Tez Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2023) Arslan, Ahmet Burak; Yıldırım, Mahmud SelmanAmaç: Primer İmmün Yetmezlik Hastalığı (PİYH), bağışıklık sisteminde görev alan unsurların, doğumsal ya da primer gelişim ve olgunlaşma basamaklarını ilgilendiren bozukluklar nedeniyle meydana gelen, otoimmünite, immündisregülasyon ve kronik ve/veya yineleyen enfeksiyonlarla sonuçlanan bir hastalık grubudur. Moleküler tanının zorluğu ve fenotipik sınıflandırmadaki değişiklikler nedeniyle özellikle farklı popülasyonlara ait genomik veri bugüne değin sınırlı kalmıştır. Bu çalışmada merkezimizce incelenen tüm hastaların fenotipik özellikleri ve genotipik altyapıları birlikte değerlendirilerek, Türk toplumunda görülen değişimlere dair fikir edinmek, insidental verilere ulaşmak, genotip-fenotip korelasyonuna dair içgörümüzü geliştirmek ve daha önce tanımlanmamış varyantları inceleyerek klinik veri ile korrelasyonlarını değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmamızda, 2017 ile 2021 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Bölümü’ne immün yetmezlik ön tanısı ve/veya ilintili şikayetleriyle başvurmuş ve ön değerlendirmeden geçirdikten sonra, DNA izole edilmiş, ve immün yetmezliklerin tanı ve takibinde yeri olduğu gösterilmiş 64 adet geni içeren bir panel, NGS (Next Generation Sequencing – Yeni Nesil Dizileme) yöntemi ile genetik açıdan analiz edilmiş, ve nihayetinde hastaların fenotipik ve genotipik verileri değerlendirilmiştir. Buna ek olarak ebeveyn çalışmaları için belirlenen bölgelere Sanger dizi analizi çalışılmış ve analiz edilmiştir. Bulgular: Bazı hastalarda birden çok gen değişimi raporlandığından, 224 hastada olası benign, önemi bilinmeyen varyant, olası patojenik ve patojenik sınıflarına dâhil olan toplam 354 varyant raporlandı. En sık raporlanan gen DOCK8 idi (36 hasta, 10,2%), bunu LRBA (25 hasta, 7.2%), ATM (24 hasta, 6.9%), TNFRSF13B (20 hasta, 5.8%) ve PRF1 (17 hasta, 4.9%) izlendi. IV Sonuç: Çalışmamızda, immün sistem bozuklukları ile ilişkili genlerdeki değişimlerin kapsamlı bir değerlendirmesi yapılmış, patojenitesi bugüne değin netleşmemiş veya literatürde daha önce hiç bildirilmemiş varyantlar tartışılarak yeni genotip fenotip ilişkilendirmeleri yapılmıştır. Elde edilen veriler, literatüre sağlayacağı katkının yanında bu alanda gelecekte planlanacak araştırmalar ve hastalara yaklaşm için yol gösterici olabilir.Öğe İdiyopatik pulmoner fibrozisli hastalarda mikrorna, CCN2 ve TGF-β ekspresyon düzeylerinin değerlendirilmesi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2021) Metli, Kübra; Yıldırım, Mahmut SelmanAmaç: MiRNA’lar biyolojik süreçlerde ve İPF gibi fibrotik hastalıklarda rol alan küçük RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar; vücut sıvılarında tespit edilebileceğini, hastalıkların tanı ve takiplerinde belirteç olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Bu projede amaç; İPF hastalarında fibrotik süreçten sorumlu olabilecek CCN2 ve TGF-β genlerinin ve 21 miRNA’nın ekspresyon düzeylerinin periferik kanda qPCR yöntemiyle değerlendirilmesidir. Yöntem: Göğüs hastalıkları ana bilim dalı multidisipliner interstisyel akciğer hastalıkları konseyinde değerlendirilmiş ve İPF tanısı almış 20 kişilik hasta grubu ile 20 sağlıklı gönüllüden alınan periferik kan örneklerinde qPCR ile CCN2, TGF-β ve miRNA ekspresyon analizleri yapıldı. Bulgular: CCN2, TGF-β genlerinin ve miR’lerin ekspresyon düzeyleri belirlenerek hasta ve kontrol grubu arasındaki fark istatistiksel yöntemler ile incelendi. TGF-β, miR29a/29b/29c-3p, miR-19a, miR-130a-3p, miR-140-5p, miR-320a, miR-155-5p, miR-21-5p, miR-205-5p ekspresyonları hasta grubunda downregüle bulundu, miR-143-3p ekspresyonu ise upregüle bulundu. CCN2, miR-145, miR-30a/30b/30d/30e-5p, miR-26a-5p, miR-32-5p, miR-19b-1, miR-133 ve let-7d gruplar arasında ekspresyon farkı göstermedi. Hastalarda miR-29a-3p ve miR-140-5p’nin sigara kullanımı ile; miR-155-5p, miR-140-5p ve miR320a’nın cinsiyete göre ekspresyon farkı sergilediği saptandı. miR-29a ve miR-143 