyin omurilik sıvısının (BOS) bulanık olduğu gözlenmiştir. BOS yaymasında, polimorfonükleer lökosit hakimiyeti olan bol lökosit görülmüş, mikroorganizma görülmemiştir. Hastanın hastaneye yatışından dört gün sonra kan ve BOS kültürlerinin her ikisinde de katalaz pozitif , oksidaz negatif, kokobasil görünümünde gram pozitif bakteri üremesi olmuştur. İzolatlar konvansiyonel yöntemlerle ve otomatize sistem ile L.monocytogenes olarak tanımlanmış ve disk difüzyon metodu ile yapılan duyarlılık çalışmasında, çalışılan tüm antibiyotiklere duyarlı oldukları gözlenmiştir. Ampirik olarak başlanan meropenem tedavisi, bakterinin duyarlı olduğu ampisilin ile değiştirilmiştir. Tekrarlanan kültürlerde üreme olmayan hasta şifa ile taburcu edilmiştir. L.monocytogenesin, özellikle immün sistemi baskılanmış hastalarda menenjit ve bakteriyemi etkeni olabileceğinin akılda tutulması gerekliliğinin vurgulanması amacıyla bu olgu sunulmuştur.
Çocukların idrar örneklerinden izole edilen bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları
(2013) Doğan, Metin; Aydemir, Özlem; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Bu çalışmada 0-16 yaş grubu çocuklarda idrar örneklerinden izole edilen bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Temmuz 2008- Ekim 2012 yılları arasında hastanemize başvuran ve idrar yolu infeksiyonu olabileceği düşünülen, 2,983 hastanın idrar örnekleri, kültür ve antibiyogramlarının değerlendirilmesi amacıyla çalışmaya alınmıştır. Tüm idrar örnekleri kanlı agar ve eozin metilen mavisi (EMB) agara ekilmiştir. Üreme olan bakterilerin tanımlaması konvansiyonel yöntemlerle yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile test edilmiştir. Toplam 2,983 idrar örneğinin 337’sinde (% 11.3) üreme gözlenmiştir. En sık izole edilen bakteri Escherichia coli (% 64.4) olmuştur. Bunu sırası ile Enterococcus spp. (% 15.7), Proteus spp. (% 7.1), Klebsiella spp. (% 5.3), Enterobacter spp. (% 5.9) ve koagülaz negatif stafilokok (KNS) (% 1.5) takip etmiştir. E.coli, Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp. suşlarının tümü amikasin, gentamisin ve imipeneme karşı duyarlı iken, ampisilin (% 69.5) ve trimetoprim/sülfametoksazole (% 79.6) duyarlılığın en düşük olduğu gözlenmiştir. Enterococcus spp. suşlarının (n:53) tümü linezolid ve vankomisine duyarlı bulunmuş, direnç oranları nitrofurantoine % 7.6, penisiline % 17, eritromisine % 28.3 olarak saptanmıştır. Hastanemizin hasta populasyonunda, antibiyotik duyarlılık oranları diğer çalışmalara göre yüksek olmasına rağmen, dar spektrumlu antibiyotik seçimi ve direnç gelişimini engellemek açısından kültür ve antibiyogram yapılmasının yararlı olabileceği unutulmamalıdır.
18-45 Yaş Grubu Kadınlarda, Trichomonas Vaginalis Ve Diğer Mikroorganizmaların Vajinal Akıntı Örneklerinden Mikroskobik Olarak İncelenmesi
(2012) Keşli, Recep; Pektaş, Bayram; Özdemir, Mehmet; Günenç, Oğuzhan; Coşkun, Erkan; Baykan, Mahmut; Baysal, Bülent
Amaç: Trichomonas vaginalis vajinal mukozada nekrotik ülserler ve yüzeysel defektlerle beraber köpüklü, yeşilimsi kötü kokulu akıntı ile karekterize olan trichomoniasise neden olan bir protozoondur. Trichomoniasis insandan insana seksüel temasla taşınır ve hemen hemen dünyanın her tarafında görülür. Bu çalışmanın amacı 18-45 yaş grubu vajinal akıntı şikayeti olan ve 1 Eylül-15 Aralık 2003 tarihleri arasında Konya Sosyal Sigortalar Kurumu Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniği'ne başvuran 70 kadında Trichomonas vaginalis sıklığının belirlenmesidir. Yöntemler: Örnekler bir spekulum ve steril pamuklu eküvyonlu çubuklar yardımı ile vajen posterior forniksinden alındı. Bütün örnekler ışık mikroskobu altında nativ preparat, Gram ve Giemsa boyama metodları ile incelendi. Bulgular: Yetmiş örneğin 6'sı (%9) Trichomonas vaginalis, 9'u (%13) Gardnerella vaginalis biri Mobilincus spp. ve 11'i (%16) Candida spp. pozitif bulundu. Sonuç: Ttrichomoniasis kesin tanısı kültür metodu ile yapılmasına rağmen direkt mikroskobi ile vajinal smear incelemesinin enfeksiyonun tanısında önemli bir role sahip olduğu söylenebilir. Direkt mikroskobik inceleme trichomoniasis tedavisine başlamaya karar vermekte yardımcı olacaktır.
Investigating seropositivitiy of Rubella IgG among women of childbearing age in Konya province
(2016) Saran Gülcen, Begüm; Tüzüner, Uğur; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Amaç: Rubella virüsü gebe kadınlarda intrauterin enfeksiyonlara neden olup fetüste teratojenik etki yapan bir virüstür. Gebelik öncesinde veya gebelikte tarama sırasında Rubella virüsüne karşı duyarlılığın saptanması ile istenmeyen fetal veya perinatal seyir önlenebilir. Bu çalışmada, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi'ne başvuran doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella seropozitifliğinin yaş gruplarına göre dağılımı retrospektif olarak incelenmiştir. Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2013-31 Aralık 2015 tarihleri arasında çeşitli kliniklere başvuran 2151 kadının rubella IgG antikor düzeyleri enzyme-linked fluorescent assay (ELFA) yöntemi ile yaş gruplarına ayrılıp incelenmiştir. Bulgular: Araştırmaya dahil edilen kadınların 567'si (%26.3) 18-25 yaş, 1143'ü (%53.6) 26-35 yaş, 441'i (%20.5) 36-45 yaş grubunda yer aldı. 18-25, 26-35 ve 36-45 yaş grubundaki kadınlarda rubella IgG pozitiflik sayısı ve oranı sırasıyla 551 (%97.1), 1075 (%94.0) ve 394 (%89.4) olarak tespit edilmiştir. İncelenen toplam 2151 örneğin 2020'sinde (%93.9) rubella IgG antikor pozitifliği saptanmıştır. Gebe polikliniğinden gönderilen 1259 örneğin 1169'unda (%92.8) Rubella IgG pozitifliği görülmüştür. Sonuç: Çalışmamızda Konya'da doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella seroprevalansının yüksek olduğu tespit edilmiştir. Gebelik öncesi seropozitiflik oranının artırılarak doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella virüsüne karşı bağışıklığın sağlanması, konjenital rubella enfeksiyonunu önlemede etkili olacaktır. Bölgemizde bağışıklık oranlarının yüksek çıkması sevindirici olup ciddi konjenital enfeksiyon riskine karşı gebelik öncesinde seronegatif kadınların tespit edilerek aşılanması gereklidir.
Candida Türlerinde Biyofilm Oluşumunun Modifiye Mikroplak Ve Modifiye Xtt RedüKsiyon Yöntemleri İle Saptanması
(2017) Tüzüner, Uğur; İnci, Ramazan
Amaç: İnvaziv girişimlerin artışı, geniş spektrumlu antibiyotiklerin kullanımı, immunsüpresif tedavilerin yaygınlaşması, kemik iliği baskılanması ve nötropeni gibi faktörler, ciddi fungal enfeksiyonların, özellikle Candida enfeksiyonlarının sıklığını arttırmaktadır. Bu artış kandidaların virülans faktörlerine dikkati çekmiştir. Biyofilm oluşturma kapasitesi önemli virülans faktörlerinden biridir. Çalışmamızda klinik örneklerden soyutlanan Candida türlerinde iki farklı yöntem ile biyofilm oluşumunu saptamayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji Laboratuvarında 2012-2014 yıllarına ait çeşitli klinik örneklerden soyutlanmış ve stoklanmış 216 kandida izolatı kullanıldı. Biyofilm oluşumunu saptamak için modifiye mikroplak ve modifiye XTT redüksiyon yöntemleri, istatistiksel değerlendirmeler için ki-kare testi kullanıldı. Bulgular: İncelenen kandidalarda modifiye mikroplak yöntemiyle %19.4 (n42), XTT redüksiyon yöntemiyle %22.7 (n49) biyofılm pozitifliği saptandı. Biyofilm pozitifliği mikroplak yöntemi ile; Candida albicans'ların %12.5'inde (n16), Albicans Dışı Candida'ların (ADC) %29.5'inde (n26), XTT redüksiyon yöntemi ile; Candida albicans'ların %15.6'sında (n20), ADC'Ierin %32.9'unda (n30) saptandı. Oranlar arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulundu (ki-kare11.246; p0.024). Biyofilm pozitifliği her iki yöntem ile en çok Candida tropicalis izolatlarında (13/30 ve 12/30) saptandı. Sonuç: Çalışmamızda elde edilen verilere göre, modifiye XTT redüksiyon yönteminin biyofilm oluşumunu daha iyi saptadığı ve Candida tropica/is suşlarının daha fazla biyofilm oluşturduğu sonucuna vardık.