ile lojistik regresyon modeli oluşturuldu, ROC analizi ile miR-29a ve miR-143’ün hasta ve kontrol grubunu ayırt etme gücü istatistiksel olarak yüksek bulundu. Sonuç: Çalışmamızda, gen ve miRNA disregülasyonunun İPF hasta serumlarında RTqPCR gibi kolay ve rutin bir yöntemle tespit edilebileceği gösterilmiş; tanı, takip ve ilaç yanıtı değerlendirmede kullanımının mümkün olabileceği tartışılmıştır. Literatüre katkı sağlayacak yeni bulgular tespit edilmiş olup, bu bulgular ışığında yapılacak yeni çalışmalara yön verecektirÖğe Larenks kanserlerinde tüm genom ekspresyon farklılığının belirlenmesi ve klinik önemi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2016) Göktaş, Emine; Yıldırım, Mahmut SelmanErişkin tümörlerinin %2'sini oluşturan larenks kanserleri, baş boyun bölgesinin en sık görülen malign tümörlerindendir. Türkiye'deki erkek ölümünün %7'sinden sorumlu olan larenks kanserlerinin mortalite oranları oldukça yüksektir. Çalışmamızda larenks kanserli bireylerin tümör dokusunda normal dokuya göre ekspresyonu artan ya da azalan tüm genlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi ve Karatay Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Polikliniği'ne başvuran, klinik ve histopatolojik olarak larenks kanser tanısı almış 12 vakadan operasyon sırasında tümörlü ve sağlam taze doku örnekleri alınarak(24 örnek) RNA izolasyonu yapıldı. Elde edilen RNA'lar tüm genom ekspresyon mikroarray yöntemi (Illumina iScan, HumanHT-12 V4 Expression Bead Chip) ile çalışıldı ve tümörlü dokuda normal dokuya göre ekspresyonu anlamlı derecede artan ve azalan genler belirlendi. Bulgular: 47.323 prob kullanılarak yapılan çalışmada 14.294 mRNA'da normal dokuya göre ekspresyon farklılığı saptandı. Ekspresyon farklılığının anlamlılığı için FC değeri 2 olarak kabul edildiğinde; 22 gende anlamlı ekspresyon artışı ve 2 gende anlamlı ekspresyon azalışı gözlendi. Etkilenen genlere yönelik yapılan yolak analizinde ise hücre siklus yolağı ve ekstrasellüler matriks yıkım yolağı aktivasyonu artan yolakların başında gelirken; elektron transport zincir yolağı da baskılanan yolakların başında gelmekteydi. Sonuç: Tüm genom ekspresyon analizi ile larenks tümör etiyolojisinde rolü olduğu bilinen 13 genin yanı sıra daha önce larenks kanserlerinde tanımlanmayan ancak vakalarımızın kanserli dokularında normal dokuya göre farklı eksprese olan 11 yeni gen tanımlanmıştır. İlk kez bizim çalışmamızda belirlenen bu genlerin larenks kanserli olgularda erken tanı, prognoz tayini ve hedefe yönelik tedavi için biomarker olabileceği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Ekspresyon, larenks kanseri, mikroarrayÖğe Ülseratif kolitli ve kolorektal kanserli hastalarda telomeraz aktivasyonunun araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2017) Duman, Tuğba Akın; Yıldırım, Mahmut SelmanÜlseratif kolit , kolorektal kanser gelişimi açısından risk artışına neden olan ve dünya genelinde sıklığı giderek artan bir hastalıktır. Kolorektal kanserler ise dünyada en sık görülen üçüncü ve hem erkek hem de kadınlarda maligniteler içinde ölüme neden olan ikinci kanserdir. Çalışmamızda ülseratif kolit inflame dokusu, kolorektal tümör dokusu ve normal kolon mukozasında telomeraz aktivitesinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Genel Cerrahi ve Gastronteroloji Kliniklerine başvuran , kolorektal tümör ya da ülseratif kolit tanısı alan hastalardan tümör dokusu, inflame doku ve normal kolon dokusundan biyopsi örneği alındı. TRAPeze yöntemi (Merck Millipore TRAPeze Kit RT Telomeraz saptama kiti (S7710)) kullanılarak telomeraz aktivitesi kantitatif olarak değerlendirildi. Bulgular: Çalışmamızda ülseratif kolit, kolorektal tümör dokusu ve normal kolon mukozası şeklinde 3 grup karşılaştırıldığında telomeraz aktivitesinde farklılık olduğu gözlendi. Daha sonra gerçekleştirilen ikili karşılaştırmalarda ülseratif kolit ile normal doku arasında telomeraz aktivitesi yönündan istatistiksel anlamlı bir fark tespit edilemezken, kolorektal kanserli dokularda komşu normal mukozaya göre istatistiksel