Hepatit C Enfeksiyonunun Tanısında Hepatit C Virüsü Kor Antijen Testinin Etkinliği
(2016) Demircili, Mehmet Emin; Özdemir, Mehmet; Feyzioğlu, Bahadır; Baysal, Bülent
Amaç: Hepatit C virüsü (HCV) kor antijen testinin tanı değerinin antiHCV testi pozitif veya negatif olan hastalarda HCV ribonükleik asit (RNA) ile kıyaslanarak araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntemler: Necmettin Erbakan Üniversitesi Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi'ne Aralık 2010- Şubat 2012 tarihleri arasında başvuran ve çeşitli nedenlerle HCV RNA testi çalışılan 189 hastadan elde edilen serum örnekleri bu çalışmaya dahil edildi. İki mL serum örneği uygun koşullar altında saklandı ve anti HCV, HCV kor antijen ve strip immünblot testi [Ticari INNO LIA(TM) HCV Score testi (Innogenetics NV in Ghent, Belçika)] testleri çalışıldı. HCV RNA pozitif olan örneklere genotipleme yapıldıBulgular: Çalışmamızda HCV kor antijen testinin sensitivite, spesifite; negatif prediktif değer ve pozitif prediktif değerleri sırayla %96,2, %100, %97,3 ve %100 olarak tespit edildi. Genotipleme yapılan 65 örneğin 59'u genotip 1b, 2'si genotip 1a/1b, 1'i genotip 3a, 1'i genotip 4, 1'i genotip 2a/2c ve 1'i genotip 1a olarak tespit edildi.Sonuç: HCV kor antijen testi sensitivitesi ve spesifitesi yüksek, kolay uygulanabilir, güvenilir bir testtir. Bu test HCV enfeksiyonunun tanısında anti-HCV test sonuçlarının konfirmasyon ve tamamlayıcı testi olarak kullanılabilir.
Gastroenteritli Çocukların Dışkılarında Adenovirus ve Rotavirus Sıklığı ve Mevsimsel Dağılımı
(2016) Feyzioğlu, Bahadır; Özdemir, Mehmet; Saran Gülcen, Begüm; Tüzüner, Uğur
Amaç: Bu çalışmada, 0-18 yaş grubundaki hastalardan ishal, karın ağrısı, kusma ve ateş gibi şikayetlerle hastanemize başvurup akut gastroenterit ön tanısı alan; bunların içinde laboratuvarımıza virolojik tahlil için gönderilen dışkı örneklerinde rotavirus ve enterik adenovirusların bulunma sıklığını ve bazı demografik özelliklere göre dağılımını araştırmayı hedefledik. Yöntemler: Ocak 2013-Aralık 2015 tarihleri arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvurup akut gastroenterit ön tanısı alan 5156 pediyatrik hastaya ait laboratuvar kayıtları retrospektif olarak incelenmiştir. Dışkı örneklerinde rotavirus ve adenovirus antijenlerini aynı anda immünokromatografik olarak belirleyen VIKIA Rota-Adeno (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) kaset testi, üretici firma önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. Bulgular: Toplam 5156 dışkı örneğinin 884 (%17.1)'ünde viral antijenler saptanmıştır. Pozitif saptananların 764 (%14.8) adedi rotavirus, 120 (%2.3) adedi adenovirus olarak belirlenmiştir. Örneğinde antijen saptanan hastalardan 412 (%46.6)'si kız, 472 (%53.4)'si erkektir. Antijen saptanan 884 hastada en sık pozitifliğin %42.1 ile 2-4 yaş (n372) arasındaki hastalarda olduğu görülmüştür. Rotavirusa bağlı gelişen akut gastroenterit olgularının kış ve ilkbahar mevsimlerinde arttığı ve enterik adenoviruslara bağlı gelişen akut gastroenterit olgularının ise tüm yıl boyunca saptandığı gözlenmiştir. Sonuçlar: Yenidoğan ve küçük çocuklarda görülen ciddi gastroenteritlerin en yaygın sebebi olan rotavirusların, özellikle ilk 4 yaştaki ishal olgularında akla getirilmesi gerekmektedir. Etkenin tanısının hızlı konması, hastanın kliniğinin öngörülmesi ve tedavi yaklaşımı bakımından önemlidir. Enterik adenovirusların, sütçocukluğu ve çocukluk döneminde önemli bir gastroenterit nedeni olması; adenovirus antijenlerinin de araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Yapılan bölgesel çalışmalar, epidemiyolojik bilgilere katkı sağlaması açısından önemlidir.
Determination of Resistance Mutation in Chronic Hepatitis B Patients Using Antiviral Drugs at Our Hospital
(2017) Feyzioğlu, Bahadır; Özdemir, Mehmet; Baykan, Mahmut; Saran, Begüm; Tüzüner, Uğur
Objective: In this study, it is aimed to determine the mutations responsible for drug resistance in patients with chronic hepatitis B virus (HBV) infection received/receiving antiviral treatment at our hospital and to examine the patients in terms of the treatment applied and their HBV-DNA levels. Materials and Methods: One hundred and thirty-one samples taken from patients diagnosed with chronic hepatitis B infection between January 2010 and January 2015 at Necmettin Erbakan University Meram Faculty of Medicine Hospital were studied with reverse hybridization principle-based INNO-LiPA HBV DR v2 method and the results were evaluated retrospectively. Results: Mutation was determined in 12 samples (9.1%). While tyrosine, methionine, aspartate, aspartate (YMDD) pattern change causing lamuvidine resistance was determined in 10 samples, 7 of them were observed to be M204I tyrosine, isoleucine, aspartate, aspartate (YIDD) and 4 were M204V tyrosine, valine, aspartate, aspartate (YVDD). Multiple mutations were determined in six samples (M204VM204IL180I, YVDDL180MV/G173L, YIDDL180M, YIDDL80V in one each and YIDDL80I, YVDDL180M in two each) and single mutation was determined in 3 samples (YIDD in two samples and N236T and L80V in one each). Control HBV-DNA levels were evaluated in patients with resistance gene after 6-12 months and a decrease in DNA level was observed in 11 of 12 patients. Conclusion: Since a limited number of mutations can be examined via LiPA method, it is concluded that different mutation patterns causing drug resistance cannot be determined and it will be beneficial to use an additional method such as sequencing that enables to determine these genes. Additionally, as a result of treatment failure due to drug resistance, if the treatment will be continued with a novel drug that is not used before, it is considered that the possibility of the presence of mutations causing a resistance against this antiviral should not be neglected.
Konya İlinde Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kompleks Suşlarının BirinciSeçenek Anti-tüberküloz İlaçlara Direnç Oranları
(2016) Taşbent, Fatma Esenkaya; Doğan, Metin
Amaç: Bu çalışmada, 2014 ve 2015 yılını içeren iki yıllık süreçte, laboratuvarımızda izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Tüberküloz ön tanısı ile gönderilen şüpheli örnekler Ehrlich-Ziehl-Neelsen yöntemi ile boyanarak, mikroskobik olarak değerlendirilmiş, Löwenstein-Jensen besiyeri ve otomatize kültür sistemine (Mycolor TK, Salubris A.Ş., İstanbul) ekimleri yapılmıştır. Üreme görülen kültür tüplerinde Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlaması ve streptomisin, izoniazid, rifampisin, etambutol duyarlılıkları çalışılmıştır. Bulgular: Çalışmaya laboratuvara gönderilen 5406 klinik örnekten, Mycobacterium tuberculosis kompleks izole edilmiş 266 suş dâhil edilmiştir. Her hasta için tek bir suş çalışmaya alınmıştır. Streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutole toplam direnç oranları sırasıyla %4.5, %6.4, %9 ve %4.5 olarak bulunmuştur. Hastaların %83.1'i tüm antibiyotiklere duyarlı olup, antimikobakteriyel ilaçlar içinde en yüksek direnç rifampisin için saptanmıştır. Çok ilaca direnç oranı ise %2.6 olarak bulunmuştur. Çalışmada ayrıca Ehrlich-ZiehlNeelsen boyama yöntemi ile otomatize kültür sistemi sonuçları karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Sonuç: Tüberkülozda direnç paternlerinin izlenmesi, uygulanacak tedavi protokollerinin belirlenmesinde önemli olduğu gibi uzun vadede direnç gelişiminin önlenmesinde de yararlı olacaktır.