olarak telomeraz aktivitesinin artmış olduğu saptandı. Sonuç: TRAPeze yöntemi ile telomeraz aktivitesi kolorektal kanser, ülseratif kolit ve normal dokuda değerlendirildiğinde, kolorektal kanser ile normal doku arasında farklılık olduğu saptanmış, ancak ülseratif kolit ile normal doku arasında bir farklılık olmadığı gözlenmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda telomeraz aktivitesinin kolorektal kanser açısından premalign bir durum olan ülseratif kolit olgularında kansere gidişi değerlendirmek açısından kullanışlı bir marker değilken kolorektal kanser için kullanılabilir bir marker olabileceği düşünülmektedir.Öğe Yapısal kromozomal düzensizliği olan erkek bireylerin sperm nükleuslarında interkromozomal etkinin fısh yöntemiyle araştırılması(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2009) Balasar, Özgür; Acar, HasanYapısal kromozomal düzensizlik taşıyıcısı olan erkek bireylerin sperm nükleuslarında interkromozomal etkinin varlığının araştırılması.Gereç ve yöntem: Yapısal kromozomal düzensizlik taşıyıcısı olan 18 erkek birey (olgu grubu) ile yapısal kromozomal düzensizlik taşıyıcı olmayan 14 fertil erkek bireyin (kontrol grubu) sperm nükleuslarında, floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemiyle kromozom 2, 3, 12, 13, 17, 18, 21, X ve Y dizomisi değerlendirildi.Bulgular: Toplam 71194 sperm analiz edildi (olgu grubunda 38757, kontrol grubunda 32437). Olgu grubundaki 11 bireyde analiz edilen kromozomların az biri için dizomi oranı yüksek tespit edildi (p<0.05). Resiprokal translokasyon taşıyıcı grup kontrol grubu ile karşılaştırıldığında dizomi oranları arasında fark gözlenmedi (p>0.05). Robertsonian translokasyon taşıyıcı grupta, heteromorfik taşıyıcı grupta ve bu grupların bazı olgularında dizomi oranları yüksek olarak tespit edildi (p<0.05). Olgu grubunda dizomi 18, XY dizomisi ve toplam dizomi oranlarının yüksek olduğu gözlendi (p>0.05).Sonuç: Yapısal kromozomal düzensizlik taşıyıcısı olan erkek bireylerde interkromozomal etkinin olduğu bulunmuştur. Aynı yapısal düzensizliği taşıyan bireylere baktığımızda etkilenen kromozomların ve dizomi oranlarının farklı olduğu gözlenmiştir. Gözlenen interkromozomal etki yapısal kromozomal düzensizliğin tipine, düzensizliğin olduğu kromozoma ve hastaya bağlı olarak değişmektedir.Öğe Akciğer kanserlerinde kras ve nras mutasyonlarının geniş spektrumlu analizi(Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, 2016) Başdemirci, Müşerref; Zaman, AyşegülRas genlerindeki (HRAS, KRAS ve NRAS) mutasyonlar, insan tümorlerinde tesbit edilmiş en yaygın değişikliklerdir ve tüm kanserlerin yaklaşık %30'unda bulunurlar. Bu mutasyonlar genellikle 12,13 ve 61. kodonlarda görülür. Bu projenin amacı akciğer kanserli hastalarda KRAS geninin 12,13 ve 61. kodonlarına ek olarak KRAS ve NRAS genlerinin 59,117 ve 146. kodonlarının da değerlendirilmesidir. Yöntem: Bronkoskopik biyopsi sonrası histopatolojik olarak AC kanseri tanısı konulmuş 64 olgunun formalinle fikse edilmiş parafine gömülü (FFPE) doku örneklerinden izole edilen DNA'larından, pyrosekans yöntemi ile KRAS ve NRAS mutasyon analizi yapıldı. Bulgular: Tüm olguların 20'sinde (%31,2) (8/27 epidermoid karsinom, 8/11 adenokarsinom, 3/16 küçük hücreli karsinom ve 1/1 pleomorfik karsinom) KRAS geninde mutasyon saptandı. Mutasyonlar en sık kodon 12'de ve GGT>GTT şeklinde idi. Adenokarsinomlu olgulardaki mutasyon oranı (%72,7) ile epidermoid karsinomlu olgulardaki mutasyon oranı (%22,9) karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı farklılık gözlendi (p=0,008). Olguların hiç birisinde KRAS ve NRAS genlerinin 59, 117 ve 146. kodonlarında mutasyon saptanmadı. Sonuç: Bu çalışmada AC kanserli olgularda KRAS geninin 12, 13 ve 61. kodonlarına ilaveten KRAS ve NRAS genlerinin 59, 117 ve 146. kodonları değerlendirildi ve herhangi bir mutasyon tespit edilmedi. Hasta sayısının sınırlı olması ve bu alanda yapılan başka çalışma olmaması nedeniyle, geniş serilerle yapılacak çok merkezli çalışmalarla bu verilerin desteklenmesine ihtiyaç vardır.