Türkiye'deki bazı kedi ırklarının mitokondrial DNA D-Loop polimorfizminin araştırılması
(2016) Yılmaz Şahin, Elif; Altunok, Vahdettin; Kurar, Ercan
Amaç: Bu çalışmada Van kedileri ile diğer bazı kedi ırklarındaki mitokondrial DNA (mtDNA) polimorfizmi ortaya koyulmuş, Van kedilerinde elde edilen mtDNA analiz sonuçları ile göz renkleri arasında filogenetik bir ilişkinin varlığı değerlendirilmiştir.Gereç ve Yöntem: Çalışılan 65 adet kan örneğinde bölgenin polimorfik olması, literatür bilginin yetersizliği ve farklı yöntemler kullanılması neticesinde örnek sonuçlarından sağlıklı bilgi alınamadığı için çalışmada 39 adet kedinin (25 Van kedisi, 3 İran kedisi, 3 Tekir kedisi, 7 Siyam kedisi ve 1 Ankara kedisi) analiz sonuçları sunuldu. Bazı yayınlardan aldığımız ve kendi dizayn ettiğimiz 15 primer denenmiş, 6 iyi çalışan primer ile çalışma tamamlanmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu ürünleri (PZR) CEQ-8000 Beckman Coulter Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforez ile ayrıştırılmış sekans dizilimleri belirlenmiştir.Bulgular: Van Kedilerinin her biri kendi grubu içerisinde tek gözlülük/çift gözlülük durumlarına göre gruplar arasında istatistiki fark (P0.022) tespit edildi. Elde edilen bu dizi analiz verilerine bakılarak Van kedilerinde %80.00 oranıyla tek gözlülük söylenebilir. MtDNA dizi analizinden seçilen 99 bç lik dar bir bölge değerlendirildi ve az sayıda örneğe rağmen elde edilen istatistiki fark değerlendirildi.
Kanser hastası çocuklarda bağırsak paraziti enfeksiyonlarının değerlendirilmesi
(2013) Durak, Fatih; Doğan, Metin; Atambay, Metin; Özgen, Ünsal; Özen, Metehan
Amaç: Bu çalışmada sağlıklı, kanserli ve kanser tedavisi sonrası hayatta kalan çocuklardaki bağırsak parazitlerinin prevalansını ve cinsini tespit edilmesi, ayrıca nötropenik dönemde parazitlerin insidansı ve cinsinde değişikliğin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: Çalışmada üç farklı hasta grubu oluşturulmuştur. Birinci grup hematolojik maligniteli veya solid tümörlü yoğun kemoterapi alan ve mutlak nötrofil sayısı 1000/mm3’ün altında olan immün yetmezlikli seksen hastadan oluşurken, ikinci grup hematolojik maligniteli veya solid tümörlü mutlak nötrofil sayısı normal ve ayaktan idame kemoterapi alan seksen beş hastadan, üçüncü grup ise çeşitli sebepler nedeni ile pediatri hematoloji polikliniğine başvurmuş immün yetmezliği olmayan ve kronik immün baskılayıcı tedavi almamış yüz yetmiş iki hastadan oluşmuştur. Hastalardan üç gün üst üste dışkıda parazit incelemesi yapılmıştır. Bulgular: Birinci gruba dahil edilen hastalarda parazit prevalansı diğer gruplara göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Çalışmaya alınan bütün gruplarda en sık rastlanan parazit Giardia intestinalis olmuştur. Mutlak nötrofil sayısı 1000/mm3’ün altında olan hastalarda parazit varlığı, mutlak nötrofil sayısı 1000/mm3’ün üzerinde olan hastalara göre istatistiksel olarak anlamlı yüksek tespit edilmiştir. Sonuç: İmmün yetmezlikli hastalarda bağırsak paraziti prevalansının diğer gruplara göre yüksek bulunmuştur. Bu tür hastalarda enfeksiyon bulguları olduğunda, parazitik enfeksiyon olasılığının gözardı edilmemesi gerektiği kanaatine varılmıştır.
Otoimmün hastalıklarda antinötrofil sitoplazmik antikorların araştırılması
(2012) Özdemir, Mehmet; Feyzioğlu, Bahadır; Gündem, Nadire Seval; Baykan, Mahmut; Baysal, Bülent
Amaç: Antinötrofil sitoplazmik antikorlar, monositlerin lizozomları ve nötrofillerin sitoplazmik granüllerinde bulunan antijenlere karşı oluşan otoantikorlardır. Özellikle Wegener granulomatozis olmak üzere pek çok sistemik vaskülitte tanı değeri olan değerli bir prognostik belirteçtir. Çalışmada 2009 yılında otoimmün hastalık ön tanısı alan hastaların ANCA test sonuçlarının retrospektif olarak irdelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Bu çalışmada hastanemizde 2009 yılında otoimmün hastalık ön tanısıyla Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen 1040 hastanın serum örneklerinde antinötrofil sitoplazmik antikorlar indirekt immunfloresans yöntemi ile incelenmiş, hedef antijenleri ve nötrofillerde oluşturdukları paternlere göre sitoplazmik (cANCA) veya perinükleer (pANCA) varlığı kalitatif olarak belirlenmiştir. Bulgular: Toplam 1040 hastanın 44’ünde (% 4,2) antinötrofil sitoplazmik antikorlar pozitif olarak bulunmuştur. Bunlar içinde 34’ü (% 3,2) pANCA, 10’u (% 1,0) cANCA’dır. Bu 44 hastanın 10’u (% 22,7) kronik akciğer hastalığı, 5’i (% 11,3) bağ dokusu hastalığı, 5’i (% 11,3) artrit, 5’i (% 11,3) sistemik hastalıklar, 4’ü (% 9,09) romatoid artrit, 4’ü (% 9,09) vaskülit, 4’ü (% 9,09) iridosiklit, 2’si (% 4,5) sistemik lupus eritematosus (SLE), 2’si (% 4,5) mikroskopik polianjitis, 2’si (% 4,5) ülseratif kolit, 1’i (% 2,2) lokalize skleroderma tanısı almıştır. Sonuç: ANCA pozitifliğinin özellikle vaskülitler başta olmak üzere otoimmün hastalıklarda tanı açısından önemli bir yeri vardır. ANCA tayini klinik tanıya yardımcı olarak araştırılması gereken önemli bir otoantikordur. Elde ettiğimiz veriler, hastanemizde ANCA testlerinin maliyet etkin kullanım politikalarının gözden geçirilmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır.
On yıllık dönemde S.aureus suşlarının antibiyotik direnç durumundaki değişim
(2014) Doğan, Metin; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Amaç: S.aureusun neden olduğu infeksiyonlarda metisiline direncin araştırılması tedavinin yönlendirilmesinde yardımcı kriterdir. Bu çalışmada, laboratuvarımızda soyutladığımız S.aureus suşlarının yıllara göre metisiline ve diğer antibiyotiklere direnç oranlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Ocak 2001 Aralık 2002 tarihleri ile Ocak 2011 Aralık 2012 tarihleri arasında Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen, yatan hastalardan alınmış çeşitli klinik örneklerden soyutlanan S.aureus suşlarının yıllara göre metisilin ve diğer antibiyotiklere direnç oranları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmada 2001-2002 yıllarında 1160 S.aureus izolatı değerlendirilirken, 2011-2012 yıllarında 924 S.aureus izolatı değerlendirilmiştir. 2001-2002 yıllarında %49.1 oranında metisilin rezistansı gözlenirken, 2011-2012 yıllarında %37.3 oranında metisilin rezistansı gözlemlenmiştir. 2001-2002 yıllarında vankomisin ve teikoplanine karşı direnç gözlenmezken, 2011-2012 yıllarında 6 (%1.7) izolatta direnç gözlenmiştir. 2011-2012 yıllarına linezolid, mupirosin ve tigesikline karşı direnç belirlenmemiştir. Sonuç: S.aureusa bağlı infeksiyonların tedavisinde antibiyotik kullanımı ve hastane infeksiyonlarının kontrolü yönünden hastanelerin kendi direnç profillerini belli aralıklarla gözden geçirmelerinin uygun olacağı kanaatine varılmıştır.
Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Kan Donörlerinde HCV, HIV ve HBV Seroprevalansı
(2017) Tüzüner, Uğur; Özdemir, Mehmet; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Amaç Çoğu viral olmak üzere çeşitli enfeksiyon etkenlerinin alıcıya bulaşması kan transfüzyonlarının en sık karşılaşılan komplikasyonudur. Bu etkenler asemptomatik, akut, kronik ve latent enfeksiyonlara neden olabilirler. Transfüzyon için güvenli kan hazırlığı, ayrıntılı donör sorgulaması ve tarama testleri ile yapılmaktadır. Ülkemizde kan ve kan ürünleri yasası gereği donörlerde bakılması zorunlu olan standart parametreler Anti-HCV, Anti-HIV 1/2, HBsAg ve VDRL/RPR'dir. Biz de çalışmamızda bu parametrelerle, Konya ilindeki HCV, HIV ve HBV prevalansını saptamayı amaçladık. Gereç ve Yöntemler: Ocak 2013-Nisan 2016 tarihleri arasında hastanemize kan vermek için başvuran toplam 79.099 donörün test sonuçlarını retrospektif olarak taradık.Bulgular:Tarananların %8,12'sinin (6.428) kadın, %91,88'inin (72.671) erkek olduğunu gördük. Donörlerin 646 (%0,82) tanesinde Anti-HCV pozitifliği, 45 (%0,06) tanesinde Anti-HIV 1/2 reaktifliği ve 2.225 (%2,81) tanesinde ise HBsAg pozitifliği saptadık. Sonuç:Çalışmamız sonucunda bölgemizde; Anti-HIV 1/2 reaktiflik oranlarının yıllar içinde değiştiğini, Anti-HCV ve HBsAg pozitiflik oranlarının yapılan diğer çalışmaların, en yüksek ve en düşük seropozitiflik oranları aralığında olduğunu görmekteyiz.
Acinetobacter baumannii izolatlarında blaOXA genlerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma
(2013) Çiftci, İhsan HakkI; AşIk, Gülşah; Karakeçe, Engin; Öksüz, Lütfiye; Yağcı, Server; Sesli Çetin, Emel; Özdemir, Mehmet; Atasoy, Ali Rıza; Koçoğlu, Esra; Gül, Mustafa; Kurtoğlu, Muhammet Güzel; Köksal Çakırlar, Fatma; Seyrek, Adnan; Berktaş, Mustafa; Gültepe, Bilge; Ayyıldız, Ahmet
Acinetobacter cinsi içerisinde hastane enfeksiyonlarının en önemli etkeni Acinetobacter baumannii’dir. Bu gram-negatif kokobasil, antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe dirençli olup aynı zamanda karbapenemlere de direnç geliştirme kapasitesindedir. Bu çalışmanın amacı, A.baumannii’nin OXA alt grupları için multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kiti tasarlamak ve Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan A.baumannii izolatlarında OXA alt gruplarının dağılımını araştırmaktır. Çalışmaya, çeşitli illerdeki (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazığ, Erzurum, Isparta, İstanbul, Kahramanmaraş, Konya, Sakarya, Van) 13 üniversite ve devlet hastanesinin mikrobiyoloji laboratuvarlarında, 2008-2011 tarihleri arasında izole edilen toplam 834 A.baumannii klinik izolatı dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler [Vitek2 (bioMerieux, ABD) ve Phoenix (BD Diagnostic, MD)] kullanıla- rak tanımlanmış; duyarlılık testleri otomatize sistemler ve disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Tüm örnek- lere blaOXA-51-like, blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like genleri için qPCR uygulanmış; ayrıca, blaOXA-24-like geni araştırılmasında konvansiyonel PCR yöntemi kullanılmıştır. Çalışmamızda saptanan antibiyotik direnç oranları; amoksisilin-klavulanat için 96.8, siprofloksasin için 86.8, gentamisin için 74.7, amikasin için 71.7, sefaperazon-sulbaktam için 73.5, imipenem için 72.1 ve meropenem için 73 olarak izlenmiştir. Altı yüz iki izolat hem imipenem hem de meropeneme dirençli bulunmuştur. A.baumannii izolatları için en etkili antibiyotiğin, 100 duyarlılık oranı ile kolistin olduğu görülmüştür. İzolatların tümünde bla-geni pozitif bulunmuş; ancak blaOXA-24-like geni hiçbir izolatta gösterilememiştir. Toplam blaOXA-23- OXA-51-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri sırasıyla 53.7 ve 12.5 olarak saptanmıştır. Karbapeneme dirençli izolike latların blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri ise sırasıyla 74.4 ve 17.3 olarak tespit edilmiştir. Yir- mi beş izolat hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58-like gen pozitifliği göstermiştir. blaOXA-24-like hariç, karbapeneme dirençli izolatların tamamında OXA tipi genler saptanmıştır. Çalışmaya katılan merkezlerin blaOXA-23- ve blaOXA-58-like gen pozitiflik oranları farklı bulunmuştur. Ek olarak, çalışma sürecinde blaOXA-58-like gen like pozitifliği azalırken, blaOXA-23-like gen pozitifliği ile birlikte karbapenem direncinin arttığı belirlenmiştir. So- nuç olarak, karbapenemler dahil antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe yüksek direnç gös- teren A.baumannii izolatlarının kolistine duyarlılığı devam etmektedir. Hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58- genleri karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında oldukça yaygın olmakla birlikte, yıllar için- like deki blaOXA-23-like pozitif izolatların artışı dikkat çekicidir. Günümüzde, hastane kaynaklı enfeksiyonların ön- lenmesi için dirençli bakterilerin hızlı tanısında, multipleks qPCR en uygun yöntemdir. Bu çalışmada geliştirilen multipleks qPCR kiti karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında blaOXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-51-like genlerinin hızlı tanısı ve sıklığının ortaya konmasında yararlı olabilir.
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Acınetobacter Türlerinin Kolistin, Tigesiklin ve Diğer Antibiyotiklere Karşı Direnç Profillerinin Araştırılması
(2014) Doğan, Metin; Feyzioğlu, Bahadır; Baykan, Mahmut
Acinetobacter türleri antibiyotiklere karşı direnç geliştirebilmeleri ve hastane ortamında uzun süre canlı kalabilmeleri nedeniyle önemli nozo- komiyal patojenler arasında yer almaktadırlar. Bu çalışmada, hastanemiz kliniklerinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Acinetobacter spp. izolatlarının çeşitli antimikrobiyal ilaçlara karşı direnç seyirleri araştırılmıştır. Haziran 2011-Aralık 2013 tarihleri arasında; 540 (% 36.1) bronşiyal lavaj sıvısı, 290 (% 19.3) kan, 174 (% 11.6) yara yeri, 156 (% 10.4) trakeal aspirat, 109 (% 7.3) boğaz, 81 (% 5.4) idrar, 52 (% 3.5) balgam ve 96 (% 6.4) diğer örnekler (kateter ucu, torasentez sıvısı, beyin omurilik sıvısı, plevra sıvısı, periton sıvısı) olmak üzere çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 1,498 Acinetobacter izolatı çalışmaya alınmıştır. Örneklerin 992si (% 66.2) yoğun bakım ünitelerinden, 506sı (% 33.8) çeşitli kliniklerden gönderilmiş olup poliklinik hastalarına ait örnek içermemektedir. Klinik izolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistem (VITEK 2, BioMerieux, Fransa) ile yapılmıştır. İzolatların 1,462si (% 97.6) Acinetobacter baumannii, yedisi (% 0.5) Acinetobacter lwoff ii, ikisi (% 0.1) Acinetobacter haemolyticus, 27si (% 1.8) Acinetobacter spp. olarak tanımlanmıştır. İzolatların direnç seyirlerine bakıldığında; tüm antibiyotiklerde yıllar içinde direnç artışı gözlenirken, amikasin (% 67.5) ve gentamisin (% 68.6) direncinde azalma eğilimi gözlenmiş, sef tazidim direncinde ise oransal bir değişiklik olmamıştır. Tüm yıl- larda en düşük direnç kolistin (% 1.4) ve tigesiklin (% 6.9) için gözlenmiş olup, en etkisiz olanlar ise sef tazidim (% 93.4), piperasilin-tazobaktam (% 93.2), siprof loksasin (% 93.2), meropenem (% 91.6), ampisilin-sulbaktam (% 91.4), imipenem (% 91.3), sef epim (% 91.1) ve levof loksasindir (% 90.9). Amikasin (% 67.5) ve gentamisin (% 68.6) için nispeten daha düşük direnç oranlarına rastlanılmıştır. Bu çalışmada, karbapenemler dahil tüm beta-laktam grubu antibiyotiklere ve kinolon grubu antibiyotiklere karşı yüksek düzeyde direnç olduğu; önemli bir tedavi seçeneği olan karbapenemlere direnç artışının devam ettiği; en etkili antimikrobik tedavinin sırasıyla kolistin ve tigesiklin olmasının yanısıra, amikasin ve gentamisine nispeten daha düşük direnç oranları gözlenmesi nedeniyle bu antimikrobiyallerin de ampirik tedavide yer alabileceği kanaatine varılmıştır.

Güncel Gönderiler